Erforschen Sie die CRISPR-Bearbeitungsanalyse mit NGS: Von der Editierungsvalidierung bis zum funktionalen Screening.
Von der Einzelbearbeitungsbestätigung zur genomweiten Entdeckung – Sequenzierung trifft auf gezielte Genbearbeitung mit maßgeschneiderter Präzision.
Die wachsende Komplexität von CRISPR-Experimenten erfordert mehr als nur grundlegende Validierung. Ob Sie gezielte Änderungen vornehmen, Genbibliotheken screenen oder Off-Target-Effekte kartieren, wie Sie Ergebnisse messen, ist ebenso wichtig wie die Änderungen selbst. Bei CD Genomics bieten wir CRISPR-Bearbeitungsanalysen und NGS-Dienste an, die darauf ausgelegt sind, Ihre Ergebnisse eindeutig, reproduzierbar und tief informativ zu gestalten.
Unsere Plattform unterstützt drei Kernfunktionen:
Bearbeitungsüberprüfung mit Basisniveauauflösung – Erfassen Sie präzise Indels, Knock-Ins und Substitutionen durch optimierte Amplicon-Sequenzierung.
Off-Target-Profilierung, die das Unerwartete nicht verpasst – Unbeabsichtigte Änderungen durch gezielte oder genomweite Strategien aufdecken.
Funktionales Screening mit analytischer Tiefe – Dekodierung der sgRNA-Darstellung und Verknüpfung von Störungen mit dem Phänotyp mit Zuversicht.
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CRISPR hat es möglich gemacht, das Genom mit bemerkenswerter Kontrolle zu manipulieren. Aber das Editieren ist nur der Anfang – zu verstehen, was tatsächlich in Ihren Zellen passiert ist, erfordert ebenso präzise Werkzeuge. Dort kommt Next-Generation-Sequenzierung (NGS) wird unverzichtbar.
Hier ist der Grund, warum Forscher zunehmend auf NGS setzen, um CRISPR-Workflows zu unterstützen:
1. Nicht alle Änderungen sind, was sie scheinen
Selbst gut gestaltete Leitfäden können zu unterschiedlichen Ergebnissen führen: kleine Insertionen und Deletionen, unerwartete Leserasterverschiebungen oder Mosaizismus. NGS ermöglicht eine Analyse basierend auf einzelnen Basen an der Zielstelle, um die beabsichtigte Veränderung zu überprüfen – und um herauszufinden, was sonst noch geschehen sein könnte.
2. Off-Target-Ereignisse sind subtil, aber bedeutend
Niedrigfrequente, off-target Änderungen sind möglicherweise nicht offensichtlich, können jedoch experimentelle Ergebnisse oder biologische Schlussfolgerungen verändern. NGS bietet empfindliche und skalierbare Methoden, um unbeabsichtigte Modifikationen an vorhergesagten oder genomweiten Stellen zu erkennen.
3. Bildschirme erzeugen Daten, keine Antworten
Pooled CRISPR-Screenings mit sgRNA-Bibliotheken bieten leistungsstarke Einblicke in die Genfunktion – jedoch nur, wenn die Daten korrekt interpretiert werden. NGS quantifiziert die sgRNA-Häufigkeit unter verschiedenen experimentellen Bedingungen, während fortgeschrittene Analysen (z. B. MAGeCK) aufzeigen, welche Störungen tatsächlich von Bedeutung sind.
4. Skalierbarkeit trifft auf Komplexität
Egal, ob Sie eine Handvoll Zielgene validieren oder Tausende von Genen screenen, NGS passt sich Ihrem experimentellen Ehrgeiz an – ohne die Auflösung zu opfern.
CRISPR und NGS sind keine parallelen Werkzeuge – sie sind komplementär.
Gemeinsam bilden sie einen vollständigen Feedback-Kreis: Design → Bearbeiten → Messen → Interpretieren → Verfeinern. Diese Integration macht die Plattform von CD Genomics nicht nur zu einem Sequenzierungsdienst, sondern zu einer Grundlage für sicheres Genome Engineering.
CRISPR-Bearbeitungsanalyse-Workflows: NGS-Strategien für On-Target-, Off-Target- und funktionale Screening
Drei experimentelle Ziele. Eine integrierte NGS-Plattform.
CRISPR-Forschung ist nicht monolithisch – Ihre Fragen variieren, und ebenso sollte Ihr Sequenzierungsansatz sein. Ob Sie eine Bearbeitung bestätigen, Off-Target-Effekte kartieren oder die Genfunktion im großen Maßstab erkunden, wir bieten maßgeschneiderte Arbeitsabläufe, die mit Ihren wissenschaftlichen Zielen übereinstimmen.
A. Bearbeitungsbestätigung – Vertrauen Sie dem, was Sie entwickelt haben
Du hast den Leitfaden entworfen. Haben die Zellen wie erwartet reagiert?
Durch gezielte amplicon-basierte NGS bieten wir einen detaillierten Einblick in das Editierlocus, erfassen Indels, Basenaustausche und sogar Knock-In-Ereignisse mit Basisniveau-Klarheit. Unsere Pipelines quantifizieren die Mutationsfrequenzen über Allele hinweg, bewerten die Zygosität und helfen, echte Edits von Hintergrundgeräuschen zu unterscheiden.
Verwenden Sie es, wenn Sie es brauchen:
Bestätigen Sie die Effizienz von CRISPR/Cas9, Cas12a oder Baseneditoren.
Überprüfen Sie die Zielgenauigkeit in Knock-out- oder Knock-in-Systemen.
Vergleichen Sie die Bearbeitungsergebnisse unter verschiedenen Bedingungen oder Zelltypen.
B. Off-Target-Profilierung – Wenn Spezifität wichtig ist
CRISPR ist leistungsstark – aber nicht immer perfekt spezifisch. Die Identifizierung unbeabsichtigter Änderungen ist entscheidend, insbesondere in sensiblen Systemen oder wenn nachgelagerte funktionale Tests beteiligt sind.
Wir bieten zwei Ebenen der Off-Target-Erkennung an:
Panel-basierte gezielte Sequenzierung von vorhergesagten Stellen
Unvoreingenommene genomweite Erkennung mittels hochauflösender NGS-Strategien, die zur Identifizierung seltener Off-Target-Ereignisse im gesamten Genom optimiert sind.
Die Ergebnisse umfassen annotierte Variantentabellen, Mutationshäufigkeiten und positionale Kontexte – sodass Sie echte Biologie von Off-Target-Rauschen unterscheiden können.
Verwende es, wenn du es brauchst:
Bewerten Sie die Spezifität von Leitfäden oder vergleichen Sie gRNA-Designs.
Bewerten Sie die Genomstabilität in konstruierten Zelllinien.
Führen Sie Qualitätskontrollen für Gene-Editing-Pipelines durch.
C. Funktionale CRISPR-Screens – Lesen Sie die Biologie, nicht nur den Barcode
Bei der Untersuchung der Genfunktion im großen Maßstab ermöglichen CRISPR-Screens in Kombination mit NGS, Tausende von Störungen gleichzeitig zu verfolgen.
Wir sequenzieren die Häufigkeit von Leit-RNA (sgRNA) unter verschiedenen Bedingungen, um festzustellen, welche Gene angereichert oder vermindert sind, und verwenden dann analytische Werkzeuge, um funktional relevante Treffer zu identifizieren.
Optionale Verbesserungen:
Dual-Bedingungs- oder Zeitverlauf-Designs
Integration mit Transkriptom- oder Chromatin-Zugänglichkeit-Daten (z. B. Perturb-seq oder ATAC-seq)
Verwende es, wenn du es brauchst:
Identifizieren Sie essentielle Gene in Krebs- oder Immunmodellen.
Entdecken Sie Schwachstellen im Pfad
Priorisieren Sie Ziele für die nachgelagerte Validierung.
Jeder dieser Workflows ist modular, kann jedoch nahtlos kombiniert werden. Zum Beispiel können Sie Änderungen in einer Pilotkohorte bestätigen, die Spezifität des Profils überprüfen und dann auf Vollbildexperimente skalieren – alles unter einer Dateninfrastruktur.
Sind Sie sich nicht sicher, welcher Workflow zu Ihrer Studie passt? Hier ist, wie sich unsere CRISPR NGS-Dienste in Bezug auf Ziele, Technologien und analytische Tiefe vergleichen.
NGS-Datenanalyse-Dienste für CRISPR-Bearbeitung und funktionale Screens
Von Rohdaten zu forschungsrelevanten Erkenntnissen – Ihre Daten verdienen mehr als nur eine Ausrichtung.
CRISPR-basierte Experimente erzeugen komplexe, oft hochdurchsatzfähige Datensätze. Aber Sequenzierung ist nur die halbe Miete. Ohne eine robuste Bioinformatik Rahmenbedingungen, selbst hochwertige Leseergebnisse können unbeantwortete Fragen hinterlassen. Deshalb wird jeder Service, den wir anbieten, von integrierten Datenanalyse-Pipelines unterstützt, die für wissenschaftliche Klarheit und Interpretierbarkeit kuratiert sind.
Zur Bestätigung der Bearbeitung
Unser Analyse-Workflow beginnt mit der Ausrichtung an Ihrem Referenzgenom, gefolgt von einer präzisen Quantifizierung von Insertionen, Deletionen und Substitutionen an der Zielstelle.
Indel-Profiling und Häufigkeitsanalyse CRISPResso2 verwenden
Zygositätsbewertung zur Unterscheidung zwischen heterozygoten und homozygoten Veränderungen
Alleleverteilungsdiagramme zur Visualisierung von Bearbeitungsergebnissen
Batchanalyseunterstützung für mehrere Ziele oder Proben
Die Ergebnisse umfassen sowohl numerische Daten als auch intuitive Grafiken, die es Ihnen ermöglichen, auf einen Blick zu sehen, was nach der Bearbeitung passiert ist.
Für Off-Target-Analysen
Wir kartieren Lesevorgänge über entweder benutzerdefinierte Regionen oder genomweite Loci, annotieren alle erkannten Varianten und kennzeichnen potenzielle Off-Target-Ereignisse.
Variantaufruf + Filterung gegen bekannte SNP-Datenbanken (optional)
Analyse der Off-Target-Anreicherung nach Mutationsart und Lesetiefe
Anpassbare Seitenbewertung basierend auf der Nähe von Abweichungen und der Homologie der Leitstruktur
Integrierte visuelle Zusammenfassungen einschließlich Lollipop-Diagrammen und Genom-Browser-Tracks
Die Ausgabe ist nicht nur eine Liste – sie ist ein strukturiertes Bericht, das Ihnen hilft, Prioritäten zu setzen und zu interpretieren.
Für funktionale CRISPR-Screenings
Hier ist Bioinformatik kein letzter Schritt – sie ist das Experiment.
Wir verwenden etablierte Werkzeuge wie MAGeCK, edgeRund DESeq2 um die Häufigkeit von sgRNA zu quantifizieren, statistisch signifikante Treffer zu identifizieren und diese Störungen mit bekannten oder neuartigen biologischen Wegen zu verbinden.
sgRNA-Zählnormalisierung und statistische Modellierung
Differenzielle sgRNA-Anreicherung/-Depletion zwischen den experimentellen Gruppen
Vulkanplots, Heatmaps, und Anreicherungsdiagramme für eine klare Ergebnisinterpretation
Optionale Pfadanreicherungsanalyse (z.B. KEGG, GO) zur Zielannotation
Für großangelegte Pool-Screenings bieten wir auch Replikatübereinstimmungsprüfungen und Batch-Effekte-Diagnosen an.
Anwendungen der CRISPR-Bearbeitungsanalyse und -Sequenzierung in der Forschung
Wo CRISPR auf Sequenzierung trifft – Forschungsfragen mit Präzision und Sorgfalt beantwortet.
Unsere CRISPR-NGS-Plattform ist darauf ausgelegt, Forschern zu dienen, die in verschiedenen Bereichen der funktionellen Genomik, Molekularbiologie und Zelltechnik arbeiten. Egal, ob Sie eine neuartige Gentherapiestrategie entwickeln oder Abhängigkeiten von Signalwegen in Krebsmodellen untersuchen, unsere Lösungen stimmen mit Ihrer experimentellen Logik überein.
Hier sind einige gängige forschungsbasierte Anwendungen, bei denen unsere Dienstleistungen einen entscheidenden Unterschied machen:
Funktionelle Genomik & Zielentdeckung
Verwenden Sie gepoolte CRISPR-Screens, um systematisch Gene im gesamten Genom auszuschalten, und identifizieren Sie Treffer durch hochdurchsatzfähige NGS und statistische Analyse.
Identifizieren Sie essentielle Gene in Krebs- oder Stammzellmodellen.
Kartiere Geninteraktionen und synthetische letale Paare
Priorisieren Sie Kandidaten für die therapeutische Entwicklung.
Validierung von konstruierten Zelllinien
Bestätigen Sie, dass die Änderungen in CRISPR-modifizierten Zelllinien wie beabsichtigt vorgenommen wurden und dass keine unbeabsichtigten Varianten eingeführt wurden.
Überprüfen Sie homozygote oder heterozygote Knockouts.
Bewerten Sie die Knock-In-Fidelität und die Bearbeitungsreinheit.
Vergleichen Sie die Bearbeitungseffizienzen zwischen gRNAs oder Transfektionsmethoden.
Spezifitätstestung von CRISPR-Systemen
Messen Sie die Bearbeitungsgenauigkeit von CRISPR-Nukleasen oder Basiseditoren an Ziel- und Off-Target-Loci.
Vergleichen Sie verschiedene Leit-RNAs hinsichtlich ihrer Neigung zu Off-Target-Effekten.
Vergleichen Sie Cas9-Varianten oder alternative Editoren.
Profilbearbeitungsverhalten in verschiedenen Zelltypen oder genomischen Kontexten
Pfadinterrogation in Krankheitsmodellen
Integrieren Sie funktionale CRISPR-Screenings mit phänotypischen Auslesungen, um Signalwege oder Resistenzmechanismen zu untersuchen.
Identifizieren Sie Gene, die die Immunabwehr oder die Arzneimittelreaktion modulieren.
Kombinieren Sie sgRNA-Analysen mit RNA-seq oder ATAC-seq.
Untersuchen der transkriptionalen Konsequenzen von Genstörungen (z. B. über Perturb-seq)
Das sind keine abstrakten Anwendungsfälle – sie spiegeln reale wissenschaftliche Fragen wider, die Forscher uns jeden Tag stellen. Unser Ziel ist es, sicherzustellen, dass Ihre Sequenzierungsdaten, unabhängig von Ihrem CRISPR-System oder biologischen Modell, die Geschichte erzählen, die Sie testen möchten.
Was Sie von unseren CRISPR NGS-Diensten erhalten
Entwickelt für Forscher, die mehr als nur Rohdaten benötigen.
Jedes CRISPR-Projekt ist anders, und so sind auch die Datenanforderungen. Ob Sie Bearbeitungen bestätigen, Ziele screenen oder Off-Target-Effekte profilieren, wir liefern ein vollständiges Datenpaket, das auf Ihre experimentellen Ziele zugeschnitten ist.
Hier ist, was Sie als Standardlieferungen in unseren Genbearbeitungs-Sequenzierungsdiensten erwarten können:
🔹 Rohsequenzierungsdaten
Hochwertige FASTQ-Dateien, die von Illumina (Kurzleser) oder PacBio (Langleser) Plattformen erstellt wurden, bereit für unabhängige Analysen oder Archivierung.
🔹 Varianten-Erkennungs-Ausgaben
Je nach Ihrer Anwendung bieten wir:
Bearbeiten Sie Validierungsberichte konzentriert auf Einfügungen, Löschungen und Substitutionen an CRISPR-Zielorten
Zusammenfassungen von Off-Target-Mutationen Detailierung der Variantenhäufigkeit und -verteilung über vorhergesagte oder entdeckte Loci.
Alle Varianten sind annotiert und für eine einfache Weiterverwendung organisiert.
🔹 Visualisierungen & Zusammenfassungsdiagramme
Mutations-Hitzekarten und Indel-Verteilungsdiagramme für editierungsfokussierte Studien
Genom-Browser-Schnappschüsse und Lollipop-Diagramme zur Erkennung von Off-Targets
Vulkanplots, Rangplots und Heatmaps für bildschirmgestützte Analysen
🔹 Ausgerichtete Sequenzdateien
BAM- oder SAM-Dateien mit sauberen, annotierten Ausrichtungen zu Ihrem Referenzgenom – anwendbar für On-Target-Analysen, Off-Target-Erkennung oder sgRNA-Quantifizierung.
🔹 sgRNA-Häufigkeit & Screening-Ergebnisse
Für CRISPR-Screen-Experimente liefern wir:
sgRNA-Zählmatrizen
Differenzielle Häufigkeitstabellen
Anreicherungswerte und statistische Treffer
Diese Datensätze sind bereit für die Interpretation oder Integration in die Pfadanalyse.
🔹 Umfassender Analysebericht
Jedes Projekt wird mit einem klaren, strukturierten Bericht geliefert, der Folgendes umfasst:
Verwendete Methoden
Wichtigste Erkenntnisse
Qualitätskennzahlen
Ergebnisinterpretationshinweise
Diese Dokumente sind darauf ausgelegt, die Vorbereitung von Veröffentlichungen, Präsentationen oder Teamdiskussionen zu unterstützen.
Warum Sie sich für uns entscheiden sollten
Ein Sequenzierungspartner, der CRISPR als mehr als nur eine Technik versteht.
Wenn Sie mit CRISPR arbeiten, nehmen Sie nicht nur Änderungen vor – Sie bauen Systeme, testen Hypothesen und definieren Biologie. Bei CD Genomics haben wir eine Serviceplattform rund um diese Denkweise aufgebaut: technisch anspruchsvoll, biologisch bewusst und forschungsorientiert.
Hier ist, was uns von generischen Sequenzierungsanbietern unterscheidet:
Präzision durch Design
Unsere Workflows sind speziell für die Forschung im Bereich der Genom-Editierung entwickelt – von der Erkennung von Einzel-Lokus-Indels bis hin zum Tracking von pooled sgRNAs über gesamte Genom-Screenings. Jedes Protokoll, jede Plattform und jede Pipeline ist auf CRISPR-Kompatibilität validiert.
Tiefe Bioinformatik-Integration
Wir fügen Bioinformatik nicht am Ende hinzu. Sie ist von Anfang an in jedes Projekt integriert. Egal, ob Sie seltene Off-Target-Ereignisse kartieren oder phänotypische Daten auf Bildschirmniveau interpretieren, wir liefern nicht nur Daten – sondern auch Bedeutung.
Modularität trifft Skalierbarkeit
Sie können klein anfangen oder skalieren. Unsere Plattform ist flexibel genug, um gezielte Validierungen oder genomweite Entdeckungen zu bewältigen – ohne Sie in starre Servicepakete zu zwingen.
Wissenschaftler-zu-Wissenschaftler Unterstützung
Wir wissen, wie es ist, ein komplexes CRISPR-Experiment durchzuführen. Deshalb arbeiten Sie direkt mit technischen Experten zusammen, die Ihre Forschung verstehen, Ihre Sprache sprechen und Ihnen helfen, Lösungen zu entwerfen – nicht nur Proben zu verarbeiten.
Reproduzierbarkeit, auf die Sie sich verlassen können
Von qualitätskontrollierten Laborabläufen bis hin zu versionsverfolgten bioinformatischen Pipelines legen wir Wert auf Transparenz, Konsistenz und Dokumentation – damit Sie Ihre Ergebnisse reproduzieren und verteidigen können.
Genom-Editierung mit CRISPR: Wie man Off-Target-Effekte effektiv minimiert
Häufig gestellte Fragen zu Genom-Editing-Sequenzierungsdiensten
Nur für Forschungszwecke, nicht zur klinischen Diagnose, Behandlung oder individuellen Gesundheitsbewertung bestimmt.
Richtlinien zur Einreichung von Proben
