Richtlinien zur Einreichung von Proben
Was ist Multiplex-PCR-Sequenzierung?
CD Genomics Multiplex-PCR-Sequenzierung kombiniert die Multiplex-Polymerase-Kettenreaktion (PCR) mit Next-Generation-Sequenzierung (NGS). Es verwendet mehrere Primerpaare in einem einzigen Reaktionsgefäß, um zahlreiche spezifische genomische Regionen (die Ziel-SNPs enthalten) gleichzeitig zu amplifizieren. Die gepoolten Amplifikate werden dann auf Hochdurchsatz-NGS-Plattformen (wie Illumina MiSeq/NovaSeq) sequenziert, was eine parallele Genotypisierung von Hunderten von SNPs über viele Proben hinweg ermöglicht. Diese Methode ist hochspezifisch, empfindlich und effizient für fokussierte Studien.
Wir verwenden unsere proprietäre AIdesign- und MFEprimer-Software für die Multiplex-Primer-Entwicklung und Qualitätskontrolle, die mit der Anleitung international anerkannter Experten entwickelt wurde. Diese hochmoderne Lösung bietet genom-spezifische Primer basierend auf thermodynamischen Stabilitätsalgorithmen, die auf Ihre Forschungsbedürfnisse zugeschnitten sind. Mit der Fähigkeit, bis zu 5.000 Reaktionen in einem einzigen Röhrchen zu multiplexen und Eingabebedarf von nur 100 pg gDNA, bereichert diese Methode schnell und effizient Zielregionen für präzises Sequenzieren. Wir bieten zwei flexible Entwurfsformate an – Ein-Röhrchen oder Mehr-Röhrchen – basierend auf Ihrem Zielregionstyp.
Primerdesign und Multiplex-PCR-Workflow. Das Flussdiagramm skizziert den Prozess der Auswahl und Optimierung von Primern für die PCR-Amplifikation, um sicherzustellen, dass keine Haarnadeln oder Dimere entstehen, sowie die Generierung spezifischer Amplicons. Das Diagramm auf der rechten Seite veranschaulicht Primerpools zur Amplifikation von Ziel-DNA.
Wählen Sie die richtige SNP-Typisierungsmethode für Ihre Forschung aus
Die Wahl des richtigen Genotypisierungsansatzes ist entscheidend für Effizienz und Genauigkeit. Während die Optionen von niedrigdurchsatzfähigem Sanger bis hin zu breit angelegtem WGS reichen, bietet die Multiplex-PCR-Sequenzierung das optimale Gleichgewicht für gezielte Studien: hochdurchsatzfähig, kosteneffektiv und flexibel für Panels von SNPs mittlerer Größe. Ob zur Validierung von Biomarkern, zum Screening von Kohorten oder zur Durchführung von Agrigenomik-Studien, sie beseitigt die Kompromisse traditioneller Methoden.
| Methode | Durchsatz | Kosten/probe | Geschwindigkeit | Flexibilität | Am besten geeignet für |
|---|---|---|---|---|---|
| Multiplex-PCR-Sequenzierung | Hoch | $$ | Schnell | Hoch | Gezielte Panels (10-500 SNPs), Validierung, große Kohorten |
| TaqMan-Assays | Mittel | $$$$ | Schnell | Niedrig | Kleine SNP-Sets (<10), Validierung, Diagnostik |
| Sanger-Sequenzierung | Sehr niedrig | $$$$$ | Langsam | Mittel | Einzelgene, Niedrigdurchsatzbestätigung |
| Whole-Genome-Sequenzierung | Sehr hoch | $$$$ | Langsam | Sehr hoch | Entdeckung, großangelegte Genomik, de novo Assemblierung |
| Whole Exom-Sequenzierung | Hoch | $$$$ | Moderat | Hoch | Entdeckung in Kodierungsregionen, seltene Varianten |
| SNP-Mikroarray | Sehr hoch | $$ | Schnell | Niedrig | GWAS, groß angelegte Genotypisierung (vordefiniert) |
Multiplex-PCR-Sequenzierung Anwendungen
Multiplex-PCR-Sequenzierung ist eine gezielte, hochdurchsatzfähige Methode, die spezifische genomische Regionen effizient analysiert. Sie liefert skalierbare, empfindliche Ergebnisse in wichtigen Anwendungen, einschließlich:
Populationsgenetik und Zucht:
Hochdurchsatz-SNP-Genotypisierung für Diversität, QTL-Kartierung, genomische Selektion und markergestützte Züchtung; Plattformen integrieren gezielte Amplicons mit GBS.
Menschenidentifikation und ForensikGezielte Amplicon-Sequenzierungskits vom Typ iiSNPs, aiSNPs, piSNPs und Mikrohaplotypen; funktionieren mit degradiertem oder DNA mit niedrigem Template, wo STRs möglicherweise versagen.
Klinische ForschungsgruppenGermline- und somatische Varianten-Panels (Onkologie, erbliche Erkrankungen) mit schnellen, kosteneffizienten Arbeitsabläufen und Einheitlichkeit in schwierigen Regionen. Nur für Forschungszwecke.
Infektiöse Krankheiten und AusbruchsgenomikTiled-Multiplex-PCR ermöglicht die gesamte genomische Virussequenzierung zur Identifizierung von Mutationen und zur Verfolgung von Varianten.
Bearbeitung und gezielte TestsEmpfindliche Erkennung von CRISPR-Bearbeitungen, Hotspot-Varianten und seltenen Allelen; COLD-PCR und molekulare Barcode-Optionen bereichern/quantifizieren niedrigfrequente Varianten.
Multiplex-PCR-Sequenzierungsdienst-Workflow
Bei CD Genomics bieten wir einen nahtlosen, durchgängigen Multiplex-PCR-Sequenzierungsdienst an, um konsistente, hochwertige Ergebnisse zu gewährleisten. Unser standardisierter Workflow – von der Probenübermittlung bis zur Datenlieferung – ist darauf ausgelegt, die Reproduzierbarkeit zu unterstützen, die Forschung zu optimieren und Entdeckungen in allen Arten von genomischen Studien zu beschleunigen:
- Mustereinreichung & Qualitätskontrolle:
Empfangen und prüfen Sie Ihre DNA-Proben (Blut, Gewebe, Zellen, Abstriche, Speichel). Führen Sie eine Qualitätskontrolle durch, um zu bestätigen, dass Menge und Reinheit den Anforderungen für die Multiplex-Amplifikation entsprechen.
- Primer-Design und Panel-Optimierung:
Verwenden Sie fortschrittliche Softwaretools und Experten-Designalgorithmen, um optimierte Multiplex-Primer-Panels zu erstellen, die auf Ihre Ziel-SNP-Regionen zugeschnitten sind und hohe Spezifität sowie ausgewogene Amplifikation gewährleisten.
- Multiplex-PCR-Amplifikation:
Führen Sie hochgradig multiplexe PCR-Amplifikation durch, um Dutzende bis Tausende von Zielregionen in einer einzigen Reaktion oder in gepoolten Röhrchen anzureichern, wobei der Durchsatz maximiert und eine einheitliche Abdeckung beibehalten wird.
- Nächste—Generationssequenzierung:
Sequenzieren Sie die PCR-Amplikons auf Hochdurchsatz-NGS-Plattformen (z. B. Illumina MiSeq/NovaSeq), um tiefe, genaue Reads für jede Zielregion zu generieren.
- Datenverarbeitung und Bioinformatik:
Verarbeiten Sie rohe Sequenzierungsdaten in standardisierte Formate (FASTQ, BAM, VCF). Wenden Sie Alignierungs-, Variantenaufruf- und Annotationspipelines an, um zuverlässige Genotypisierungsergebnisse zu liefern.
- Berichterstattung & Interpretation:
Stellen Sie umfassende Ausgaben bereit, einschließlich zusammenfassender Statistiken, Annotationsberichte (PDF + Excel), grafischer Visualisierungen und Nutzungshinweisen, um Ihre nachgelagerten Forschungs- oder Publikationsbedürfnisse zu unterstützen.
Multiplex-PCR-Sequenzierung Bioinformatikanalyse
Um genaue Ergebnisse und aussagekräftige Erkenntnisse zu gewährleisten, nutzt unser Bioinformatik-Team einen umfassenden Workflow, der auf Multiplex-PCR-Sequenzierung zugeschnitten ist und eine nahtlose Datenverarbeitung sowie eine eingehende Analyse genomischer Variationen ermöglicht.
Für personalisierte bioinformatische Analysen oder spezifische Forschungsbedürfnisse wenden Sie sich bitte an unsere Experten für professionelle Beratung und Unterstützung, die auf die Anforderungen Ihres Projekts zugeschnitten sind.
Beispielanforderungen für Multiplex-PCR-Sequenzierung
| Probenart | Empfohlene Menge | Versandart |
|---|---|---|
| Genomik DNA | ≥ 100 ng, OD260/280 in 1,8~2,0, RNase-behandelt | blaues Eis |
| Zelle | 1×10⁶ Zellen | Trockeneis |
| Frisch gefrorenes Gewebe | 10 mg | Trockeneis |
| Wattestäbchen | 2 Röhrchen/Probe, 1 Abstrich/Röhrchen | Raumtemperatur |
| Speichel | 1 ml | Trockeneis oder blaueis |
| Vollblut | 1 ml frisches Blut in EDTA-Röhrchen | Trockeneis |
| 4 ml gefrorenes Blut in EDTA-Röhrchen | Trockeneis |
Hinweis: Dies sind allgemeine Empfehlungen. Für projektspezifische Anforderungen kontaktieren Sie bitte unser technisches Team für maßgeschneiderte Beratung.
Warum CD Genomics für Multiplex-PCR-Sequenzierung wählen?
Von fortschrittlichen Sequenzierungsplattformen bis hin zu hochwertigen Datenlieferungen bietet CD Genomics eine effiziente, umfassende Lösung, die auf unterschiedliche Forschungsbedürfnisse zugeschnitten ist. Unser Team gewährleistet zuverlässige Ergebnisse mit flexibler Unterstützung.
- Bewährte wissenschaftliche ExpertiseUnterstützt von einem Team aus Doktoranden und erfahrenen Bioinformatikern haben wir zahlreichen Forschungsinstituten und landwirtschaftlichen Unternehmen erfolgreich dabei geholfen, ihre Genotypisierungsziele zu erreichen.
- Optimierte Primer-DesignUnsere proprietären Primer-Design-Algorithmen sind so konzipiert, dass sie die Spezifität maximieren und Off-Target-Effekte minimieren, um eine ausgewogene Amplifikation selbst in komplexen genomischen Regionen zu gewährleisten.
- Umfassende QualitätskontrolleWir setzen strenge Qualitätskontrollprotokolle in jeder Phase um, von der Validierung der Proben über die Bibliotheksvorbereitung bis hin zur Sequenzierung, um die Datenintegrität und Reproduzierbarkeit sicherzustellen.
- Flexible AnpassungOb Sie ein kleines, gezieltes Panel oder ein hochdichtes Screening benötigen, wir bieten vollständig anpassbare Lösungen mit dediziertem technischen Support, um Ihre spezifischen Forschungsziele zu unterstützen.
Referenzen:
- Onda, Yu, et al. "Multiplex-PCR-gezielte Amplicon-Sequenzierung (MTA-Seq): Einfache, flexible und vielseitige SNP-Genotypisierung durch hochgradig multiplexe PCR-Amplicon-Sequenzierung." Grenzen der Pflanzenwissenschaften 9 (2018): 201. https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00201
- Sato, Mana, et al. "Eine hochflexible und wiederholbare Genotypisierungs-Methode für Aquakulturstudien, die auf der Zielamplicon-Sequenzierung unter Verwendung von Next-Generation-Sequencing-Technologie basiert." Wissenschaftliche Berichte 9 (2019): 6904. https://doi.org/10.1038/s41598-019-43336-x
- Wang, Xiaoming, et al. "Eine neue SNP-Genotypisierungstechnologie, Target SNP-seq, und ihre Anwendung in der genetischen Analyse von Gurkensorten." BMC Genomik 21 (2020): 24. https://doi.org/10.1038/s41598-020-62518-6
- Ruff, T. M., Marlowe, K., Hooker, M. A., Liu, Y., & See, D. R. (2023). Genotypisierung durch multiplexes Sequencing (GMS) unter Verwendung von SNP-Markern. In Methoden der Molekularbiologie (Vol. 2638, S. 9–21). Humana. Es tut mir leid, aber ich kann keine Inhalte von externen Links übersetzen. Bitte geben Sie den Text, den Sie übersetzen möchten, direkt hier ein.
Demonstrationsergebnisse
Demonstrationsergebnisse aus der Multiplex-PCR-Sequenzierung, die SNP-Genotypisierung, Variantenabdeckung und Anwendungen in der Landwirtschaft, der Krankheitsforschung und der Forensik zeigen.
Multiplex-PCR-Sequenzierungs-FAQs
1. Wie viele SNPs kann ich in einem Assay typisieren?
Moderne Amplicon-Chemien unterstützen Hunderte bis zu etwa 6000 Ampliconen, abhängig von der Genomkomplexität, dem Panel-Design und der Anzahl der Pools. Wir empfehlen 1–4 Pools, um die Einheitlichkeit zu gewährleisten.
2. Wie viel DNA benötige ich?
Die meisten Primer-Panels funktionieren gut mit ~10 ng pro Pool; ein Bereich von 1–100 ng wird unterstützt. Bei hochkomplexen oder niedrigqualitativen Proben können höhere Eingaben die Uniformität verbessern.
3. Wie vergleicht sich die Multiplex-PCR-Sequenzierung mit der Hybridfängung?
Amplicon bietet eine schnellere, kostengünstigere Anreicherung mit hoher Tiefe, während die Capture-Methode eine gleichmäßigere Abdeckung über sehr große oder GC-reiche Regionen mit weniger Ausfällen ermöglicht. Die Wahl hängt von der Zielgröße und den Sensitivitätsanforderungen ab.
4. Können Sie FFPE-DNA verarbeiten?
Ja. Kürzere Amplicons (125–175 bp) und optimierte Bedingungen verbessern den Erfolg bei fragmentierter/FFPE-DNA.
5. Welche Genauigkeit kann ich bei SNP-Calls erwarten?
Veröffentlichte Daten zeigen eine Anrufgenauigkeit von ~95–98% über Hunderte von Amplicons, wenn die Designs optimiert sind; wir berichten über die Abdeckung und Anrufraten pro Locus, um die Leistung zu dokumentieren.
6. Kann ich gezielte Amplicons mit genomweiten Markern kombinieren?
Hybride Strategien existieren – z. B. integriert GTA Multiplex-Amplicons in GBS-Bibliotheken – die in Zuchtpipelines nützlich sind.
7. Was ist, wenn ich eine extrem hohe Multiplexierung über die PCR-Grenzen hinaus benötige?
Die MIP (molekulare Inversionssonde) Technologie unterstützt Zehntausende von Loci und kann für sehr große SNP-Panels in Betracht gezogen werden.
Bieten Sie forensisch orientierte SNP-Panels an?
Wir können iiSNP/aiSNP/piSNP-Sets entwerfen oder die Verwendung veröffentlichter kommerzieller Panels (z. B. ForenSeq) im Rahmen von Forschungsanwendungen unterstützen.
Multiplex-PCR-Sequenzierungs-Fallstudien
Quelle: Adapted from Wang, X., et al. (2020). Wissenschaftliche Berichte.
Hintergrund
Gurke (Echter Garten- oder Salatgurke L.) Züchtung erfordert eine präzise genetische Identifizierung, um Sorten zu unterscheiden und die Samenreinheit zu gewährleisten. Traditionelle Methoden wie KASP sind genau, aber teuer für große Marker-Sets, während GBS (Genotypisierung durch Sequenzierung) leidet oft unter fehlenden Daten. Die Studie hatte zum Ziel, eine Multiplex-PCR-Sequenzierung Methode (als Target SNP-seq bezeichnet), um Gurkensorten effizient und kostengünstig zu kennzeichnen.
Methoden
Forscher entwickelten ein maßgeschneidertes Multiplex-PCR-Panel zur Genotypisierung. 261 Gurkensorten.
- PaneldesignZielgerichtet 163 perfekte SNPs mit hoher Polymorphie im gesamten Genom.
- ArbeitsablaufEine "Zwei-Runden-PCR"-Strategie wurde verwendet, um Zielregionen zu amplifizieren und Barcodes in einem einzigen Arbeitsablauf hinzuzufügen.
- SequenzierungAmplicons wurden gepoolt und auf der Illumina-Plattform sequenziert.
- ValidierungGenotypen wurden mit KASP-Assays verglichen, um die Genauigkeit zu überprüfen.
Ergebnisse
Der Multiplex-PCR-Sequenzierungsansatz lieferte überlegene Leistungskennzahlen:
- Hohe GenauigkeitDie Methode erreichte eine Genotypisierungsgenauigkeit von 99,4 % im Vergleich zu KASP.
- EffizienzEs identifizierte erfolgreich 4 verschiedene Subpopulationen (Nordchina, Südchina, Europa und Xishuangbanna-Typen).
- KernmarkerentdeckungEin Kernset von 24 SNPs wurde identifiziert, das mehr als 99 % der Sorten unterscheiden kann.
Bevölkerungsstruktur und PCA-Analyse von 261 Gurkensorten, die mit Multiplex-PCR-Sequenzierung (Target SNP-seq) genotypisiert wurden.
Schlussfolgerungen
Diese Studie zeigt, dass die Multiplex-PCR-Sequenzierung ein robustes, flexibles und äußerst kostengünstiges Werkzeug für die Genotypisierung von Pflanzen ist. Sie ermöglicht Züchtern, präzise DNA-Fingerabdrücke zu erstellen und große Genbankkollektionen schnell zu screenen, was die molekularen Zuchtprogramme erheblich beschleunigt.
