SNaPshot-Multiplex-System für SNP-Genotypisierung

CD Genomics bietet SNP-Genotypisierung mit dem einfachen und kostengünstigen SNaPshot-Multiplex-System an, um effiziente und schnelle Ergebnisse zu ermöglichen.

Was ist SNaPshot-Genotypisierung?

Das SNaPshot-Multiplex-System ist ein ausgeklügeltes SNP-Genotypisierung Technologie, die von Applied Biosystems (ABI) entwickelt wurde. Oft als "Mini-Sequenzierung" bezeichnet, basiert dieses Verfahren auf den Prinzipien der fluoreszenzmarkierten Einzelbasenerweiterung. Es zeichnet sich dadurch aus, dass es mehrere Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) gleichzeitig in einer einzigen Reaktion genotypisieren kann. Die Kerntechnologie von SNaPshot umfasst die Verwendung von fluoreszenzmarkierten Dideoxynukleotiden (ddNTPs), um die Verlängerung von DNA-Primer nach der Hinzufügung eines Nukleotids zu beenden, was eine präzise Bestimmung von SNPs basierend auf der emittierten Fluoreszenz ermöglicht.

Abbildung 1. Schematische Darstellung des SNaPshot-Assays.

Wie funktioniert ein SNaPshot-Assay?

Der SNaPshot-Test funktioniert durch einen methodischen und effizienten Arbeitsablauf, der mehrere entscheidende Schritte umfasst:

• Primer-DesignSpezifische Primer werden sorgfältig entworfen, um unmittelbar stromaufwärts der SNP-Stellen von Interesse zu hybridisieren. Diese Primer variieren in der Länge, was eine Unterscheidung zwischen SNPs während nachfolgender Analysen ermöglicht.
• Multiplex-PCRIn diesem Schritt wird eine multiplexe Polymerase-Kettenreaktion (PCR) durchgeführt, um Regionen zu amplifizieren, die die Ziel-SNPs enthalten. Dies beinhaltet die Verwendung mehrerer Primer innerhalb einer einzigen Reaktion, um PCR-Produkte zu erzeugen, die mehrere SNP-Loci umfassen, wodurch der Durchsatz und die Effizienz erhöht werden.
• Einzelbasis-ErweiterungInnerhalb des Reaktionsgemisches, das Sequenzierungsenzyme und vier fluoreszenzmarkierte ddNTPs enthält, erfahren die Primer eine Einzelbasenerweiterung. Jedes ddNTP ist mit einem einzigartigen fluoreszierenden Farbstoff versehen, der einem der vier Nukleotide (Adenin, Thymin, Cytosin, Guanin) entspricht und eine einzigartige Signatur für jede Base bietet.
• Erkennung und AnalyseDie erweiterten Produkte unterliegen der Kapillarelektrophorese, wobei die von den ddNTPs emittierten fluoreszierenden Signale detektiert und aufgezeichnet werden. Das Elektropherogramm zeigt Peaks, wobei die Position jedes Peaks mit dem SNP-Standort korreliert und seine Farbe das spezifische Nukleotid identifiziert.
• DateninterpretationDas Elektropherogramm wird mit spezieller Software analysiert, um SNP-Genotypen basierend auf den unterschiedlichen Peakfarben und -positionen zu bestimmen.

Dieser Ansatz ermöglicht die gleichzeitige Analyse von bis zu 16 SNPs in einer einzigen Reaktion, was ihn äußerst effizient für Genotypisierungsprojekte mit mittlerem Durchsatz macht.

Einführung des SNaPshot-Genotypisierungsdienstes

CD Genomics bietet umfassende SNaPshot-Genotypisierungsdienste, die auf unterschiedliche Forschungsanforderungen zugeschnitten sind. Durch den Einsatz modernster SNaPshot-Technologie gewährleistet CD Genomics eine Hochdurchsatz-SNP-Genotypisierung mit unübertroffener Genauigkeit und Effizienz. Unser Dienstleistungsangebot umfasst:

• Benutzerdefinierte Primer-DesignPrimers, die speziell auf Ihre SNPs von Interesse zugeschnitten sind.
• Multiplex-PCR und EinzelbasenerweiterungOptimierte Protokolle gewährleisten genaue und zuverlässige Ergebnisse.
• Fortgeschrittene KapillarelektrophoreseEinsatz modernster Technologie zur präzisen SNP-Erkennung.
• DatenanalyseExperteninterpretation von Elektropherogrammen mit branchenführender Software.

Unser SNaPshot-Genotyping-Service unterstützt Projekte, die die Analyse von 8 bis 16 SNPs über mehrere hundert bis tausende Proben hinweg umfassen, was ihn besonders geeignet für großangelegte genetische Studien und Anwendungen macht.

Vorteile des SNaPshot-Genotypisierungsdienstes

SNaPshot-Genotypisierung bietet mehrere eindeutige Vorteile:

• Hohe GenauigkeitDie SNaPshot-Methode erreicht eine Genauigkeitsrate von bis zu 99,9 % und bietet präzises SNP-Genotyping, das in der Zuverlässigkeit mit traditionellen Sequenzierungsmethoden konkurriert.
• Simultane MultiplexierungIn der Lage, bis zu 16 SNPs in einer einzigen Reaktion zu analysieren, wodurch die Zeit und die Kosten für die genetische Analyse erheblich reduziert werden.
• FlexibilitätAnpassungsfähig an eine breite Palette von Probenmengen, von einigen Hundert bis zu mehreren Tausend, und geeignet für unterschiedliche Forschungsmaßstäbe.
• Breite AnwendbarkeitWirksam für verschiedene SNP-Typen, einschließlich solcher, die an komplexen genetischen Merkmalen beteiligt sind, ohne Einschränkungen durch die Eigenschaften der SNP-Polymorphismen.
• KostenwirksamIm Vergleich zu vollständigen Sequenzierungsansätzen bietet SNaPshot eine kostengünstige Lösung für hochdurchsatzfähige Genotypisierung und liefert qualitativ hochwertige Ergebnisse zu geringeren Kosten.

Anwendungen der SNaPshot-Genotypisierung

SNaPshot-Genotypisierungstechnologie findet Anwendung in verschiedenen Forschungs- und klinischen Kontexten, einschließlich:

• Genetische AssoziationsstudienIdentifizierung genetischer Varianten, die mit Krankheiten oder Eigenschaften assoziiert sind.
• PopulationsgenetikUntersuchung der genetischen Vielfalt und evolutionären Beziehungen innerhalb und zwischen Populationen.
• PharmakogenomikUntersuchung genetischer Faktoren, die die Arzneimittelreaktionen beeinflussen, entscheidend für die personalisierte Medizin.
• Agrarische GenetikVerbesserung von Zuchtprogrammen durch Identifizierung genetischer Marker, die mit wünschenswerten Eigenschaften bei Pflanzen und Tieren verbunden sind.

Die Vielseitigkeit und Präzision von SNaPshot machen es zu einem unverzichtbaren Werkzeug sowohl in der akademischen Forschung als auch in angewandten genetischen Studien, da es robuste Fähigkeiten für eine Vielzahl genetischer Untersuchungen bietet.

SNaPshot Genotypisierungs-Workflow

Zunächst werden die Primer verwendet, um das Ziel-SNP-Fragment zu amplifizieren, und Exo I sowie die Shrimp Alkaline Phosphatase (SAP) werden zu den Amplifikationsprodukten hinzugefügt, um die Primer und die verbleibenden dNTPs abzubauen. Anschließend werden die gereinigten Produkte als Vorlagen verwendet, und die PCR wird unter Verwendung des Sequenzierungsenzym, vier fluoreszierend markierten ddNTPs und den 5'-terminalen Erweiterungsprimern, die nahe der SNP-Stelle liegen, durchgeführt. Die Primer verlängern sich nur um eine Base. Nach dem ABI-Sequencer werden die entsprechenden SNP-Loci anhand der Position und Farbe des Peaks bestimmt. Anhand der Farbe des Peaks können wir den Typ der Base erkennen und die Gensequenz der Probe identifizieren. Es wird normalerweise zur Analyse von 3 bis 30 SNP-Stellen verwendet. Ein typisches SNaPshot Multiplex-System für den SNP-Genotypisierungs-Workflow ist wie folgt dargestellt:

Dienstspezifikationen

	Musteranforderungen Genomisches DNA, frisches Gewebe, Blut, Zellproben Genomisches DNA: Volumen ≥20 μL, Konzentration ≥50 ng/µL Blut ≥1 ml Zelle ≥ 106 Gewebe ≥ 300 mg, DNA-Proben sollten einen OD260/280-Wert haben, der so nah wie möglich bei 1,8~2,0 liegt. Alle DNA-Proben sollten mit RNase behandelt werden und dürfen keine Zersetzung oder Kontamination aufweisen. Hinweis: Musterbeträge sind nur zur Referenz aufgeführt. Für detaillierte Informationen wenden Sie sich bitte an kontaktieren Sie uns mit Ihren maßgeschneiderten Anfragen.
Klicken	Sequenzierungsstrategie ABI PRISM 3700 DNA-Analysator
	Bioinformatische Analyse Wir bieten mehrere maßgeschneiderte bioinformatische Analysen an: ABI Genescan™ Softwarepaket Krankheitsforschung: Verknüpfungsanalyse und Assoziationsstudien Menschenidentifikation: forensische und Vaterschaftstests Molekulardiagnostische Forschung: Fragiles X-Syndrom, Mukoviszidose (CF) und Tests auf Verlust der Heterozygotie (LOH) Tierzucht: Elterntests bei Tieren und Tiergenotypisierung Agrar- und mikrobiologische Typisierung: Technik der amplifizierten Fragmentlängenpolymorphismen (AFLP®) Hinweis: Die empfohlenen Datenoutputs und Analyseinhalte, die angezeigt werden, dienen nur zur Referenz. Für detaillierte Informationen, bitte kontaktieren Sie uns mit Ihren maßgeschneiderten Anfragen.

Analyse-Pipeline

Liefergegenstände

• Rohdaten-Dateien (.fsa)
• Elektropherogramm-Dateien (.pdf)
• Primersequenzen, die in Amplifikations- und Reaktionssystemen verwendet werden
• Genotypisierungsergebnisse (.excel)

Mit professionellen bioinformatischen Fähigkeiten bietet CD Genomics hochwertige SNP-Genotypisierung Dienstleistungen für Sie. Wenn Sie Fragen haben, können Sie uns gerne kontaktieren.

Teilweise Ergebnisse sind unten aufgeführt:

Kann SNaPshot Probenkontamination erkennen?

Ja, der SNaPshot-Test kann das Vorhandensein von exogener DNA-Kontamination identifizieren, indem er die Höhenverhältnisse der dualen Peaks im Elektropherogramm analysiert. Diese Methode bietet eine zuverlässige Möglichkeit, die Integrität der Probe zu bewerten.

2. Kann die SNaPshot-Methode unbekannte Polymorphismen nachweisen?

Ja, die SNaPshot-Methode ist in der Lage, unbekannte Polymorphismen zu erkennen, vorausgesetzt, die Sequenzen, die die Mutationsstelle flankieren, sind bekannt. Dies ermöglicht eine genaue Basenidentifizierung an der Zielstelle.

3. Kann SNaPshot für die Analyse von SNPs im gesamten Genom verwendet werden?

Der SNaPshot-Test ist auf gezielte SNP-Genotypisierung zugeschnitten und daher sehr effektiv für die Analyse spezifischer SNPs, anstatt eine umfassende SNP-Analyse des gesamten Genoms durchzuführen. Für umfangreiche genomische Studien, die eine breite Untersuchung von SNPs im gesamten Genom erfordern, sind andere Technologien wie SNP-Arrays oder Next-Generation-Sequenzierung (NGS) bieten größere Abdeckung und Durchsatz.

TIMD4 Der rs6882076 SNP ist mit verringerten Triglyceridspiegeln sowie dem Risiko für koronare Herzkrankheit und ischämischen Schlaganfall assoziiert.

International Journal für Medizinische Wissenschaften

Impactfaktor: 3,2

Veröffentlicht: 2. Juni 2019

Hintergrund

Koronare Herzkrankheit (KHK) und ischämischer Schlaganfall (IS) sind bedeutende Gesundheitsprobleme, die mit Atherosklerose und gemeinsamen Risikofaktoren verbunden sind. Diese Studie untersuchte die TIMD4 rs6882076 SNP unter Verwendung der Snapshot-Technologie bei 1.765 Individuen (581 mit KHK, 559 mit IS und 625 Kontrollen), um seine Assoziation mit KHK, IS und Serumlipidspiegeln zu untersuchen.

Materialien & Methoden

Ergebnisse

Die Studie verglich klinische und genetische Merkmale zwischen Patienten mit CHD oder IS und gesunden Kontrollen. Sie stellte fest, dass Patienten mit CHD oder IS ein höheres Körpergewicht, einen höheren BMI, einen höheren systolischen Blutdruck, höhere Triglyceride (TG) und höhere Raten von Bluthochdruck aufwiesen, jedoch niedrigere Werte für Gesamtcholesterin (TC), HDL-C, ApoA1 und das Verhältnis von ApoA1/ApoB im Vergleich zu den Kontrollen. TIMD4 Der SNP rs6882076 zeigte unterschiedliche genotypische und allelische Frequenzen zwischen Patienten und Kontrollen. T-Allel-Träger hatten ein reduziertes Risiko sowohl für CHD als auch für IS. Bei den Kontrollen hatten T-Allel-Träger niedrigere TG-Spiegel im Vergleich zu Nicht-Trägern, obwohl dies bei Patienten mit CHD oder IS nicht signifikant war. Die multivariate Analyse identifizierte Alkoholkonsum, hohen BMI und Hyperlipidämie als Risikofaktoren für sowohl CHD als auch IS, während Rauchen ein Risikofaktor für CHD, aber nicht für IS war.

Tabelle 2 Genotypische und Allelfrequenzen der TIMD4 rs6882076 SNP und das Risiko für KHK und IS [n (%)]

Tabelle 3 Die TIMD4 rs6882076 SNP und das Risiko für KHK und IS in Abhängigkeit von Geschlecht, Alter, Body-Mass-Index, Rauchverhalten und Alkoholkonsum

Fazit

Der TIMD4 Der rs6882076 SNP ist mit niedrigeren Serumtriglycerid (TG)-Spiegeln und einem reduzierten Risiko für koronare Herzkrankheit (KHK) und ischämischen Schlaganfall (IS) in der südchinesischen Han-Bevölkerung verbunden. T-Allel-Träger haben ein verringertes Risiko für beide Erkrankungen und niedrigere TG-Spiegel im Vergleich zu Nicht-Trägern. Dies deutet darauf hin, dass der SNP das Risiko für KHK und IS durch die Senkung der Serum-TG-Spiegel verringern könnte.

Referenz:

1. Khounphinith E, Yin RX, Cao XL, et al. TIMD4 Der SNP rs6882076 ist mit verringerten Triglyceridspiegeln sowie dem Risiko für koronare Herzkrankheit und ischämischen Schlaganfall assoziiert. Internationales Journal für Medizinische Wissenschaften2019, 16(6):864.