1. What sample types are required for DNA barcoding?

We accept a variety of sample types, including fresh or frozen tissues, leaves, seeds, or even environmental samples like soil or water. Samples should preferably be stored in 70-80% alcohol to preserve DNA integrity.

2. What is the typical turnaround time (TAT)?

Our typical turnaround time is 7-10 working days, depending on the complexity of the sample and the analysis required.

3. What sequencing method do you use?

We use Sanger sequencing, which is known for its high accuracy and reliability in generating quality DNA barcodes.

4. Can I use a different marker for DNA barcoding?

While we primarily use standardized markers for species identification (e.g., CO1 for animals, rbcL for plants), custom markers can be used on a case-by-case basis. Please contact us to discuss your specific needs.

5. What do I receive after the analysis?

You will receive a comprehensive report that includes: A summary of the identification results. Your sequence data in FASTA format. The top 10 species matches from the BLAST results. If requested, raw electropherogram files.

DNA-Barcoding-Dienste zur genauen Artenidentifikation

Inhaltsverzeichnis

Was ist DNA-Barcoding?

DNA-Barcoding ist eine leistungsstarke Methode zur Identifizierung von Arten, indem ein kleines, einzigartiges DNA-Segment jedes Organismus analysiert wird. Diese DNA-Sequenz fungiert als "Barcode", der es Forschern ermöglicht, Arten schnell und effizient genau zu identifizieren.

Das Konzept des DNA-Barcodings wurde 2003 von Dr. Paul Hebert eingeführt. Er schlug vor, die CO1-Gen (Cytochrom c-Oxidase-Untereinheit 1) aus mitochondrialer DNA, um Tierarten zu unterscheiden. Für Pflanzen verwenden Wissenschaftler häufig andere genetische Marker wie rbcL, matKund ITS2 als Barcodes.

DNA-Barcoding funktioniert, indem ein DNA-Segment aus einem Bereich des Genoms ausgewählt wird, der sowohl konserviert (ähnlich bei verschiedenen Arten) und Variable (ausreichend unterschiedlich, um Arten zu unterscheiden). Dieses Gleichgewicht ermöglicht es, dass dieselbe DNA-Region über eine Vielzahl von Arten hinweg angewendet werden kann, von Bakterien zu Tiere.

Bei Tieren, die CO1-Gen ist der am häufigsten verwendete DNA-Barcode. Für Pflanzen ist der rbcL und matK Gene werden typischerweise verwendet, während die ITS-Region ist der Barcode der Wahl für Pilze. Diese Methode ist vielseitig und kann auf verschiedene Probenarten angewendet werden – sei es ein ganzer Organismus, ein Gewebestück oder sogar Umweltproben, die Spuren von DNA aus mehreren Arten enthalten.

Hauptvorteile der DNA-Barcodierung

Geschwindigkeit und Effizienz: Traditionelle Methoden zur Artenidentifikation, wie die morphologische Analyse, können langsam sein und erfordern Expertenwissen. DNA-Barcoding hingegen ermöglicht eine schnellere Artenidentifikation, selbst bei der Arbeit mit beschädigten oder unvollständigen Proben.
Genauigkeit: Durch die Fokussierung auf spezifische, standardisierte DNA-Sequenzen reduziert das DNA-Barcoding erheblich die Fehler, die aufgrund visueller Identifikation oder Umweltfaktoren auftreten können.
Breite Anwendung: DNA-Barcoding ist äußerst anpassungsfähig und kann verwendet werden, um eine Vielzahl biologischer Materialien zu identifizieren, einschließlich Pflanzen, Pilzen, Tieren und Umweltproben wie Boden oder Wasser.

Unser DNA-Barcoding-Prozess

Bei CD Genomics folgen wir einem präzisen, optimierten Prozess, um zuverlässige Ergebnisse bei der DNA-Barcodierung zu gewährleisten. Hier ist eine Übersicht der beteiligten Schritte:

Probenentnahme

Sie stellen eine Probe Ihres interessierenden Organismus zur Verfügung – sei es eine Pflanze, ein Tier, ein Pilz oder ein Mikroorganismus. Die Probe kann alles sein, von einem ganzen Organismus bis zu einem kleinen Fragment (z. B. Blatt, Gewebe oder sogar Umwelt-DNA).

DNA-Extraktion

Wir beginnen mit der Extraktion von DNA aus Ihrer Probe. Unsere Protokolle sind für verschiedene Arten von biologischem Material optimiert, um sicherzustellen, dass hochwertige DNA gewonnen wird, die bereit für die Analyse ist.

PCR-Amplifikation

Als Nächstes verwenden wir Polymerase-Kettenreaktion (PCR) um die DNA-Barcoderegion zu amplifizieren. Dieser Schritt erzeugt Millionen von Kopien der Zielsequenz und stellt sicher, dass genügend Material für die Sequenzierung vorhanden ist.

Sequenzierung

Sobald die DNA amplifiziert ist, führen wir durch Sanger-Sequenzierung, die hochwertige, genaue Sequenzdaten für den Barcode-Bereich erzeugt.

Analyse & Artenidentifikation

Der letzte Schritt besteht darin, die erhaltene Sequenz mit Referenzdatenbanken zu vergleichen, wie zum Beispiel GenBank, um die Art zu identifizieren. Wir stellen einen detaillierten Bericht zur Verfügung, der Ihre Sequenzdaten und die besten Übereinstimmungen aus der Datenbank enthält.

DNA-Barcoding-Anwendungen

DNA-Barcoding bietet eine schnelle, zuverlässige Methode zur Artenidentifikation, die Bereichen wie Biodiversität, Lebensmittelsicherheit, Forensik und Landwirtschaft zugutekommt. Mit dem Fortschritt der Technologie erweitern sich auch die Anwendungsmöglichkeiten:

1. Biodiversität und Ökologie

DNA-Barcoding hilft dabei, Arten in Ökosystemen zu verfolgen, was Bewertungen der Biodiversität ohne physische Beobachtung ermöglicht. Es ist besonders nützlich in abgelegenen oder schwer zu untersuchenden Umgebungen, wie marinen Ökosystemen oder dichten Wäldern.

2. Lebensmittelsicherheit

In der Lebensmittelindustrie gewährleistet die DNA-Barcodierung die Authentizität von Zutaten, indem sie Artenersatz und Kontamination erkennt. Dies ist besonders wichtig für Produkte wie Meeresfrüchte, bei denen Fälschungen häufig vorkommen.

3. Pharmazeutische Forschung

DNA-Barcoding bestätigt die Authentizität pflanzlicher Rohstoffe, die in der Pharmazie verwendet werden, und gewährleistet die Qualität und Wirksamkeit von pflanzlichen Arzneimitteln.

4. Forensische Wissenschaft

In der Wildtierforensik verwendet, identifiziert die DNA-Barcodierung Arten in Fällen von illegalem Handel oder Wilderei, wodurch die Behörden illegale Aktivitäten zurückverfolgen und gefährdete Arten schützen können.

5. Umwelt-DNA (eDNA)

eDNA verwendet DNA-Barcoding, um Arten in Wasser-, Boden- und Luftproben zu überwachen. Es ist effektiv, um schwer fassbare oder invasive Arten ohne direkte Probenahme nachzuweisen.

6. Landwirtschaft und Schädlingsbekämpfung

In der Landwirtschaft identifiziert die DNA-Barcodierung Schädlingsarten, verfolgt deren Ausbreitung und hilft bei der Bekämpfung landwirtschaftlicher Krankheiten oder der Resistenz gegen Schädlinge.

DNA-Anforderungen

Genomisches DNA
Mindestprobenvolumen	Mindestens 15 μL mit einer Konzentration von 50-100 ng/μL.
Qualitätsprüfung	Eine 2%ige Agarosegel-Elektrophorese sollte ein klares Hauptband ohne Abbau zeigen.
DNA-Reinigung	Verwenden Sie ein DNA-Reinigungskit oder magnetische Perlen.
DNA-Lösungsmittel	In TE-Puffer oder sterilisiertem deionisiertem Wasser auflösen.
Visuelle Inspektion	Stellen Sie sicher, dass nach der Auflösung keine sichtbaren Verunreinigungen vorhanden sind.
Pflanzenmaterialien
Probenart	Frisches Gewebe; Blätter, die mit Silikagel getrocknet oder mit Trockeneis transportiert wurden.
Tierische Materialien
Probenart	Frisches Gewebe, in wasserfreiem Ethanol konserviert und bei niedriger Temperatur transportiert.

Demonstrationsergebnisse

DNA-Barcoding-Dienste FAQs

1. Welche Probenarten sind für das DNA-Barcoding erforderlich?

Wir akzeptieren eine Vielzahl von Probenarten, einschließlich frischer oder gefrorener Gewebe, Blätter, Samen oder sogar Umgebungsproben wie Boden oder Wasser. Proben sollten vorzugsweise in 70-80% Alkohol aufbewahrt werden, um die DNA-Integrität zu bewahren.

2. Was ist die typische Bearbeitungszeit (TAT)?

Unsere typische Bearbeitungszeit beträgt 7-10 Werktageje nach Komplexität der Probe und der erforderlichen Analyse.

3. Welche Sequenzierungsmethode verwenden Sie?

Wir verwenden Sanger-Sequenzierung, das für seine hohe Genauigkeit und Zuverlässigkeit bei der Erstellung qualitativ hochwertiger DNA-Barcodes bekannt ist.

4. Kann ich einen anderen Marker für die DNA-Barcodierung verwenden?

Während wir hauptsächlich standardisierte Marker zur Identifizierung von Arten verwenden (z. B., CO1 für Tiere, rbcL Für Pflanzen können maßgeschneiderte Marker je nach Bedarf verwendet werden. Bitte kontaktieren Sie uns, um Ihre spezifischen Anforderungen zu besprechen.

5. Was erhalte ich nach der Analyse?

Sie werden einen umfassenden Bericht erhalten, der Folgendes umfasst:

Eine Zusammenfassung der Identifikationsergebnisse.
Ihre Sequenzdaten im FASTA-Format.
Die Top 10 Artenübereinstimmungen aus den BLAST-Ergebnissen.
Falls angefordert, rohe Elektropherogramm-Dateien.

Zuverlässige DNA-Barcoding-Dienste zur Artenidentifikation