Oxford Nanopore Sequenzierungsdienste — Ultra-lange Reads, Echtzeitentscheidungen, direkte RNA

Wenn Ultra-Langlesungen und Echtzeit wichtig sind

Wenn Ihr Projekt Lesevorgänge erfordert, die länger als 20 kb sind – um große strukturelle Varianten abzudecken, Genomlücken zu schließen oder vollständige Transkript-Isoformen zu entschlüsseln – ist Oxford Nanopore Ihre beste Wahl. Nanopore hält den Rekord für die längsten jemals produzierten Sequenzierungslese (über 2 Mb). Es ist auch die einzige Plattform, die Daten in Echtzeit streamt – sodass Sie einen Lauf sofort stoppen können, sobald Sie genügend Abdeckung haben – und die einzige Plattform, die native RNA-Moleküle direkt sequenziert und dabei Modifikationsinformationen bewahrt, die cDNA-basierte Methoden verlieren.

Natürlich tauschen rohe Nanoporen-Lesungen eine gewisse Genauigkeit pro Lesung gegen diese Fähigkeiten ein (typischerweise Q10–20 roh, verbessernd mit der neuesten Chemie und Dorado-Basecallern). Für Projekte, die die höchste Genauigkeit pro Lesung erfordern, sollten Sie PacBio HiFi in Betracht ziehen; für die längsten Lesespannen, die Echtzeitüberwachung und die direkte RNA-Analyse hat Nanopore keine Konkurrenz.

Wie Nanoporen-Sequenzierung funktioniert

Nanopore-Sequenzierung lässt ein einzelnes DNA- oder RNA-Molekül durch einen in eine elektrisch resistente Membran eingebetteten Protein-Nanopore passieren. Während jedes Nukleotid den Pore durchquert, stört es den ionischen Strom auf eine sequenzspezifische Weise. Diese Stromänderungen werden in Echtzeit aufgezeichnet und von einem neuronalen Netzwerk-Basiscaller wie Dorado in Nukleotidsequenzen (A, T, C, G — oder RNA-Basen) decodiert.

Im Gegensatz zu Illumina (Sequenzierung durch Synthese mit Clusteramplifikation) oder PacBio (optische Erkennung von fluoreszenzmarkierten Nukleotiden in Zero-Mode-Wellenleitern mit zirkulärem Konsens) liest Nanopore das native Molekül direkt. Es sind keine Amplifikation, keine Synthese und keine optischen Messungen erforderlich. Das Rohsignal trägt nicht nur die Basenidentität, sondern auch Modifikationsinformationen (5mC, 6mA und RNA-Modifikationen), die bioinformatisch ohne zusätzliche Probenvorbereitung extrahiert werden können.

Warum es für Ihre Forschung wichtig ist:

• Ultra-lange Reads (die routinemäßig 1 Mb überschreiten, mit Rekord-Reads, die 2 Mb übersteigen). Sie umfassen Telomere, Zentromere, segmentale Duplikationen und große strukturelle Varianten, die mit Plattformen für kurze oder mittellange Reads nicht aufgelöst werden können.
• Echtzeit-Datenstreaming. Sequenzierungsergebnisse werden erzeugt, während das Molekül durch die Pore passiert, was eine Live-Überwachung der Ausbeute, adaptive Probenahme (Zielregionen in Echtzeit anreichern oder reduzieren) und eine sofortige Beendigung des Laufs ermöglicht, wenn genügend Daten gesammelt wurden.
• Direkte RNA- und native Modifikationsdetektion. Sequenzieren Sie RNA-Moleküle ohne Reverse-Transkription oder Amplifikationsverzerrung. Erkennen Sie DNA-Methylierung (5mC, 6mA) aus genomischen Reads und RNA-Modifikationen (m6A, Pseudouridin, Inosin) aus direkten RNA-Reads – alles aus dem Rohsignal, ohne dass eine Bisulfit-Konversion oder Anreicherungsschritte erforderlich sind.

Was Sie erhalten werden

Jedes Oxford Nanopore-Projekt wird mit transparenten Daten, detaillierter Dokumentation und reproduzierbaren QC-Metriken geliefert – für ein publikationsreifes Vertrauen.

Optionale Analyseausgaben (Wählen nach Dienst)

Bioinformatik und Datenanalyse

Unser Service bietet umfassende Nanoporen-Sequenzierungstechnologie, Bioinformatik und Anwendungsunterstützung für Oxford Nanopore Long-Read-Daten.