Wie kann PacBio HiFi Methylierungsdetektion durchführen?

PacBio-Sequenzierung hat 4 fluoreszierende Marker, die mit 4 Arten von dNTP gekennzeichnet sind, und ihre Polymerase ist am Boden des Sequenzierungschips verankert; wenn der DNA-Strang an das Enzym bindet, wird die Sequenzierung durchgeführt, und während der Sequenzierung bildet das fluoreszierende dNTP einen Komplex mit dem Enzym und der DNA-Vorlage, der kurzzeitig bindet. Während dieses Prozesses wird die Polymerisationsrate signifikant langsamer, wenn die Polymerase auf methylierte A, C und andere Basen auf der Vorlage trifft, und die entsprechenden spektralen Merkmale ändern sich, was es ermöglicht, die Methylierung von A, die Methylierung von C, die Hydroxymethylierung von C usw. direkt zu messen.

Wie erhalte ich Informationen zur 5mC-Methylierung aus HiFi-Sequenzierungsdaten?

Um 5mC-Methylierungsinformationen aus HiFi-Daten zu erhalten, gibt es zwei Fälle: einer ist die zuvor gemessene HiFi-Daten, und der andere sind die HiFi-Daten, die bereit zur Messung sind.

Wie führe ich nach dem Erhalt der 5mC-Datei die anschließende Analyse durch?

HiFi-Sequenzierung , die bam-Datei nach der Primel-Analyse, repräsentiert die Methylierungsinformationen der gesamten Genomsequenz. Basierend darauf müssen wir sie zuerst mit dem Referenzgenom vergleichen (unter Verwendung der Minimaps-Software) und dann die pb-CpG-tools-Software verwenden, um die Wahrscheinlichkeitsinformationen der Methylierung an einer bestimmten Stelle im Genom nach dem Erhalt der ausgerichteten bam-Datei nach dem Vergleich zu erhalten.

Wie viele Sequierungstiefen sind für die HiFi-Detektion von 5mC erforderlich?

Laut den offiziellen Testergebnissen stimmen die Methylierungsergebnisse, die auf HiFi-Daten basieren, gut mit den WGBS-Ergebnissen überein, wenn die HiFi-Daten über 10× liegen, und der Korrelationskoeffizient tendiert dazu, mit zunehmender Sequierungstiefe allmählich zu stagnieren. Daher ist eine HiFi-Detektion von 5mC mit einer Sequierungstiefe von 10-15× ausreichend.

Wie steht es um die Sensitivität und Genauigkeit der HiFi-Detektion von 5mC?

Unter Verwendung menschlicher Proben als Testdaten haben wir die Konsistenz von WGBS , ONT , HiFi usw. zur Detektion von 5mC verglichen, und die Ergebnisse zeigten, dass der Korrelationskoeffizient zwischen den HiFi-Testresultaten und anderen Testergebnissen über 90 % lag, was die Sensitivität und Genauigkeit von HiFi zur Detektion von 5mC bestätigte.

Welche Anwendungen kann die HiFi-Detektion von 5mC-Methylierung haben?

Wie oben erwähnt, hat die HiFi-Detektion von 5mC-Methylierungsdaten geringe Tiefenanforderungen, breite Abdeckung und kann Methylierungsphasen durchführen, was es uns ermöglicht, HiFi-Daten einmal zu messen, um sowohl die Genomassemblierung als auch die Variantenanalyse und Methylierungsanalyse abzuschließen, was eine umfassende Unterstützung für die tiefere Auflösung von Arten bieten kann. Darüber hinaus können wir basierend auf den Ergebnissen der Methylierungsphasen die differentielle Methylierung von Allelen untersuchen, die elterliche Prägung zurückverfolgen und nach geprägten Genen suchen, was den Forschern helfen wird, den genetischen Mechanismus der Artenentwicklung, die Ursachen von Krankheiten und wichtige Phänotypen in einer höheren Dimension zu analysieren.

PacBio HiFi Methylierungssequenzierung Q&A

Q: Was sind die Vorteile der HiFi-Detektion von 5mC im Vergleich zu anderen Detektionstechnologien?

Die bestehenden Methylierungsdetektionstechnologien haben entweder eine zu kurze Leselänge oder sind in der Sequenzierung nicht genau genug, und es ist schwierig, haplotypische Methylierungsinformationen zu unterscheiden. HiFi 5mC hingegen erbt die Vorteile der oben genannten Detektionstechnologien, kann jedoch auch haplotypische Methylierungsinformationen unterscheiden, was es ermöglicht, Methylierungsunterschiede auf haplotypischer Ebene zu analysieren.

Allgemeine Fragen

Wie kann PacBio HiFi die Methylierungserkennung durchführen?

PacBio-Sequenzierung hat 4 fluoreszierende Marker, die mit 4 Typen von dNTP gekennzeichnet sind, und die Polymerase ist am Boden des Sequenzierungschips verankert; wenn der DNA-Strang an das Enzym bindet, wird die Sequenzierung durchgeführt, und während der Sequenzierung bildet das fluoreszierende dNTP einen Komplex mit dem Enzym und der DNA-Vorlage, der kurzzeitig bindet. Während dieses Prozesses wird die Polymerisationsrate signifikant langsamer, wenn die Polymerase auf methylierte A, C und andere Basen auf der Vorlage trifft, und die entsprechenden spektralen Merkmale ändern sich, was es ermöglicht, die Methylierung von A, die Methylierung von C, die Hydroxymethylierung von C usw. direkt zu messen.

Wie man 5mC-Methylierung aus HiFi-Sequenzierungsdaten erhält Informationen?

Nachdem Sie die 5mC-Datei erhalten haben, wie führe ich die anschließende Analyse durch?

Wie viele Sequenzierungstiefen sind für die HiFi-Erkennung von 5mC erforderlich?

Wie steht es um die Sensitivität und Genauigkeit der HiFi-Erkennung von 5mC?

Was sind die Vorteile der HiFi-Detektion von 5mC im Vergleich zu anderen Detektionstechnologien?

Welche Anwendungen kann die HiFi-Erkennung von 5mC-Methylierung haben?

Wie oben erwähnt, die HiFi-Erkennung von 5mC-Methylierung Die Daten haben geringe Tiefenanfordungen, eine breite Abdeckung und können Methylierungsphasen umfassen, was es uns ermöglicht, HiFi-Daten einmal zu messen, um sowohl die Genomassemblierung als auch die Variantenentdeckung und Methylierungsanalyse abzuschließen, was eine umfassende Unterstützung für die tiefgehende Auflösung von Arten bieten kann. Darüber hinaus können wir basierend auf den Ergebnissen der Methylierungsphasen die differentielle Methylierung von Allelen untersuchen, die elterliche Prägung zurückverfolgen und nach geprägten Genen suchen, was den Forschern helfen wird, den genetischen Mechanismus der Artenentwicklung, die Ursachen von Krankheiten und wichtige Phänotypen in einer höheren Dimension zu analysieren.

PacBio HiFi Methylierung Sequenzierung Q&A

Allgemeine Fragen