Fertige Bibliothekssequenzierung

Die Einführung von vorgefertigten Bibliotheks-Sequenzierungen

CD Genomics akzeptiert die von Kunden vorbereiteten Bibliotheken zur Sequenzierung. Sie können die Bibliotheken für einen vollständigen QC-Test einreichen und unseren Sequenzierungsdienst nutzen. Wir bieten die fortschrittlichsten und leistungsstärksten Sequenzierungsplattformen mit unterschiedlichen Kapazitäten und Lese-längen, um jedem Projektumfang, Budget und Turnaround gerecht zu werden. Unsere QC-Bibliothek gewährleistet eine optimale Cluster-Generierung und maximale Datenausgabe für jeden Lauf. Verschiedene Proben können multiplexiert und zusammen sequenziert werden, solange sie die gleiche Lese-länge haben. Unser hoch erfahrenes Team bietet Beratung zu den besten Sequenziergeräten für verschiedene Forschungsziele. Wir bieten auch KOSTENLOSE PhiX-Spike-ins, Demultiplexing (FASTQ) und Datenübertragung über FTP an.

Fertige Bibliothekssequenzierung ist ein Hochdurchsatz-Sequenzierung Technik, die für die systematische Analyse des Genoms, Transkriptoms oder anderer Nukleinsäuresequenzen biologischer Proben verwendet wird. Sie umfasst die Vorbereitung von Nukleinsäuren aus der Probe in Bibliotheken, gefolgt von der Sequenzierung mit Hochdurchsatz-Sequenzierern, wodurch eine große Menge an Sequenzdaten für weitere Analysen erzeugt wird. Vorgefertigte Bibliotheken beinhalten das Fragmentieren der Nukleinsäuren der Probe vor der Sequenzierung und durch eine Reihe biochemischer Reaktionen das Einfügen von Adaptersequenzen, die mit der Sequenzierungsplattform kompatibel sind, wodurch sie für Hochdurchsatz-Sequenzierer geeignet werden.

Wenn Sie mehr über vorgefertigte Bibliothekssequenzierung erfahren möchten, können Sie sich auf unseren Artikel beziehen "Die Einführung und der Arbeitsablauf der vorgefertigten Bibliothekssequenzierung."

Vorteile der vorgefertigten Bibliothekssequenzierung

• Hohe Durchsatz: In der Lage, in kurzer Zeit eine große Menge an Sequenzdaten zu erzeugen.
• Vielseitigkeit: Anwendbar auf verschiedene Arten von Nukleinsäurenproben (DNA, RNA usw.).
• Flexibilität: Ermöglicht Forschung auf verschiedenen Ebenen wie Genomik, Transkriptomik, Epigenomikusw.
• Genauigkeit: Hochdurchsatz-Sequenzierung Die Technologie weist eine hohe Genauigkeit und Abdeckung auf.
• Zuverlässige Expertise: Ein kompetentes Team führt Sie durch jeden Schritt der Probenbearbeitung.
• Schnelle Bearbeitungszeit: Bietet die schnellste Bearbeitungszeit für die Probenverarbeitung, ermöglicht einen schnelleren Übergang von der Qualitätskontrolle zur Datenverbreitung und beschleunigt die Projektzeitpläne.

Anwendung der vorgefertigten Bibliothekssequenzierung

• Genomik Forschung
• Transkriptomik Forschung
• Epigenetikforschung
• Mikrobiomforschung
• Onkologische Forschung
• Forschung zu seltenen Krankheiten
• Agrar- und Züchtungsforschung
• … und mehr

Vorgefertigter Bibliotheks-Sequenzierungs-Workflow

Die Qualitätsinspektionsmethode der Größen und Konzentrationen der Bibliothek ist Qubit, Agilent Bioanalyzer.

Dienstspezifikationen

Musteranforderungen

Hinweis: Musterbeträge sind nur zur Referenz aufgeführt. Für detaillierte Informationen wenden Sie sich bitte an Kontaktieren Sie uns mit Ihren maßgeschneiderten Anfragen.

Sequenzierungsstrategie

Illumina-Sequenzierung:

Pacbio-Sequenzierung

Bioinformatikanalyse

• Datenqualitätskontrolle
• Datenvorverarbeitung
• Ausrichtung
• Versammlung
• Variantenerkennung
• Genexpressionsanalyse
• Funktionale Annotation
• … und mehr

Hinweis: Die empfohlenen Datenoutputs und Analyseinhalte, die angezeigt werden, dienen nur zur Referenz. Für detaillierte Informationen, bitte Kontaktieren Sie uns mit Ihren maßgeschneiderten Anfragen.

Analyse-Pipeline

Liefergegenstände

• Die ursprünglichen Sequenzierungsdaten
• Experimentelle Ergebnisse
• Datenanalysebericht
• Details in der vorgefertigten Bibliothekssequenzierung für Ihr Schreiben (Anpassung)

1. Welche Arten von Proben können für die Sequenzierung von vorgefertigten Bibliotheken verwendet werden?

Für die Sequenzierung mit vorgefertigten Bibliotheken werden verschiedene Probenarten verwendet, darunter:

• Genomisches DNA: Verwendet für Whole-Genome-Sequenzierung (WGS) oder gezielte Sequenzierung Anwendungen.
• RNA: Eingesetzt in der Transkriptom-SequenzierungRNA-Seq), die gesamte RNA, mRNA und kleine RNA umfasst.
• cDNA: Wird verwendet, um revers-transkribierte RNA in bestimmten Kontexten zu sequenzieren.

2. Wie wird die Qualität der vorgefertigten Bibliothek bewertet?

Die Qualität der vorgefertigten Bibliothek wird bewertet durch:

• Größenverteilung: Analyse der Fragmentgrößenverteilung mit einem Instrument wie dem Agilent Bioanalyzer oder TapeStation.
• Konzentrationsmessung: Quantifizierung der Bibliothekskonzentration mithilfe eines Qubit-Fluorometers oder quantitativer PCR (qPCR).
• Qualitätskontrollmetriken: Überprüfung auf Adapterdimeren, Kontamination und allgemeine Qualität mithilfe von Tools wie FastQC für Rohsequenzierungsdaten.

3. Worauf bezieht sich die Einheitlichkeit der Bibliotheksausgabe?

Während der Sequenzierung bleibt das Datenvolumen der Bibliotheken im selben Lane einheitlich im Verhältnis zur Menge des Bibliotheksinputs. Zum Beispiel, wenn 5 Bibliotheken gemischt werden und insgesamt 50G Daten erzielt werden, sollte es nicht vorkommen, dass eine Bibliothek 30G Daten liefert, während eine andere nur 5G liefert; jede Bibliothek sollte idealerweise gleichmäßig mit 10G beitragen.

Kann die vorgefertigte Bibliothekssequenzierung für die Einzelzellanalyse verwendet werden?

Sicherlich kann die vorgefertigte Bibliothekssequenzierung für die Einzelzellanalyse umgenutzt werden. Techniken wie die Einzelzell-RNA-Sequenzierung (scRNA-seq) beinhalten das Isolieren einzelner Zellen, das Rücktranskribieren von RNA in cDNA und das Erstellen von Sequenzierungsbibliotheken aus der resultierenden Einzelzell-cDNA. Diese Methodik ermöglicht die Untersuchung der Genexpression auf Einzelzellebene und eröffnet Einblicke in die zelluläre Heterogenität und Funktion.

Landschaft somatischer Mutationen in 560 Ganzgenomsequenzen von Brustkrebs

Zeitschrift: Natur

Impactfaktor: 64,8001

Veröffentlicht: 2. Mai 2016

Hintergrund

Die mutationalen Theorie des Krebses postuliert, dass spezifische Veränderungen der DNA-Sequenz, die als "Driver"-Mutationen bezeichnet werden, den Zellen proliferative Vorteile verschaffen und so das Auftreten von malignen Zellpopulationen fördern. Diese Mutationen können aus verschiedenen Mechanismen resultieren, einschließlich der Exposition gegenüber Mutagenen, Fehlern in den DNA-Reparaturmechanismen und Ungenauigkeiten während der DNA-Replikation. Technologischer Fortschritt, der von der Karyotypanalyse bis hin zu Hochdurchsatz- DNA-Sequenzierung, hat die Abgrenzung von krebsassoziierten Mutationen erheblich verbessert. Dennoch wurde die Hauptaufmerksamkeit auf protein-codierende Regionen gerichtet, wodurch wichtige Fragen zu Mutationen in nicht-codierenden Regionen und den zugrunde liegenden mutagenen Prozessen beim Brustkrebs unbeantwortet blieben. Um diese Wissenslücken zu schließen, führten wir eine eingehende Analyse von Ganzgenomsequenzen Von 560 Brustkrebserkrankungen streben wir eine umfassende Aufklärung der somatischen Mutationen in diesem Zusammenhang an.

Methoden

Ergebnisse

Die gesamten Genome von 560 Brustkrebserkrankungen und passenden nicht-neoplastischen Geweben wurden sequenziert, wobei zahlreiche somatische Mutationen entdeckt wurden. Durch die Kombination von Daten aus verschiedenen Quellen wurden neue Krebs-Gene identifiziert und Treibermutationen definiert. Genomische Umstellungen und Veränderungen der Kopienzahl trugen zusätzlich zur Identifizierung von Treibermutationen bei, wobei TP53, PIK3CA und MYC zu den am häufigsten mutierten Genen gehören.

Abb. 1. Kohorte und Katalog somatischer Mutationen in 560 Brustkrebserkrankungen.

Wir haben nicht-kodierende somatische Mutationen untersucht und wiederkehrende Mutationen im Promotor von PLEKHS1 identifiziert, die mit den mutationalen Signaturen 2 und 13 verbunden sind. Ähnliche Mutationen wurden in den Promotoren von TBC1D12 und WDR74 festgestellt, was auf eine potenzielle Hypermutabilität hindeutet. Darüber hinaus wurden Mutationen in den langen nicht-kodierenden RNAs MALAT1 und NEAT1 nachgewiesen, obwohl ihre Bedeutung als Treibermutationen ungewiss bleibt.

Abb. 2. Nicht-kodierende Analysen von Brustkrebs-Genomen.

Fazit

Der Fortschritt zu einem umfassenden Verständnis der Genetik von Brustkrebs ist im Gange und zeigt mehrere mutationale Signaturen sowie die Beteiligung zahlreicher Krebs-Gene. Die Seltenheit von dominierend wirkenden Fusionsgenen und nicht-kodierenden Treibermutationen deutet jedoch auf zusätzliche Komplexitäten hin. Dennoch bleiben viele Fragen offen, einschließlich der Identifizierung weiterer Krebs-Gene und der Rollen von Viren oder Mikroben. Eine weitere Untersuchung von gesamten Genomsequenzen von Brustkrebspatienten ist erforderlich, um die somatische mutationale Landschaft der Krankheit vollständig zu erhellen.

Referenz:

1. Nik-Zainal S, Davies H, Staaf J, et al. Landschaft somatischer Mutationen in 560 Ganzgenomsequenzen von Brustkrebs. Natur, 2016, 534(7605): 47-54.