SNP-Mikroarray-Service

CD-Genomik kann Ihnen helfen, genetische Variationen effizient zu analysieren, um unterschiedlichen Forschungsbedürfnissen gerecht zu werden. Durch die Nutzung von Affymetrix- und Illumina-Array-Plattformen unterstützen wir die Hochdurchsatz-, Multiplex-Verarbeitung, um unterschiedlichen Forschungsbedürfnissen gerecht zu werden und liefern qualitativ hochwertige Daten zu geringen Kosten pro Probe.

Was ist ein SNP-Mikroarray-Test?

Ein Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Mikroarray stellt eine ausgeklügelte, hochgradige genomische Technologie dar, die in der Lage ist, einzelne Nukleotid-Polymorphismen im gesamten menschlichen Genom zu erkennen und zu analysieren. SNPs sind die häufigste Form genetischer Variation zwischen Individuen und zeichnen sich durch die Veränderung eines einzelnen Nukleotids innerhalb der DNA-Sequenz aus. Diese kleinen genomischen Veränderungen können einen erheblichen Einfluss auf ein breites Spektrum biologischer Merkmale haben, einschließlich Krankheitsanfälligkeit und pharmakogenomischer Reaktion.

SNP-Mikroarray-Erkennungsprinzipien:

• Chip-ZusammensetzungDas Mikroarray besteht hauptsächlich aus Glasfasersträngen und Nanomaterialien, wie Silikonperlen, die die Kernkomponenten des Chips bilden.
• Technische PrinzipienDer Chip integriert zahlreiche bekannte Sequenzsonden. Diese Sonden hybridisieren mit fluoreszenzmarkierten DNA-Molekülen aus Proben, um Hybridisierungssignale zu detektieren. Dieser Prozess erleichtert die Erfassung von Sequenzinformationen.

CD Genomics nutzt modernste SNP-Mikroarray-Technologie, um präzise und umfassende genetische Analysen bereitzustellen. Durch den Einsatz von Hochdichte-Array-Plattformen bietet CD Genomics detaillierte Einblicke in genetische Variationen, die die molekularen Grundlagen verschiedener Phänotypen und medizinischer Zustände aufdecken können. Diese fortschrittliche Technologie erleichtert die Identifizierung kritischer genomischer Loci, die für die Krankheitsanfälligkeit und die therapeutische Ansprechbarkeit verantwortlich sind, und könnte potenziell präventive Strategien sowie personalisierte medizinische Interventionen leiten.

Die Einführung in den SNP-Mikroarray-Service

Ausgestattet mit fortschrittlicher Variantenidentifikation und SNP-Genotypisierung Technologien bietet CD Genomics eine Reihe von Genotypisierung Dienstleistungen, die hochwertige Daten zu wettbewerbsfähigen Kosten pro Probe liefern. SNP-Mikroarrays sind ein unverzichtbares Werkzeug für Forscher, das die Erforschung genetischer Varianten – einschließlich SNPs und bedeutender struktureller Veränderungen – über ein Spektrum von Anwendungen hinweg erleichtert, von der ersten Entdeckung bis zum routinemäßigen Screening.

Sowohl Affymetrix- als auch Illumina-Genotypisierungs-Mikroarrays sind für ihre zuverlässige Leistung bekannt, was sie für Initiativen der Präzisionsmedizin, klinische und translationale Forschung, Pharmakologie, Verbraucherscreening und landwirtschaftliche Anwendungen geeignet macht. Je nach Art und spezifischer SNP-Auswahl können verschiedene Genotypisierungsstrategien eingesetzt werden, um unterschiedlichen Forschungsbedürfnissen gerecht zu werden.

Tabelle 1. Unsere verfügbaren automatisierten SNP-Genotypisierungsplattformen.

	Plattform	Anwendungen
	GeneTitan-Gerät zusammen mit Axiom-Array-Platten	Die Studien an Modellorganismen Agrarische Genotypisierung CarrierScan-Test Mausvielfalt Genotypisierung
	GeneChip Scanner 3000 7G System zusammen mit Affymetrix GeneChip	Präzisionsmedizinische Forschung Die Erkennung aller bekannten Mikroorganismen ADME
	Illumina iScan-System zusammen mit Illumina BeadChips	GWAS exonale Inhaltsstudien Bevölkerungsweite Studien CNV und LOH Agrarische Genotypisierung

Abbildung 1. Diagramm der Lage der HLA-kodierenden Gene.

Vorteile unseres SNP-Mikroarray-Services

• Anpassbar, flexibel und skalierbar
• Hohe Anrufquoten > 99 % und hohe Genauigkeit
• Kosteneffektiv und hochdurchsatzfähig
• Hohe Auflösung und Genauigkeit
• Umfassende Abdeckung und Flexibilität
• Schnelle Bearbeitungszeit
• Umfassende Dateninterpretation
• Identifiziert SNPs im gezielten oder gesamten Genommaßstab
• Neben SNPs können auch andere genetische Unterschiede, wie z. B. Kopiezahlvariationen, gemessen werden.
• Anwendungen in der Entdeckung und Validierung von Biomarkern, klinischen Tests, GWASPharmakogenomik, Forensik und Rassendiskriminierung

Anwendungen von SNP-Mikroarray

• Genetische ForschungSNP-Mikroarrays bieten einen detaillierten Überblick über genetische Variationen, die mit bestimmten Krankheiten und Eigenschaften verbunden sind, und fördern unser Wissen über genetische Einflüsse und Mechanismen.
• Personalisierte MedizinDurch die Analyse individueller genetischer Profile ermöglichen SNP-Mikroarrays maßgeschneiderte Behandlungspläne, die die Wirksamkeit von Medikamenten verbessern und das Risiko von unerwünschten Arzneimittelreaktionen verringern.
• Populationsgenetik und evolutionäre StudienDiese Arrays bieten Einblicke in die genetische Vielfalt und evolutionären Veränderungen in verschiedenen Populationen und helfen dabei, Migrationsmuster und evolutionäre Entwicklungen nachzuvollziehen.
• Klinische DiagnostikSNP-Mikroarray sind entscheidend für die Diagnose genetischer Erkrankungen und die Bewertung von Krankheitsrisiken, was frühzeitige Interventionen und maßgeschneiderte Gesundheitsstrategien ermöglicht.
• Landwirtschaft und TierzuchtIn der Landwirtschaft werden SNP-Mikroarrays eingesetzt, um wünschenswerte Eigenschaften in Pflanzen und Tieren zu verbessern, was zu höheren Erträgen und einer besseren Widerstandsfähigkeit gegen Krankheiten führt.

SNP-Mikroarray-Workflow

Der allgemeine Arbeitsablauf für SNP-Mikroarray ist unten skizziert. Wir verfügen über drei weithin anerkannte Genotypisierungsplattformen (Tabelle 1) zur genomweiten oder gezielten Identifizierung von SNPs und Kopienzahlvariationen auf eine hochgradig effiziente und kostengünstige Weise. Unser hochqualifiziertes Expertenteam führt das Qualitätsmanagement durch und überwacht jeden Schritt, um zuverlässige und unvoreingenommene Ergebnisse zu gewährleisten.

	Beispielanforderungen Genomisches DNA ≥ 300 ng, Mindestmenge: 100 ng, Konzentration ≥ 8 ng/µL DNA-Proben erfordern ein OD260/280, das so nah wie möglich bei 1,8~2,0 liegt. Alle DNA-Proben sollten mit RNase behandelt werden und dürfen keine Zersetzung oder Kontamination aufweisen. Hinweis: Musterbeträge sind nur zur Referenz aufgeführt. Für detaillierte Informationen bitte Kontaktieren Sie uns mit Ihren maßgeschneiderten Anfragen.
Klicken	SNP-Genotypisierung Eine breite Palette von Arrays steht für Menschen, Pflanzen und Tiere zur Verfügung, oder benutzerdefinierte Genotypisierungs-Array-Panels können erstellt werden, um Ihre spezifischen Bedürfnisse vollständig zu erfüllen. GeneTitan-Gerät GeneChip-Scanner Illumina iScan Die Genauigkeit und Zuverlässigkeit der Tests liegt in der Regel über 99,5 %.
	Bioinformatikanalyse Wir bieten mehrere maßgeschneiderte bioinformatische Analysen an: SNP-Identifizierung GWAS Verknüpfungskartenkonstruktion Genomische Selektion Bevölkerungsstruktur Analyse Hinweis: Die empfohlenen Datenoutputs und Analyseinhalte, die angezeigt werden, dienen nur zur Orientierung. Für detaillierte Informationen wenden Sie sich bitte an Kontaktieren Sie uns mit Ihren maßgeschneiderten Anfragen.

Analyse-Pipeline

Liefergegenstände

• Die ursprünglichen Sequenzierungsdaten
• Experimentelle Ergebnisse
• Datenanalysebericht
• Details in SNP-Mikroarray für Ihr Schreiben (Anpassung)

Unser umfassendes Dienstleistungsangebot umfasst den gesamten Workflow, von der Qualitätskontrolle genomischer DNA bis zur genauen Bestimmung von Genotypen. Darüber hinaus bietet CD Genomics die Möglichkeit, maßgeschneiderte Mikroarrays zu entwerfen, die auf die spezifischen Anforderungen Ihres Projekts abgestimmt sind. Bei weiteren Fragen oder zusätzlichen Spezifikationen zögern Sie bitte nicht, unser Team zu kontaktieren.

Teilweise Ergebnisse sind unten aufgeführt:

1. Die Einführung von Genotypisierungsplattformen von Illumina und Affymetrix.

Tabelle 1. Affymetrix- und Illumina-Genotypisierungslösungen.

2.Wie wähle ich die am besten geeignete Genotypisierungsplattform für meine spezifischen Bedürfnisse aus?

Die Wahl der Genotypisierungsstrategien hängt von der Art, dem Zweck, der Anzahl der SNPs pro Probe und der Anzahl der Proben ab. Für verschiedene Fälle empfehlen wir unterschiedliche Genotypisierung Technologien.

1. Für die genombreite SNP-Genotypisierung empfehlen wir Illumina BeadChips, Affymetrix GeneChips oder NGS.

2. Für die genweite SNP-Genotypisierung, wie z.B. Feinkartierung oder Haplotypisierung von Kandidatenregionen, empfehlen wir NGS- oder array-basierte Technologien.

3. Für die Analyse einzelner SNPs empfehlen wir Real-time PCR-Assays, Sanger-SequenzierungIllumina BeadChips, Affymetrix-Technologie oder NGS.

3. Welche Arrays sind bei CD Genomics verfügbar?

Bei CD Genomics bieten wir sowohl fertige als auch maßgeschneiderte Arrays für Ihre SNP-Genotypisierungsprojekte an.

Tabelle 2. Unsere verfügbaren Arrays für SNP-Genotypisierung.

Identifizierung von quantitativen Trait-Loci für Wurzelkrebsresistenz in Kohlgemüse Mit der Verwendung von Kohlgewächse SNP-Mikroarray

Zeitschrift: Frontiers in Plant Science

Impact-Faktor: 4,1

Veröffentlicht: 18. Juni 2018

Hintergrund

Klubwurzeln, verursacht durch Plasmodiophora brassicaeBeeinflusst Kohl schwerwiegend, indem es Wurzelgeschwülste induziert, die die Wasser- und Nährstoffaufnahme behindern und zu abnormalem Wachstum führen. Die Kontrolle ist aufgrund der Persistenz des Erregers im Boden herausfordernd, was die Entwicklung resistenter Sorten unerlässlich macht. Die Identifizierung von Quantitativen Trait Loci (QTLs) für die Resistenz gegen Wurzelkrebs (CR) in Brassica-Arten, einschließlich B. oleracea, ist entscheidend für die Züchtung resistenter Sorten. Jüngste Forschungen nutzten ein 60K Brassica SNP-Mikroarray, um CR QTLs in einer F2-Population zu kartieren, die aus einer resistenten Kohl-Linie abgeleitet wurde, was die Entwicklung von kohlresistenten Sorten unterstützt.

Materialien & Methoden

Ergebnisse

1. Phänotypische Leistung der Eltern und F2-Linien

'GZ87' zeigte vollständige Resistenz gegen Wurzelkrebs, während '263' stark anfällig war. Die F2-Linien wiesen eine signifikante Variabilität in den Merkmalen auf, wobei starke Korrelationen zwischen der Krankheitsinzidenz und bestimmten Merkmalen wie PCR und NFR festgestellt wurden.

TABELLE 1Die phänotypische Leistung der mit der Klumpfußresistenz verbundenen Merkmale in den Elternlinien und der F2-Population von Kohl (Brassica oleracea).

TABELLE 2Korrelation zwischen den mit der Klubenwurzelresistenz verbundenen Merkmalen in Kohlrabi.

2. SNP-Erkennung und Konstruktion von genetischen Karten

Von 52.157 SNPs waren 21.646 mit dem Genom von B. oleracea ausgerichtet, wobei die höchste Dichte auf dem Chromosom C03 lag. Eine genetische Verknüpfungskarte wurde mit 565 Bins über neun Verknüpfungsgruppen erstellt, die eine gute Übereinstimmung zwischen genetischen und physischen Positionen zeigt.

ABBILDUNG 1. Die Kohlrabi genetische Verknüpfungskarte und quantitative Trait-Loci (QTLs) für Krankheitsinzidenz (DIC), die Anzahl der faserigen Wurzeln (NFRs) und die P. Kohlgewächse Inhalte in Wurzeln (PCR).

3. QTLs für mit CR assoziierte Merkmale

Bedeutende QTLs für die Krankheitsinzidenz, die Anzahl der faserigen Wurzeln und den Gehalt an Plasmodiophora brassicae wurden identifiziert, wobei Überlappungen zwischen mehreren QTLs und hohe R2-Werte für bestimmte Intervalle auf den Chromosomen C08 und C06 festgestellt wurden.

ABBILDUNG 2Quantitative Trait Loci-Scans für mit Resistenzeigenschaften gegen Wurzelkrebs verbundene Merkmale in B. Oleracea in der ersten (roten) und der zweiten Replikation (grünen).

4. Vergleichende Analyse der CR-Loci

Bestimmte QTLs auf den Chromosomen von B. oleracea waren syntenisch mit bekannten CR-Loci in B. rapa, obwohl wichtige Regionen auf den Chromosomen C08 und C06 nicht mit zuvor berichteten CR-Loci übereinstimmten.

Fazit

Traditionelle QTL-Methoden waren weniger effizient, aber das 60K Brassica SNP-Mikroarray ermöglichte eine präzise Kartierung der genetischen Merkmale von B. oleracea. Die Krankheitsinzidenz und Wurzeltre traits wurden verwendet, um die Resistenz zu messen, was zu neuen QTLs führte und neuartige Resistenzloci mit minimaler Überlappung zu bekannten Regionen vorschlug.

Referenz

1. Peng L, Zhou L, Li Q, Wei D, Ren X, Song H, Mei J, Si J, Qian W. Identifizierung von quantitativen Trait-Loci für Wurzelkrebsresistenz in Brassica oleracea unter Verwendung von Brassica SNP-Mikroarray. Grenzen der Pflanzenwissenschaften2018, 18;9:822.