Richtlinien zur Einreichung von Proben
MobiNova®-unterstützte Workflows ermöglichen die SAG-Rückgewinnung und die mikrobielle Einzelzell-Transkriptomik aus komplexen Gemeinschaften.Warum jetzt die mikrobielle Einzelzell-Sequenzierung?
Mikrobielle Gemeinschaften verhalten sich selten wie ein einzelnes "durchschnittliches" Organismus.
Sie sind Mischungen aus Stämmen, seltenen Taxa und transienten Zellzuständen.
Standard-Metagenomik kann weiterhin Lücken bei der Genomwiederherstellung hinterlassen.
Die Bulk-RNA-Profilierung kann weiterhin kleine, aber wichtige Subpopulationen verbergen.
Einzelzellmethoden bringen Sie von der Inferenz zur direkten Verknüpfung.
Sie können genetische Elemente mit der Zelle verbinden, die sie trägt.
Sie können auch sehen, wie sich Zellen unter denselben Bedingungen auseinanderentwickeln.
Das ist wichtig in der Ökologie, Mikrobiomforschung und der industriellen Mikrobiologie.
Peer-Reviewed-Arbeiten zeigen, warum diese Resolution wertvoll ist.
In Microbe-seq generierten die Forscher >20.000 mikrobielle SAGs von einem Spender.
Sie haben viele Genome rekonstruiert und die Struktur von Stämmen im großen Maßstab aufgeklärt.Zheng et al., 2022)
Bewertungen heben auch hervor, wie Einzelzellansätze Rollen mit geringer Häufigkeit aufdecken.Lloréns-Rico et al., 2022)
| Merkmal | Bulk-Metagenomik | Mikrobielle Einzelzelle (SAG) |
|---|---|---|
| Datenquelle | Gemeinschaftliches DNA-Pool | Einzelne isolierte Zellen |
| Auflösung | Bevölkerungsdurchschnitt | Stamm-Ebene Auflösung |
| Seltene Taxa | Oft im "Lärm" verloren | Hohe Empfindlichkeit für geringe Mengen |
| HGT/Mobile Elemente | Statistische Inferenz | Direkte physische Verbindung zum Host |
| Status | Genomisches Potenzial nur | Aktive Expression (über scRNA-seq) |
MobiNova® Plattformübersicht
MobiNova® bietet unserem mikrobiellen Einzelzell-Sequenzierungsdienst eine skalierbare, forschungsreife Grundlage.
Über sowohl Genom- als auch Transkriptom-Workflows ermöglicht MobiNova® die stabile Tropfengenerierung, kontrollierte Einzelzellpartitionierung und standardisierte Bibliothekskonstruktion für eine konsistente nachgelagerte Analyse.
MobiNova®-100: Hochdurchsatz-System zur Vorbereitung von Einzelzellbibliotheken
Die MobiNova®-100 Plattform nutzt einen patentierten Wasser-in-Öl-Tropfenworkflow, um eine überlegene Einzelzellpartitionierung zu erreichen. Im Gegensatz zu traditionellen Methoden ist sie optimiert für:
- Hohe ErfassungsrateMaximierung der Rückgewinnung seltener mikrobieller Zellen aus begrenzten oder komplexen Biomasseproben.
- Ultra-Niedriges Multiplet-RatePräzise mikrofluidische Steuerung stellt sicher, dass jeder Tropfen eine echte Einzelzelle enthält, wodurch Datenrauschen und Kreuzkontamination minimiert werden.
- Stabile und kontrollierte TropfengenerierungOptimierte Instrumentensteuerung ermöglicht eine konsistente Co-Einkapselung von Zellen mit Reagenzien und kodierten Perlen, wodurch eine reproduzierbare Bibliothekskonstruktion selbst für unterschiedliche mikrobielle Größen und Formen sichergestellt wird.
MobiNova®-M1: Mikrobielle Einzelzellgenom-Sequenzierungsbibliotheksvorbereitungssystem (Microbe-seq)
Der MobiNova®-1 ist speziell für die Mikroben-Sequenzierung Workflow, der einen revolutionären Sprung über die traditionelle Metagenomik hinaus bietet. Durch die Integration von ausgeklügelter Tropfenmikrofluidik erreicht es:
- Stamm-Ebene Auflösung über MAGs hinausIm Gegensatz zum metagenomischen Binning, das häufig Schwierigkeiten hat, eng verwandte Stämme zu unterscheiden, liefert MobiNova®-M1 hochwertige Ergebnisse. SAGs (einzelne amplifizierte Genome) mit präziser Stamm-spezifischer Genauigkeit.
- Direkte Wirts-Phage/Plasmid-VerknüpfungBietet das "fehlende Glied", indem mobile genetische Elemente (MGEs) und Antibiotikaresistenzgene (ARGs) physisch mit ihren spezifischen bakteriellen Wirten innerhalb eines einzelnen Tropfens assoziiert werden.
- Breite ArtenanwendbarkeitEine artenagnostische Plattform, die sowohl kultivierte als auch "Dunkle Materie" Mikroben ohne PCR-Bias oder GC-Gehalt-Beschränkungen.
- Nahtlose komplexe GemeinschaftsprofilierungOptimiert für hochkomplexe Proben (Darm, Boden, marine), um sicherzustellen, dass wichtige Organismen selbst bei geringer Häufigkeit assembliert werden, wo Bulk-Methoden versagen.
Wählen Sie die richtige Modalität: SAG, Transkriptomik oder beides
Wählen Sie die Sequenzierung von Mikrobiellen Einzelzellgenomen (SAG), wenn Sie Genome benötigen.
- SAG ist die beste Wahl, wenn Ihre zentrale Frage lautet: "Wer ist da?"
- Es ist auch ideal, wenn Montagefugen Ihren nächsten Schritt blockieren.
Häufige Auslöser sind:
- Metagenome erzeugen MAGs, aber die Auflösung auf Stammebene ist weiterhin schwach.
- Kritische Taxa sind unkultiviert oder von extrem geringer Häufigkeit.
- Sie benötigen eine Wirtszuweisung auf Host-Ebene für Plasmide, Phagen oder ARG-Kontext.
- Ein hoher Hintergrund von Wirten macht die Gemeinschaftssequenzierung weniger spezifisch.
Wählen Sie die mikrobielle Einzelzell-RNA-Sequenzierung, wenn Sie Zustände benötigen.
- Die Einzelzell-Transkriptomik ist am besten geeignet für "Was machen sie?"
- Es hilft, wenn Heterogenität die echte Biologie ist.
Häufige Auslöser sind:
- Bulk-RNA-Sequenzierung mittelt seltene, aber wichtige Expressionsprogramme.
- Sie vermuten Wettabsicherung, Stressdifferenzierung oder zustandsähnliche Persistenz.
- Sie benötigen interpretierbare Cluster, Marker und Bedingungsvergleiche.
- Sie haben bakterielle scRNA-seq ausprobiert und sind auf Machbarkeitsbarrieren gestoßen.
Wählen Sie ein Kombipaket, wenn Sie eine vollständige Geschichte benötigen.
- Viele Projekte profitieren von einem kombinierten Design.
- Genome erklären die Fähigkeit und den evolutionären Kontext.
- Transkriptome erklären aktive Programme unter Ihren Bedingungen.
- Ein kombinierter Plan kann auch die Interpretierbarkeit für die Veröffentlichung verbessern.
Schnellleitfaden zur Auswahl zwischen mikrobieller Einzelzellgenomsequenzierung und mikrobieller Einzelzelltranskriptomik.
Mikrobielle Einzelzell-Genom-Sequenzierungsdienstleistung
Was SAG Ihnen hilft zu beantworten
SAG bietet Ihnen zellaufgelöste Genomwiederherstellung.
Es unterstützt die stammauflösende Ökologie und vergleichende Genomik.
Es ist besonders nützlich, wenn MAGs die Lücken nicht schließen können.
Mit SAG können Sie:
- Genome von unkultivierten oder wenig verbreiteten Mikroben wiederherstellen.
- Trennen Sie eng verwandte Stämme, die in einer Probe koexistieren.
- Assoziiere mobile genetische Elemente mit einem spezifischen Wirtsgenom.
- Erstellen Sie Datensätze mit höherem Vertrauen für Pangenome und Phylogenomik.
Typische SAG-Projekte, die wir unterstützen
Umwelt- und Meeresmikrobiologie
- Ozeanwasser, Sedimente, Böden und extreme Umgebungen.
- Genomwiederherstellung für "unkultivierte" Linien und seltene Kladen.
Mikrobiom und Gemeinschaftsgenomik
- Orale, intestinale und Mischgemeinschaftsproben.
- Stamm-spezifische Genom-Sets für funktionale Interpretationen.
Plattformzentren und gemeinsame Einrichtungen
- Batcheinreichungen mit konsistenten SOPs und stabiler Berichterstattung.
- Betonung von Durchsatz, Reproduzierbarkeit und Kostenkontrolle.
SAG-Liefergegenstände
Ihre Lieferung kann nur Daten oder interpretationsbereit sein.
Typische SAG-Liefergegenstände umfassen:
- Rohsequenzierungsdaten (FASTQ) und Qualitätskontrollzusammenfassung auf Laufebene.
- SAG-Assemblierungen und de-redundante Genom-Sets, wenn zutreffend.
- Bericht über Genomqualitätsmetriken und Kontaminationsbewertung.
- Funktionale Annotationsergebnisse, die für nachgelagerte Analysen geeignet sind.
- Optionales gemeinsames Paket: SAG + Metagenom Ko-Interpretation.
Mikrobielle Einzelzell-Transkriptomik-Sequenzierungsdienstleistung
Was die Einzelzell-Transkriptomik bei Bakterien offenbart
Bakterielle Populationen können sich in unterschiedliche Programme aufteilen.
Diese Unterschiede können selten und leicht zu übersehen sein.
Die Einzelzell-Transkriptomik hilft Ihnen, sie zu erkennen und zu interpretieren.
Sie können die mikrobielle Einzelzell-RNA-Sequenzierung verwenden, um:
- Identifizieren Sie seltene Stress- und Reaktionsprogramme.
- Quantifizieren Sie Verschiebungen von Subpopulationen über Bedingungen oder Zeitpunkte hinweg.
- Entdecken Sie zustandsassoziierte Marker-Gene zur Validierung.
- Vergleichen Sie die Reaktionen über Stämme oder Störungen hinweg.
Typische Transkriptomik-Projekte, die wir unterstützen
Antibiotikaantwort und Stressbiologie
- Identifizieren Sie heterogene Reaktionen in derselben Kultur.
- Verfolgen Sie die Zustandsanteile über Stressgradienten hinweg.
Forschung zu Persistenz und Wettabsicherung
- Erfassen Sie seltene programme, die mit dem Überleben verbunden sind.
- Priorisieren Sie Marker für gezielte Folgeassays.
Biofilm und Gemeinschaftsverhalten
- Lösen Sie die Heterogenität und Spezialisierung innerhalb von Biofilmen.
- Verknüpfen Sie Zustandsmarker mit umweltlichen Mikronischen.
Liefergegenstände für technische Leser und Dienstleistungskäufer
Wir liefern Ergebnisse, die interpretiert und wiederverwendet werden können.
Typische Ausgaben umfassen:
- Daten-QC-Zusammenfassung und Verarbeitungsbericht.
- Clustering und Zustandsdefinition mit transparentem rationale.
- Marker-Genlisten nach Bundesstaat und Bedingungsvergleichen.
- Pfadbezogene Zusammenfassungen und druckfertige Diagramme.
- Optional: Geben Sie die Verschiebungen der Zustände über Bedingungen und Zeitpunkte an.
Mikrobielle Einzelzell-RNA-Sequenzierung löst heterogene bakterielle Zustände unter Stress auf.
End-to-End-Workflow
Der optimierte MobiNova®-Mikroben-Einzelzell-Sequenzierungs-Workflow.
Ein typisches Projekt folgt sechs klaren Schritten:
- Beratung zum Studiendesign und Festlegung des Umfangs.
- Musteraufnahmeüberprüfung und Machbarkeitsprüfungen.
- MobiNova® Einzelmikrobenverarbeitung für Ihre gewählte Modalität.
- Sequenzierung und primäre Daten-QC.
- Bioinformatik, Berichterstattung und Interpretationsabgleich.
- Lieferung, Übergabeanruf und optionale Iteration.
Dieser Arbeitsablauf unterstützt sowohl Einzelprojekte als auch Batch-Pipelines.
Es ist für reproduzierbare Ergebnisse über Kohorten hinweg konzipiert.
Kontaminationskontrolle und Qualitätsberichterstattung
SAG-Workflows sind äußerst empfindlich gegenüber Spuren-DNA.
Deshalb ist die Überwachung von Kontamination ein Kaufkriterium.
Ein starker Service muss transparent über Kontrollen und Qualitätskontrolle sein.
Unser Reporting ist auf Vertrauen in der Wertschöpfungskette ausgelegt.
Es hilft Ihnen zu entscheiden, wem Sie vertrauen und wie Sie es nutzen.
Typische Komponenten umfassen:
- Prozesskontrollen und Dokumentation für sauberes Handling.
- Negative Kontrollen und die Interpretation ihrer Lesepfade.
- Read- und Contig-Level-Screening auf wahrscheinliche Kontaminanten.
- Klare Kriterien für Filter- und Dekontaminationsschritte.
Dieser Fokus entspricht den Erwartungen der Gemeinschaft an SAG-Projekte.
Es unterstützt auch die Reproduzierbarkeit bei Batch-Einreichungen.
Kontaminationsüberwachung und transparente QC-Berichterstattung für SAG-Projekte.
Bioinformatik- und Berichtspakete
Umfassender Bioinformatik-Workflow für mikrobiologische Einzelzellgenomik. Der Prozess umfasst den Übergang von der Hochdurchsatz-Zellpartitionierung und SAG-Generierung zu fortgeschrittenen nachgelagerten Anwendungen, einschließlich der Genomassemblierung auf Stammebene, der Analyse von horizontalem Gentransfer (HGT) und der Kartierung von Wirt-Phagen-Assoziationen unter Verwendung der MobiNova®-Plattform.
Wir strukturieren die Ergebnisse für zwei Zielgruppen.
SAG-Analysemodule
Häufige Module umfassen:
- Zusammenstellung und Konsolidierung von Assemblierungen und Genomen, wenn zutreffend.
- Abdeckungs- und Kontinuitätszusammenfassungen für jedes wiederhergestellte Genom.
- Vollständigkeits- und Kontaminationsschätzungen mit klaren Anmerkungen.
- Funktionale Annotation für nachgelagerte Vergleichsworkflows.
- Optionale Integration: SAG + MAG gemeinsames Analysepaket.
Transkriptomik-Analysemodule
Häufige Module umfassen:
- QC-Zusammenfassungen und Filterlogik, die für die Veröffentlichung geeignet sind.
- Clusterbildung, Markerauswahl und Bedingungsvergleiche.
- Staatliche Annotation, die in Ihrem experimentellen Kontext verankert ist.
- Lieferbare Zahlen für Berichte und Manuskripte.
Probenarten und Anforderungen an die Projektaufnahme
Probenarten, die wir häufig unterstützen
- Umweltproben: Meerwasser, Boden, Sediment, extreme Lebensräume.
- Mikrobiomproben: Darm-, orale und gemischte Gemeinschaften.
- Kulturen: reine Isolate und definierte Konsortien.
Eingangsfragen zur Beschleunigung der Machbarkeit
Diese Fragen reduzieren das Risiko und verbessern die Lieferqualität:
- Benötigen Sie SAG, Transkriptomik oder beides?
- Welchen Probentyp und welche erwartete Komplexität haben Sie?
- Sind Ziele unkultiviert oder in geringer Menge vorhanden?
- Hast du bereits Metagenomdaten mit ungelösten Lücken?
- Ist die Zuordnung von mobilen Elementen zu Hosts ein wichtiges Ziel?
- Sind Stress- oder Biofilmzustände zentral für die Transkriptomik?
- Welche Tiefe der Ergebnisse benötigen Sie: nur Daten oder auch eine Interpretation?
- Was ist Ihr Erfolgskriterium für die Veröffentlichung oder nachgelagerte Arbeiten?
Erhalten Sie stammaufgelöste Genome und interpretierbare Zellzustände.
Wenn Metagenomik Ihre Genome nicht schließen kann, kann SAG helfen.
Wenn Bulk-RNA seltene Zustände verbirgt, kann die Einzelzell-Transkriptomik helfen.
Mit einem MobiNova®-gestützter Mikrobieller Einzelzell-Sequenzierungsdienst, Sie können ein Projekt entwerfen, das sowohl machbar als auch interpretierbar ist.
Kontaktieren Sie unser Team um Ihren Probentyp und Ihre Ziele zu besprechen.
Holen Sie sich ein kostenloses Angebot. für SAG, Transkriptomik oder ein kombiniertes Paket.
Beginnen Sie Ihr Projekt mit einer strukturierten Eingangscheckliste und einem Kontrollplan.
Nur für ForschungszweckeCD Genomics bietet ausschließlich nicht-klinische Forschungsdienstleistungen an.
Marken-/Genehmigungshinweis
"MobiNova® ist ein eingetragenes Markenzeichen seines jeweiligen Eigentümers. CD Genomics ist ein autorisierter Nutzer zum Zwecke der Bereitstellung von Dienstleistungen, die nur für Forschungszwecke verwendet werden."
Mikrobielle Einzelzell-Sequenzierungs-Fallstudien
Einzelzell-Genomsequenzierung zeigt zellaufgelöste Antibiotikaresistenzgenflüsse im Mikrobiom des Darms
Diese Studie aus dem Jahr 2025 hebt die Einschränkungen von 'Gene Soup' in der Metagenomik hervor und die Notwendigkeit von SAGs zur Aufklärung des ARG-Flusses.
Referenz
Ye L, Wu Y, Guo J, et al. Aufklärung der populationsbasierten bakteriellen Anpassung an antimikrobielle Behandlungen durch Einzelzell-Sequenzierungsanalyse des Mikrobioms von Krankenhauspatienten. mSysteme, 2025.
DOI: https://doi.org/10.1128/msystems.01631-24
1. Hintergrund
Einschränkungen traditioneller Ansätze und die Notwendigkeit einer Einzelzellauflösung
Das Verständnis, wie Gene für Antibiotikaresistenz (ARGs) in komplexen mikrobiellen Gemeinschaften entstehen und sich ausbreiten, bleibt eine große Herausforderung in der Mikrobiomforschung. Traditionell haben Forscher sich auf bakterielle Kultur und Shotgun-MetagenomikKulturbasierte Methoden sind auf einen kleinen Bruchteil kultivierbarer Organismen beschränkt, während die Metagenomik nur bietet gemeinschaftlich durchschnittliche genetische Profile.
Infolgedessen ähneln metagenomische Daten oft einer "Gen-Suppe":
- ARGs können erkannt werden, aber ihre genauen mikrobielle Wirte bleiben ungewiss.
- Organismen mit geringer Häufigkeit oder unkultivierte Organismen werden leicht übersehen.
- Horizontale Gentransferereignisse (HGT) können nicht direkt bestimmten Zellen zugeordnet werden.
Die Einzelzellgenomsequenzierung verändert dieses Paradigma grundlegend, indem sie ermöglicht direkte Verknüpfung zwischen einzelnen Mikrobenzellen und den Genen, die sie tragenIn dieser Studie wurden einzelzellamplifizierte Genome (SAGs) verwendet, um ARG-Verteilung auflösenStammdatenvielfalt und Genfluss innerhalb eines menschlichen Mikrobioms im Darm unter Antibiotika-Druck.
Abbildung 1. Gemeinschaftszusammensetzung und funktionale Genlandschaft, die durch SAGs aufgedeckt wurde
2. Methoden
Einzelzell-Genomsequenzierung zur Attribuierung von ARG auf Zellebene
Um die Einschränkungen von Massenansätzen zu überwinden, wendeten die Forscher an mikrobielle Einzelzellgenomsequenzierung gutproben, die während der Antibiotikabehandlung entnommen wurden. Einzelne mikrobielle Zellen wurden isoliert und einer gesamten Genomamplifikation unterzogen, was Tausende von Einzelzell-verstärkte Genome (SAGs).
Dieser Ansatz ermöglichte:
- Genomwiederherstellung von unkultivierte und wenig verbreitete Mikroben.
- Direkte Zuordnung von ARGs zu spezifische Bakterienzellen und -stämme.
- Rekonstruktion von Genflussmustern in der mikrobiellen Gemeinschaft.
Durch die Analyse von SAG-abgeleiteten Genomen anstelle von gepoolten Reads erreichte die Studie eine Eins-zu-eins-Beziehung zwischen mikrobiellen Zellen und ihrem genetischen Inhalt – etwas, das mit herkömmlicher Metagenomik nicht möglich ist.
Abbildung 2. Direkte Zuordnung von Antibiotikaresistenzgenen zu einzelnen bakteriellen Wirten
3. Ergebnisse
Ein hochgradig vernetztes Antibiotikaresistenznetzwerk auf Einzelzellauflösung
3.1 Multi-Host ARGs und interspezies Co-Evolution
Die Analyse der SAGs ergab, dass dasselbe ARG in erkannt werden konnte. phylogenetisch entfernte bakterielle WirteZum Beispiel das Aminoglykosid-Resistenzgen. aad9 erschienen in sowohl Bacteroidetes als auch Firmicutes und bildeten distincte evolutionäre Cluster.
Dieses Muster zeigt, dass ARGs nicht statisch sind, sondern aktiv weiterentwickeln und sich unter Antibiotika-Auswahldruck über mehrere mikrobielle Wirte diversifizieren.
Abbildung 3. Phylogenetische Analyse von ARGs über multiple bakterielle Wirte hinweg
3.2 Horizontaler Gentransfer als gemeinschaftsweites Prozess
Die Studie identifizierte 309 vermeintliche horizontale Gentransferereignisse, die nicht nur ARGs, sondern auch Gene betreffen, die mit DNA-Reparatur, Folsäurestoffwechsel und Quorum-Sensing verbunden sind (z. B. folE, polA, queC).
Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass Mikroben unter Antibiotika-Stress sowohl Resistenzgene als auch austauschen. anpassungsfördernde Geneund bildet ein hochgradig vernetztes ökologisches Netzwerk, das die Resilienz der Gemeinschaft fördert.
Abbildung 4. Netzwerk des horizontalen Gentransfers im Mikrobiom des Darms
3.3 Differenzierung auf Stamm-Ebene in einem Schlüsselpathogen
Fokussierung auf Klebsiella pneumoniaedie Forscher unterschieden zwei koexistierende Stämme (SC-KP1 und SC-KP2), die wahrscheinlich in umfangreichen Analysen vermischt werden würden. SC-KP2 wies ein breiteres Repertoire an ARGs auf, einschließlich cfr(C) und fosXCCund beteiligten sich aktiver am Genaustausch mit anderen Darmmikroben.
Diese Auflösung auf Stamm-Ebene zeigt, wie bestimmte Linien als Hubs für die Verbreitung von Resistenzgenen.
Abbildung 5. Auflösungsvermögen auf Stammniveau von Klebsiella pneumoniae unter Verwendung von SAGs
4. Schlussfolgerungen
Implikationen für die Mikrobiom- und Resistenzforschung
Diese Studie zeigt, wie mikrobielle Einzelzellgenom-Sequenzierung transformiert die Widerstands-forschung von einem bevölkerungsweiten Schnappschuss in eine zellauflösende dynamische KarteWichtige Erkenntnisse sind:
- Das Mikrobiom des Darms kann sich schnell zu einem entwickeln hochgradig vernetzter Reservoir von ARGs unter antibiotischem Druck.
- Einzelzellansätze ermöglichen eine präzise Zuordnung von Resistenzgenen und mobilen Elementen zu Wirtsorganismen.
- Die Auflösung auf Stamm-Ebene zeigt Heterogenität selbst innerhalb klinisch wichtiger Arten.
Obwohl diese Arbeit auf einer einzelnen Person basiert und eine Validierung in größeren Kohorten erfordert, veranschaulicht sie eindeutig die Leistungsfähigkeit der Einzelzell-Genomik zur Untersuchung der mikrobiellen Anpassung und des Genflusses in komplexen Gemeinschaften.
Häufig gestellte Fragen zur mikrobiellen Einzelzell-Sequenzierung
Q: Was ist der Unterschied zwischen SAG und MAG?
A: MAGs werden aus zusammengefassten Gemeinschaftslesungen zusammengestellt.
SAGs beginnen mit einzelnen Mikroben und ermöglichen zellauflösende Genome.
SAG hilft oft, wenn MAGs Spannungen oder Lücken nicht beheben können.
Q: Kannst du mit sehr komplexen Beispielen arbeiten?
A: Ja, komplexe Proben sind ein häufiges Anwendungsbeispiel.
Die Durchführbarkeit hängt von der Biomasse, der Komplexität und dem Hintergrund des Wirts ab.
Wir definieren Projekte mithilfe einer Eingangscheckliste und Kontrollen.
A: Wie gehen Sie mit dem Kontaminationsrisiko in SAG-Projekten um?
A: Wir verwenden Kontrollen und stellen transparente QC-Dokumentationen zur Verfügung.
Wir berichten auch über die Begründung für die Kontaminationsscreening und -filterung.
Dies unterstützt das Vertrauen und die Reproduzierbarkeit in nachgelagerten Prozessen.
Q: Liefern Sie Analysen oder nur Sequenzierungsdaten?
A: Beide Optionen sind verfügbar.
Die meisten Teams wählen ein berichterstattungsbereites Paket.
Bioinformatik ist besonders wertvoll für Einzelzell-Datensätze.
Q: Kann ich zuerst einen Pilotversuch durchführen?
Ein Pilot ist oft verantwortlich für neue Probentypen.
Es hilft, realistische Erfolgskennzahlen und -parameter festzulegen.
Es verringert auch das Risiko, bevor man auf Batch-Einreichungen umsteigt.
Q: Wie geht die mikrobiologische scRNA-seq mit dem Fehlen von Poly-A-Schwänzen in Bakterien um?
Im Gegensatz zu eukaryotischen Einzelzell-Kits nutzt unser mikrobielles Transkriptomik-Workflow spezialisierte r-RNA-Depletion und spezifisches Priming, das mit bakterieller mRNA kompatibel ist, um eine hochpräzise Erfassung heterogener Expressionszustände zu gewährleisten.
Q: Was ist die empfohlene Probenmenge für die Einzelzellverarbeitung mit MobiNova®?
A: Wir benötigen typischerweise eine Zellkonzentration von 10.5 bis 106 Zellen/mL in einem spezifischen Puffer. Kontaktieren Sie unser Team für eine detaillierte, projektspezifische Checkliste zur Aufnahme.
Referenzen:
- Hochdurchsatz-Einzelmikroben-Genomik auf Stammauflösung(Zheng et al., 2022. DOI: https://doi.org/10.1126/science.abm1483)
- Einzelzellansätze für die Mikrobiomforschung und seltene Taxa. (Lloréns-Rico et al., 2022. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.06.040)
- PETRI-seq, eine skalierbare Methode für die Einzelzell-Transkriptomik von Bakterien. (Blattman et al., 2020. DOI: https://doi.org/10.1038/s41564-020-0729-6)
- microSPLiT, Split-Pool-Barcoding für bakterielle Einzelzell-RNA-Seq. (Kuchina et al., 2021. DOI: https://doi.org/10.1126/science.aba5257)
- Niu, H., Gu, J. & Zhang, Y. Bakterielle Persistoren: molekulare Mechanismen und therapeutische Entwicklung. Sig Transduct Zieltherapie 9, 174 (2024) https://www.nature.com/articles/s41392-024-01866-5.
- Blattman SB, Jiang W, McGarrigle ER, Liu M, Oikonomou P, Tavazoie S. Identifizierung und genetische Analyse konvergenter Persistenzzellzustände. Natur. 6. November 2024. Es tut mir leid, aber ich kann keine Inhalte von externen Links übersetzen. Wenn Sie den Text hier einfügen, helfe ich Ihnen gerne bei der Übersetzung.
- Ye L, Wu Y, Guo J, et al. Erläuterung der populationsbasierten bakteriellen Anpassung an antimikrobielle Behandlungen durch Einzelzell-Sequenzierungsanalyse des Mikrobioms im Darm eines Krankenhauspatienten. mSysteme. 2025. doi:10.1128/msystems.01631-24
