MassARRAY SNP-Genotypisierung

CD Genomics bietet eine schnelle und präzise maßgeschneiderte SNP-Validierung mit dem MassARRAY MALDI-TOF-Gerät von Agena Bioscience an. Unser MassARRAY SNP-Genotypisierungssystem kombiniert Massenspektrometrie, empfindliche und robuste Chemie sowie fortschrittliche Datenanalysesoftware, um Ihren Anforderungen gerecht zu werden. SNP-Genotypisierung Bedürfnisse.

Einführung in die MassARRAY SNP-Genotypisierung

MassARRAY SNP-Genotypisierung amplifiziert die DNA-Sequenz über der SNP-Stelle durch PCR und verwendet dann einen einzelnen Verlängerungsprimer, um die PCR-Produkte zu amplifizieren, wobei sichergestellt wird, dass der Primer nur um eine Base verlängert. Das verlängerte Produkt wurde durch TOF (Time-of-Flight) analysiert und der SNP wurde gemäß dem Unterschied im Molekulargewicht der Basen klassifiziert, und die Allelfrequenz der SNP-Stelle konnte ebenfalls berechnet werden. Die MassARRAY SNP-Genotypisierung kann mehrere SNP-Typisierungen in einer Reaktion durchführen. Diese Technik ist genau und bietet einen Preisvorteil bei der Analyse von Dutzenden oder Hunderten von SNPs.

Mit verschiedenen Detektions- und Softwaremodulen ist das MassARRAY^® Die iPLEX GOLD-Technologie ermöglicht die Forschung oder Anwendung von SNP-Genotypisierung, Genexpressionsforschung, Analyse von Kopienzahlvariationen, Genmethylierungsanalysen, Pathogen-Typisierung und pränataler Diagnostik auf einer Plattform. Die MassARRAY SNP-Genotypisierung hat sehr gute Anwendungsaussichten in den Bereichen Biowissenschaften, Medizin, Agrarforschung und so weiter. Sie hat Wissenschaftlern auf der ganzen Welt hervorragende Lösungen geboten.

Vorteile der MassARRAY SNP-Genotypisierung

• Genau und automatisiertDie Nukleinsäuredetektion mittels Massenspektrometrie ermöglicht die Auswertung nach molekularer Masse und nutzt modernste Technologien für die automatisierte, kontaktlose Dosierung von Reagenzien.
• Skalierbar und flexibelWir bieten eine Vielzahl von Optionen für SNP, Proben und Assay-Durchsatz an.
• Hohe MultiplexfähigkeitMultiplexieren Sie bis zu 30 SNP-Loci in einem einzigen Pool.
• Schnelles Assay-DesignEin neuer Test kann innerhalb weniger Stunden entwickelt werden. Darüber hinaus ermöglichen ein halbautomatisierter Arbeitsablauf und unveränderte Oligos eine schnelle Bearbeitungszeit.
• KostenwirksamDie Multiplexanalyse senkt die Kosten pro Probe, und die skalierbare Durchsatzrate optimiert die Batch- und Ressourcenanforderungen.

Anwendungen der MassARRAY SNP-Genotypisierung

• Genotypisierung und Mutationsnachweis
• Ultrasensitive Detektion
• Methylierungsanalyse
• Sortenidentifikation
• Funktionale Panelanpassung
• Pharmakogenomik-Forschung
• Validierung von Biomarkern

MassARRAY SNP-Genotypisierungs-Workflow

Die Verfahren für unser MassARRAY SNP-Genotyping sind unten dargestellt.

Dienstspezifikationen

	Musteranforderungen Probenart: genomische DNA DNA-Konzentration: 20-50 ng/µL, DNA-Volumen: ≥ 15 µL, OD260/280 = 1,7~2,0 ohne Abbau oder RNA-Kontamination
	Chip-Druck Sequenom MassARRAY iPLEX Gold Plattform
	Datenanalyse Genotypen werden durch Verhältnisanalysen des MALDI-TOF-Massenspektrometers bestimmt. Qualitätskontrolle und Detektion von Oligonukleotiden SNP-Typisierung und Berechnung der SNP-Allelhäufigkeit Erkennung und Analyse somatischer Mutationen Methylierungsquantitative Analyse …und mehr

Analyse-Pipeline

Liefergegenstände

• Die ursprünglichen Sequenzierungsdaten
• Experimentelle Ergebnisse
• Datenanalysebericht

Unser Service umfasst die maßgeschneiderte Gestaltung von SNP-Panels, die Herstellung von Oligos und das Pool-Balancing, die Durchführung von iPLEX-Chemie, die Analyse von Genotypisierungen und die Lieferung des Genotypberichts im Excel-Format. Unsere Arbeitsabläufe können sowohl für kleine als auch für große Prüfanforderungen ausgelegt werden. Wenn Sie zusätzliche Anforderungen oder Fragen haben, zögern Sie bitte nicht, uns zu kontaktieren.

Referenzen:

1. Aierken K, Dong Z, Abulimiti T, et al. CDK6 3'UTR-Polymorphism beeinflusst die Anfälligkeit für Gebärmutterhalskrebs bei uigurischen Frauen. Mol Genet Genomic Med2019 Mar 4:e626.
2. Cai J, Cui K, Niu F, et al. Genetik der IL6-Polymorphismen: Fall-Kontroll-Studie zum Risiko von Endometriumkarzinom. Mol Genet Genomic Med. 2019 Mar 3:e600.
3. Ji H, Lu L, Huang J, et al. IL1A-Polymorphism ist ein Risikofaktor für kolorektalen Krebs in der chinesischen Han-Bevölkerung: eine Fall-Kontroll-Studie. BMC Krebs2019 Feb 28;19(1):181.

Wie viele Proben können im MassARRAY-System verarbeitet werden?

Es hängt vom Assay-Design und dem Format des verwendeten SpectroCHIP-Arrays ab. Das MassARRAY-System verarbeitet 2 Chips pro Durchlauf. Der Chip kommt in einem von zwei Formaten, 96- oder 384-Well-Format. Wenn das Assay-Design ein einzelnes Well erfordert, liegt die Anzahl der in einem einzigen Durchlauf verarbeiteten Proben zwischen 768 Proben mit den 384-Well-Format-Chips und 192 Proben mit den 96-Well-Format-Chips.

2. Wie genau und reproduzierbar sind die experimentellen Ergebnisse der Matrix-unterstützten Laserdesorption/Ionisation Zeit-of-Flight Massenspektrometrie (MALDI-TOF)?

Unter bestimmten experimentellen Bedingungen können die Genauigkeit und Reproduzierbarkeit der Ergebnisse der SNP-Genotypisierung beide über 99 % erreichen.

3. Wie zuverlässig ist der MassARRAY SNP-Assay?

Entwickelt von dem amerikanischen Unternehmen Sequenom, hat die MassARRAY-Technologie eine Vielzahl von Anwendungen in der Krankheitsforschung, der molekularen Diagnostik und der molekularen Züchtung gefunden. Darüber hinaus wurden Forschungsarbeiten, die diese Technologie nutzen, in renommierten wissenschaftlichen Zeitschriften wie Nature, Science und Blood veröffentlicht.

4. Was ist das Prinzip von MassARRAY?

Die MassARRAY-Genanalysetechnologie basiert auf der MALDI-TOF-Massenspektrometrie. Das analytische Prinzip dieser Technologie beruht auf der Identifizierung von Basenvariationen an spezifischen SNP-Standorten durch den Gewichtsunterschied einzelner Basen. Darüber hinaus zeigt sie die Fähigkeit, DNA im ungefähren Massenbereich von 4500 Da bis 9000 Da zu detektieren, mit einer Massentrennung Auflösung von 16 Da.

Eine zweistufige genomweite Assoziationsstudie zur Identifizierung neuartiger genetischer Loci, die mit akuter Strahlentherapie-Toxizität bei Nasopharynxkarzinom assoziiert sind.

Journal: Molekulare Krebsforschung

Impact-Faktor: 15,302

Veröffentlicht: 23. August 2022

Hintergründe

Das Nasopharynxkarzinom (NPC) betrifft hauptsächlich Südchina, wobei die Strahlentherapie eine wichtige Behandlung darstellt, trotz erheblicher akuter und späte Toxizitäten. Diese Studie führte eine zweistufige GWAS an 1084 NPC-Patienten durch, um genetische Varianten zu identifizieren, die mit akuten Toxizitäten der Strahlentherapie verbunden sind, und ihre klinische prädiktive Leistung zu bewerten.

Methoden

Ergebnisse

Die GWAS-Analyse identifizierte 16 SNPs, die mit fünf Toxizitäten assoziiert sind, von denen fünf SNPs validiert wurden. Die Studie fand keine signifikanten SNPs für Myelosuppression, orale Mukositis und Speicheldrüsentoxizität in der Validierungskohorte, was eine hohe Datenqualität und ethnische Homogenität unter den Patienten sicherstellt.

Abb. 1. Design und Ergebnisse der genomweiten Assoziationsstudie in der Entdeckungs-Kohorte.
Träger des minor Allels hatten ein erhöhtes Risiko und eine höhere Resistenz gegenüber der Radiotherapie. Rs584547 zeigte ein ähnliches Muster ohne Stratifikation, mit höherer Grad-3-Toxizität und Resistenz bei A-Allel-Trägern.

Abb. 2. Patientenverteilung in verschiedenen Genotypen gemäß der Hautreaktionstoxizität (A) und der radiotherapeutischen Reaktion (B).
Fünf genetische Varianten wurden als potenzielle Biomarker zur Vorhersage von strahlentherapiebedingten Hautreaktionen und Dysphagie bei NPC-Patienten identifiziert, wobei Modelle, die genetische und klinische Faktoren kombinieren, die höchste Genauigkeit aufwiesen.

Abb. 3. Empfänger-Betriebskennlinien der drei Modelle für Hautreaktionen (A) und Dysphagie (B).
Die fünf Risikoloci wurden auf Gene kartiert, wobei vier SNPs auf Chromosom 2q14.2 mit LINC01101 und INHBB verbunden sind, während rs584547 die Expression des SYT8-Gens reguliert.

Abb. 4. Genkartierung und LD-Analyse von rs6711678, rs4848597, rs4848598, rs2091255 und rs584547.

Fazit

Die Autoren identifizierten fünf genetische Varianten, die mit akuten Toxizitäten der Strahlentherapie bei NPC-Patienten assoziiert sind, was helfen könnte, Behandlungsstrategien zu optimieren, um diese Toxizitäten zu reduzieren.

Referenz

1. Wang Y, Xiao F, Zhao Y, et al. Eine zweistufige genomweite Assoziationsstudie zur Identifizierung neuer genetischer Loci, die mit akuter Strahlentherapie-Toxizität bei Nasopharynxkarzinom assoziiert sind. Molekulare Krebsforschung2022, 21(1):169.