Richtlinien zur Einreichung von Proben
Was ist APOE-Genotypisierung?
Die APOE-Genotypisierung ist eine molekulare Technik, die verwendet wird, um die spezifischen genetischen Varianten oder Allele des Apolipoprotein E (APOE)-Gens zu identifizieren. Sie ist ein grundlegendes Werkzeug für Forscher, die den Lipidstoffwechsel und die neuronale Funktion untersuchen. Das APOE-Gen kodiert für ein Protein, das als primärer Cholesterinträger fungiert, was es zu einem zentralen Ziel für die Grundlagenforschung macht.
Die Biologie der APOE-Allele: ε2, ε3 und ε4
Die drei Hauptallele von APOE (ε2, ε3 und ε4) werden durch Aminosäureveränderungen an zwei Schlüsselpositionen (112 und 158) definiert. Diese Unterschiede werden durch zwei Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) verursacht: rs429358 und rs7412. Diese allelische Variation ist der Haupttreiber für die funktionale Forschung zur Rolle des Proteins.
| Allele | Schlüssel-SNP (rs429358) | Schlüssel-SNP (rs7412) | Aminosäure bei 112 | Aminosäure bei 158 |
|---|---|---|---|---|
| ε2 | T | T | Cys | Cys |
| ε3 | T | C | Cys | Arg |
| ε4 | C | C | Arg | Arg |
Warum ist die APOE-Genotypisierung für die Forschung entscheidend?
Die verschiedenen APOE-Isoformen (E2, E3 und E4), die durch diese Allele bestimmt werden, verändern grundlegend die Struktur des Proteins. Diese strukturelle Veränderung wirkt sich direkt auf die Fähigkeit aus, Lipide zu binden und mit Rezeptoren (wie der LDLR-Familie) zu interagieren.
Das Verständnis dieser Genotyp-Phänotyp-Beziehung ist entscheidend für Forscher, die die grundlegenden Mechanismen von: untersuchen.
- Neuronal Lipidtransport und -erhaltung
- Synaptische Plastizität
- Amyloid-beta (Aβ) Clearance-Wege
- Gesamtcholesterin-Homöostase
Die APOE-Genotypisierung ermöglicht es Forschern, ihre In-vitro- und In-vivo-Modelle (wie iPSCs oder transgene Mäuse) zuverlässig zu klassifizieren, wodurch sichergestellt wird, dass ihre experimentellen Daten robust, reproduzierbar und korrekt interpretiert sind.
APOE-Genotypisierung Anwendungen (Nur für Forschungszwecke)
Unser hochpräziser APOE-Genotypisierungsdienst bietet grundlegende Daten für eine Vielzahl von nicht-klinischen Forschungsanwendungen. Alle Dienstleistungen sind ausschließlich für Forschungszwecke (RUO) bestimmt und nicht für klinische oder diagnostische Zwecke gedacht.
Forschung zur Neurodegeneration
Das APOE-Gen ist der bedeutendste genetische Faktor in Studien zum Mechanismus der spät einsetzenden Alzheimer-Krankheit (AD). Unser Service ermöglicht es Forschern, zu:
- Erläutern Sie die Mechanismen von AβUntersuchen Sie, wie verschiedene APOE-Isoformen (E2, E3, E4) die Clearance und Aggregation von Amyloid-beta (Aβ)-Peptiden in vitro und in vivo modulieren.
- Studie der Tau-PathologieUntersuchen Sie die funktionale Beziehung zwischen dem APOE-Genotyp und der Entwicklung der Tau-Phosphorylierung sowie der damit verbundenen neuronalen Pathologie.
- Modell der synaptischen FunktionCharakterisieren Sie iPSC-abgeleitete Neuronen oder Astrozyten, um zu verstehen, wie APOE-Allele den Lipidtransport, die synaptische Plastizität und die allgemeine neuronale Gesundheit beeinflussen.
Lipidstoffwechsel und kardiovaskuläre Forschung
APOE ist ein zentraler Knotenpunkt im Lipidstoffwechsel. Die Genotypisierung ist entscheidend für die Grundlagenforschung, die darauf abzielt:
- Verständnis der Cholesterin-HomöostaseUntersuchung, wie APOE-Isoformen unterschiedlich an Lipide binden und mit Rezeptoren interagieren, wie dem Rezeptor für lipoproteine niedriger Dichte (LDLR).
- Charakterisierung von StoffwechselmodellenValidierung des genetischen Hintergrunds von Tiermodellen, die in der Forschung zu Atherosklerose, Dyslipidämie und Stoffwechselwegen verwendet werden.
Pharmakogenomik (PGx) Forschung
Der APOE-Genotyp kann die Stoffwechselwege beeinflussen. Unser Service unterstützt grundlegende PGx-Forschung, um:
- Untersuchen Sie differenzielle ReaktionenVerstehen Sie die genetischen Grundlagen für unterschiedliche Reaktionen auf Forschungsverbindungen in präklinischen Modellen.
- Unterstützung der ArzneimittelentdeckungKlassifizieren Sie Zelllinien und in vivo-Modelle, um Verbindungen zu screenen, die APOE-bezogene Wege modulieren könnten.
Charakterisierung von Zelllinien und Tiermodellen
Das Vertrauen in Ihr Modellsystem ist von größter Bedeutung. Bevor Sie ein kostspieliges oder langwieriges Experiment beginnen, nutzen Sie unseren schnellen Service, um:
- Überprüfen von iPSCs und ZelllinienBestätigen Sie den APOE-Genotyp Ihrer menschlichen Zelllinien (z. B. iPSCs, Astrozyten, Mikroglia).
- Transgene Modelle validierenStellen Sie die genetische Integrität Ihrer APOE-Knock-in- oder transgenen Tierkolonien sicher.
Warum CD Genomics für Ihre APOE-Genotypisierung wählen?
Wir bieten die endgültigen, veröffentlichungsbereiten Daten, die Sie benötigen, um Ihre Forschung mit Zuversicht voranzutreiben. Wir konzentrieren uns auf drei wesentliche Vorteile: Genauigkeit, Geschwindigkeit und Wert.
Uncompromissene Genauigkeit (Veröffentlichungsbereite Daten)
Wir bieten definitive, erstklassige Ergebnisse. Unsere allelspezifische qPCR (AS-qPCR) Plattform vermeidet die Mehrdeutigkeit der Schmelzkurvenanalyse (HRM), wodurch Sie kostspielige Wiederholungen, falsche Interpretationen vermeiden und sicherstellen, dass Ihre veröffentlichten Daten zuverlässig sind.
Kostenwirksam und skalierbar (Maximieren Sie Ihr Budget)
Erzielen Sie die Genauigkeit der Sequenzierung zu einem Bruchteil der Kosten. Unsere validierte AS-qPCR-Plattform ist äußerst effizient und skalierbar und bietet wettbewerbsfähige Preise für großangelegte Kohortenstudien, CRO-Partnerschaften und zentrale Einrichtungen.
Engagierte wissenschaftliche Unterstützung (Partner in der Forschung)
Sie sind nicht nur eine Bestellnummer. Von der ursprünglichen Projektgestaltung bis zur Dateninterpretation steht Ihnen unser Team von Experten auf Doktoratsniveau zur Verfügung, um Ihr Projekt zu besprechen und dessen Erfolg sicherzustellen.
Unsere APOE-Genotypisierungsplattform: Genauigkeit, die Sie veröffentlichen können
Das Design unserer Plattform konzentriert sich auf ein Ziel: ein eindeutiges und genaues Ergebnis zu liefern. Dies erreichen wir durch die Anwendung einer überlegenen Methodik.
Der Goldstandard: Allelspezifische qPCR (AS-qPCR)
Unser Service verwendet eine hochdiskriminierende, sondengestützte AS-qPCR-Methode. Diese Technik nutzt spezifische Primer, die nur ein Ziel amplifizieren, wenn das richtige Allel (ε2, ε3 oder ε4) vorhanden ist, kombiniert mit einer fluoreszierenden Sonde zur definitiven Bestätigung. Das Ergebnis ist eine einfache, binäre "Ja/Nein"-Antwort für jedes Allel, die robuste und leicht interpretierbare Daten liefert.
Warum AS-qPCR der Schmelzkurvenanalyse (HRM) überlegen ist
Viele kommerzielle Tests verwenden eine weniger präzise Methode namens Hochauflösende Schmelzanalyse (HRM).
- HRM-Ambiguität: Diese Methode basiert auf der Erkennung winziger Verschiebungen in einer DNA-Schmelzkurve, um Genotypen zu unterscheiden. Dies kann berüchtigt schwer zu interpretieren sein und ist äußerst empfindlich gegenüber Primer-Dimeren, unspezifischer Amplifikation oder Kontaminanten, was zu mehrdeutigen oder falschen Ergebnissen führen kann.
- Unser AS-qPCR-Vorteil: Unser Sonden-basiertes System wird von diesen Problemen nicht beeinflusst. Es analysiert keine Schmelzkurve; es erzeugt nur ein Signal, wenn das richtige Ziel zu 100 % vorhanden ist. Das bietet Vertrauen, nicht Komplexität.
Unser Workflow für den APOE-Genotypisierungsdienst
Unser Prozess ist von Anfang bis Ende auf Geschwindigkeit und Genauigkeit ausgelegt.
- Beratung & MusterübermittlungKontaktieren Sie unsere Experten, um Ihr Projekt zu besprechen. Versenden Sie Ihre gDNA-, Blut- oder Abstrichproben gemäß unseren bereitgestellten Richtlinien.
- Strenge Proben-QCAlle eingehenden Proben unterliegen einer strengen Qualitätskontrolle (Konzentration, Reinheit), um sicherzustellen, dass sie für die Analyse geeignet sind.
- AS-qPCR GenotypisierungProben werden in Dreifachbestimmungen auf unserer validierten AS-qPCR-Plattform durchgeführt, mit allen notwendigen positiven und negativen Kontrollen.
- Datenanalyse und BerichtserstellungUnser Informatikteam analysiert die Amplifikationsdaten, trifft die endgültige Genotypbestimmung und liefert Ihnen Ihren sicheren, umfassenden Bericht.
APOE-Genotypisierung Fallstudien
Unsere Methodik basiert auf validierter, veröffentlichter und peer-reviewed Wissenschaft. Die AS-qPCR-Plattform, die wir verwenden, wurde rigoros gegen den Goldstandard der DNA-Sequenzierung getestet.
Basierend aufLiu, G. u. a. "Eine schnelle und kosteneffiziente Methode zur Genotypisierung des Polymorphismus des Apolipoprotein E-Gens." Molekulare Neurodegeneration 11, 6 (2016).
DOI10.1186/s13024-016-0069-4
Projektziel
Entwicklung und Validierung einer schnellen, hochdurchsatzfähigen und kosteneffektiven APOE-Genotypisierungsmethode, die der Genauigkeit der DNA-Sequenzierung entspricht.
Methodik
Ein allelspezifischer Echtzeit-PCR (AS-qPCR)-Test wurde entwickelt, um die Allele ε2, ε3 und ε4 zu identifizieren. Zur Validierung der Methode wurden 1.158 menschliche DNA-Proben parallel mit der neuen AS-qPCR-Methode und der traditionellen DNA-Sequenzierung genotypisiert.
Ergebnisse
Die AS-qPCR-Methode erreichte eine 100%ige Übereinstimmung bei allen 1.158 Proben im Vergleich zu den Ergebnissen der Goldstandard-DNA-Sequenzierung. Die Methode identifizierte erfolgreich und genau alle sechs möglichen APOE-Genotypen (z. B. ε2/ε3, ε3/ε4, ε4/ε4 usw.).
Fazit
Die Studie bestätigt, dass eine auf AS-qPCR basierende Methode eine äußerst genaue, schnelle und robuste Plattform für die APOE-Genotypisierung ist. Diese Validierung bietet ein hohes Maß an Vertrauen, dass unser Service Daten liefert, die mit Sequenzierung vergleichbar sind, jedoch mit einer erheblichen Verbesserung in Bezug auf Geschwindigkeit und Kosten-Effizienz für Forscher.
AbbildungsbeschriftungAbb. 3 (Liu et al., 2016): Validierung der AS-qPCR-Methode. Die allele-spezifischen PCR-Ergebnisse (oben) zeigen eine 100%ige Übereinstimmung mit den Goldstandard-DNA-Sequenzierungsergebnissen (unten) für alle sechs menschlichen APOE-Genotypen.
Umfassender Genotypbericht
Sie erhalten einen sicheren, veröffentlichungsbereiten PDF-Bericht, der Folgendes enthält:
- Ein klarer, definitiver APOE-Genotypaufruf (z. B. ε3/ε4)
- Eine vollständige Zusammenfassung der Eingangsprobe QC (Konzentration, Reinheit)
- Rohdaten zur Amplifikation (Ct-Werte) und Qualitätskennzahlen des Tests
Akzeptierte Probenarten für die Forschung
| Probenart | Mindestvolumen / Menge | Notizen |
|---|---|---|
| Genomische DNA (gDNA) | ≥ 200 ng (bei ≥ 10 ng/μL) | OD260/280-Verhältnis: 1,8–2,0. Keine Degradation. |
| Vollblut | ≥ 500 μL | In EDTA-Röhrchen (lila Kappe) sammeln. |
| Mund (Bukkal) Abstrich | 2 Abstriche | Verwenden Sie das empfohlene Sammlungskit. |
| Zelllinien | ≥ 1 × 10⁶ Zellen | Als gefrorenes Pellet einreichen. |
APOE-Genotypisierung Häufig gestellte Fragen
1. Was ist die APOE-Genotypisierung?
Die APOE-Genotypisierung ist eine molekulare Technik, die verwendet wird, um die spezifischen genetischen Varianten oder Allele des Apolipoprotein E (APOE)-Gens zu identifizieren. Sie bestimmt speziell die Kombination von zwei wichtigen SNPs (rs429358 und rs7412), die zu den drei Hauptallelen führen: ε2, ε3 und ε4.
2. Welche Rolle spielt das APOE-Gen in der Forschung?
Das APOE-Gen ist ein zentraler Forschungsschwerpunkt aufgrund seiner entscheidenden Rolle im Lipidstoffwechsel. Das Protein, für das es kodiert, Apolipoprotein E, ist ein primärer Cholesterinträger im Gehirn und in der Peripherie, was es zu einem wichtigen Forschungsthema für das Verständnis des Lipidtransports, der neuronalen Erhaltung und der synaptischen Plastizität macht.
3. Was sind die APOE ε2-, ε3- und ε4-Allel?
Die ε2-, ε3- und ε4-Allel sind die drei primären Isoformen (Versionen) des APOE-Gens. Sie unterscheiden sich durch einzelne Aminosäureänderungen an den Positionen 112 und 158. Diese strukturellen Unterschiede verändern die Fähigkeit des Proteins, an Lipide und Rezeptoren zu binden, was die Grundlage für umfangreiche Forschungen zu ihren funktionalen Konsequenzen bildet.
4. Was ist die beste Methode zur APOE-Genotypisierung?
Während mehrere Methoden existieren, gelten allele-spezifische qPCR (AS-qPCR) und DNA-Sequenzierung als Goldstandards für Genauigkeit. AS-qPCR bietet eine hochsensible, schnelle und kosteneffektive Lösung, die validiert wurde und eine 100%ige Übereinstimmung mit der Sequenzierung aufweist, wodurch die Interpretationsschwierigkeiten älterer Methoden wie der Schmelzkurvenanalyse vermieden werden.
5. Was ist der Unterschied zwischen APOE-Genotypisierung und Sequenzierung?
Die APOE-Genotypisierung ist ein gezielter Test, der spezifisch die bekannten ε2/ε3/ε4-Allel bestimmt. Im Gegensatz dazu analysiert das gesamte Genom oder Exom-Sequenzierung das gesamte Gen (oder Genom) auf alle Variationen. Für fokussierte APOE-Studien ist die Genotypisierung erheblich schneller und kosteneffektiver.
6. Welche Proben sind für die APOE-Genotypisierung geeignet?
Unsere Plattform ist für eine flexible Palette von Forschungsinputs validiert, einschließlich genomischer DNA (gDNA), Vollblut (in EDTA konserviert) und Wangenschleimhautabstrichen.
Was ist die genaueste Methode zur APOE-Genotypisierung?
7. Warum sollte man allele-spezifisches qPCR gegenüber der Schmelzkurvenanalyse wählen?
AS-qPCR beseitigt die Mehrdeutigkeit der HRM-Analyse, indem es jedes Allel mit hoher Diskriminierung und Spezifität nachweist.
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Referenzen:
- Validiert gemäß: Liu, G. et al. "Eine schnelle und kosteneffektive Methode zur Genotypisierung des Polymorphismus des Apolipoprotein E-Gens." Molekulare Neurodegeneration 11, 6 (2016)."
- Hixson, J. E., & Vernier, D. T. (1990). Einschränkungsisotypisierung von menschlichem Apolipoprotein E durch Genamplifikation und Spaltung mit HhaI. Zeitschrift für Lipidforschung, 31(3), 545–548.
- Corder, E. H., et al. (1993). Gen-Dosis des Apolipoprotein E Typ 4 Allels und das Risiko für Alzheimer-Krankheit in Familien mit späterem Auftreten. Wissenschaft, 261(5123), 921–923.
- Mahley, R. W., & Rall, S. C. Jr. (2000). Apolipoprotein E: weit mehr als ein Lipidtransportprotein. Jahresübersicht über Genomik und Humangenetik, 1, 507–537.
- Eichner, J. E., Dunn, S. T., Perveen, G., Thompson, D. M., Stewart, K. E., & Stroehla, B. C. (2002). Apolipoprotein E Polymorphismus und Herz-Kreislauf-Erkrankungen: eine HuGE-Überprüfung. Amerikanisches Journal für Epidemiologie, 155(6), 487–495.
