Richtlinien zur Einreichung von Proben
NovaSeq 6000
Im Jahr 2017 kündigte Illumina neue Sequenzierer, NovaSeq 6000, an, die potenziell die Kosten für die Sequenzierung des menschlichen Genoms in Zukunft auf 100 US-Dollar senken könnten. NovaSeq ist mit einem neuen Satz von Flusszellen ausgestattet: S1, S2, S3 und S4. Beide Systeme können mit einer oder zwei Flusszellen arbeiten. Darüber hinaus kann NovaSeq 6000 Lesegrößen von 2×50 bp, 2×100 bp und 2×150 bp mit den Flusszellen S1 und S2 durchführen, was den bestehenden Illumina-Maschinen sehr ähnlich ist.
Das NovaSeq 6000 System läutet eine neue Ära der Sequenzierung mit bahnbrechenden Innovationen ein und bietet den Nutzern die Durchsatz, Geschwindigkeit und Flexibilität, um Projekte schneller und wirtschaftlicher als je zuvor abzuschließen. Es wurde von Grund auf neu entwickelt und bietet Skalierbarkeit und Flexibilität für jede Art von Sequenzierung, sei es im großen Maßstab oder. gezielte Sequenzierung.
Die NovaSeq-Serie ermöglicht es Ihnen, Ihre Forschung mit einer Vielzahl von Projektgrößen für unterschiedliche Anwendungen weiter voranzutreiben – alles auf einem einzigen System. Diese Plattform definiert neu Hochdurchsatz-Sequenzierung mit unvergleichlichem Durchsatz, Benutzerfreundlichkeit, niedrigen Kosten pro Probe und unübertroffener Flexibilität. Egal, ob Sie an Anwendungen mit höherem Durchsatz für größere Projekte oder an Anwendungen mit niedrigerem Durchsatz für kleinere Projekte interessiert sind, die NovaSeq-Serie wird Ihnen neue Möglichkeiten eröffnen. Sehen Sie sich an Whole-Genome und Whole-Exom-Sequenzierung Demonstrationen und erfahren Sie, wie die NovaSeq-Serie den sich entwickelnden Bedürfnissen Ihres Labors gerecht werden kann.
Höhepunkte des NovaSeq 6000:
- Skalierbarer Durchsatz. Das NovaSeq 6000 System bietet Hochdurchsatz-Sequenzierung über ein breites Spektrum an Anwendungen hinweg. Erfüllen Sie Ihre Forschungsbedürfnisse mit beispiellosem Durchsatz zu den niedrigsten Kosten pro Probe.
- Hochgradig flexibel. Passen Sie die Datenausgabe an die Projektanforderungen an. Mit der Möglichkeit, aus 4 verschiedenen Flusszelltypen zu wählen, kann die Ausgabe so konfiguriert werden, dass sie Ihrer Anwendung und Ihrem Projekt entspricht. Eine oder zwei unabhängig betriebene Flusszellen können problemlos an Ort und Stelle geladen werden, um Ihren sich entwickelnden Anforderungen gerecht zu werden.
- Reife Technologie: Die NovaSeq-Serie verkörpert Illuminas leistungsstarke, optimierte und skalierbare Hochdurchsatz-Sequenzierung Plattform, deren Grundpfeiler die bewährte Illumina SBS-Technologie ist. Dieses Verfahren, das auf reversiblen Terminatoren basiert, ermöglicht das massive parallele Sequenzieren von Milliarden von DNA-Fragmenten, indem diese erkannt werden, während einzelne Basen in wachsende DNA-Stränge eingebaut werden. Durch die Reduzierung der Fehler, die durch Nukleotidwiederholungen (Homopolymere) und Erkennungsverluste verursacht werden, gewährleistet dieser Ansatz robuste und genaue Sequenzierungsergebnisse.
- Ein breites Anwendungsspektrum. Hochwertige, hochdeckende Sequenzierung bietet einen umfassenden Überblick über das Genom, um Varianten genau zu erkennen, Isoformen zu charakterisieren und mehr. Das NovaSeq 6000 System ermöglicht es Ihnen, den Lauf an die spezifischen Bedürfnisse Ihrer Studie anzupassen. Ob Sie das Genom, Epigenom oder Transkriptom erforschen, die Möglichkeiten für Ihre Forschung sind endlos.
NovaSeq 6000 Spezifikationen auf einen Blick
- Flusszellen: SP / S1 / S2 / S4
- Lesemodus: Paarweise Sequenzierung (PE150 wird häufig verwendet)
- Maximale Ausgabe: Bis zu ~3 TB pro Durchlauf (abhängig von der Konfiguration)
- Laufzeit: ~13–44 Stunden (abhängig von der Konfiguration)
NovaSeq 6000 Leistungsparameter
| Flusszellentyp | SP | S1 | S2 | S4 |
|---|---|---|---|---|
| Bahnen pro Flusszelle | 2 | 2 | 2 | 2 |
| Ausgabe pro Flusszelle | ||||
| 2×50 bp | 65-80 Gb | 134-167 GB | 333-417 Gb | N/A |
| 2×100 bp | N/V | 266-333 GB | 667-833 Gb | 1600-2000 GB |
| 2×150 bp | 200-250 GB | 400-500 GB | 1000-1250 GB | 2400-3000 Gb |
| Einzelne Reads | 0,65-0,8 B | 1,3-1,6 B | 3,3-4,1 B | 8-10 B |
| Pair-End-Reads | 1,3-1,6 B | 2,6-3,2 B | 6,6-8,2 B | 16-20 B |
| Qualitätsbewertungen | ||||
| 2×50 bp | ≥ 85 % | |||
| 2×100 bp | ≥ 80 % | |||
| 2×150 bp | ≥ 75 % | |||
| Laufzeit | ||||
| 2×50 bp | ~13 Std. | ~13 Std. | ~16 Std. | N/V |
| 2×100 bp | N/V | ~19 Std. | ~25 Std. | ~36 Std. |
| 2×150 bp | ~25 Std. | ~25 Std. | ~36 Std. | ~44 Std. |
Workflow des NovaSeq 6000:
Das Standardarbeitsverfahren für das NovaSeq 6000-System umfasst mehrere wichtige Phasen:
- Bibliotheksvorbereitung: Beginnend mit DNA- oder RNA-Proben umfasst diese Phase das Fragmentieren des genetischen Materials, das Ligieren von Adaptern und die Durchführung der Amplifikation.
- Cluster-Generierung: Die Bibliotheken werden in die Flusszelle eingeführt, wodurch die Entstehung klonaler DNA-Fragmentkonglomerate durch Brückenamplifikationstechniken katalysiert wird.
- Sequenzierung: Die Flusszelle ist in das NovaSeq 6000-System integriert, in dem modernste Optik und beschleunigte Sequenzierungschemien die genomischen Informationen erfassen.
- Datenanalyse: Die Sequenzierungsergebnisse werden einer Analyse unterzogen, die die Suite von Bioinformatikressourcen von Illumina nutzt und so einen reibungslosen Ablauf wie Ausrichtung, Variantenidentifikation und anschließende Dateninterpretation ermöglicht.
Anwendungen des NovaSeq 6000:
Die Anpassungsfähigkeit des NovaSeq 6000-Systems ermöglicht eine Vielzahl von Anwendungen, die Folgendes umfassen:
- GanzgenomsequenzierungUmfassende Untersuchung ganzer Genome entscheidend für Populationsgenetikevolutionäre Biologie und biomedizinische Genomforschung.
- Exom-SequenzierungFokussierte Sequenzierung von Genexonen zur Identifizierung von kodierenden Varianten, die mit Phänotypen und Merkmale.
- Transkriptom-Sequenzierung (RNA-Seq): Einblicke in die Genexpression gewinnen, neuartige Transkripte entdecken und die Genregulation und -funktion untersuchen.
- EpigenomikEintauchen in epigenetische Veränderungen wie DNA-Methylierung und Histonmodifikationen, um die genetischen Regulationsmechanismen zu entschlüsseln.
- MetagenomikUntersuchung der mikrobiellen Vielfalt und Funktionen in der Umwelt und wirtverbundene Proben.
NovaSeq 6000 vs NovaSeq X Serie (Schneller Vergleich)
Vergleichen Sie Durchsatz, Skalierbarkeit und am besten geeignete Projekttypen, um die richtige Plattform für Ihre Sequenzierungsstudie auszuwählen.
| Entscheidungsfaktor | NovaSeq 6000 | NovaSeq X Serie |
|---|---|---|
| Beste Passform | Bewährte Hochdurchsatz-Kurzlese-Sequenzierung für viele routinemäßige und umfangreiche Studien | Next-Generation-Ultra-Hochdurchsatz für sehr großangelegte Projekte und maximale Laufleistung |
| Ausgabe ausführen | Bis zu ~3 TB pro Ausführung (konfigurationsabhängig) | Höhere maximale Durchsatzrate pro Lauf als NovaSeq 6000 (modell-/konfigurationsabhängig) |
| Skalierung | Mehrere Flow-Cell-Formate (SP/S1/S2/S4) für flexible Studiengrößen | Entwickelt für eine höhere Durchsatzskalierung für große Kohorten und umfangreiche Mehrfachproben-Batchverarbeitung. |
| Datenverarbeitung | Große Datensätze; typische Hochdurchsatz-Analyse-Workflows | Sehr große Datensätze; planen Sie für erhöhten Speicher-/Rechenbedarf und Skalierung der Pipelines. |
| Wann man wählen sollte | Wenn Sie eine starke Leistung mit flexiblen Flusszellenoptionen wünschen | Wenn Sie maximale Durchsatzrate benötigen und die Anzahl der Durchläufe für sehr große Projekte minimieren möchten. |
Sprich mit einem Wissenschaftler
Vergleichende Analyse des NovaSeq 6000 und anderer Sequenzierungssysteme
| Merkmal | NovaSeq 6000 | HiSeq 2500 | MiSeq | NextSeq 500 |
|---|---|---|---|---|
| Durchsatz | Ultra-hoch (bis zu 3 TB) | Hoch (bis zu 1 TB) | Niedrig (bis zu 15 Gb) | Mittel-hoch (bis zu 120 Gb) |
| Leseumfang | 50 Basispunkte bis 300 Basispunkte | 50 Basispunkte bis 250 Basispunkte | 50 Basispunkte bis 600 Basispunkte | 75 Basispunkte bis 150 Basispunkte |
| Laufzeit | Kurz (<48 Stunden) | Lang (36 Stunden bis 11 Tage) | Kurz (4 bis 55 Stunden) | Mittel (~29 Stunden) |
| Anwendungen | Genomik, TranskriptomikKrebsforschung | Genomik, Transkriptomik, Krebsforschung | Kleine Genome, 16S rRNA-Sequenzierung, gezielte Sequenzierung | Genomik, Transkriptomik, gezielte Sequenzierung |
| Proben-Durchsatz | Hoch (mehrere Proben pro Durchlauf) | Mittel (mehrere Proben pro Durchlauf) | Niedrig (geeignet für einige Proben) | Mittel-hoch (mehrere Proben pro Durchlauf) |
| Instrumentenkosten | Hoch | Hoch | Niedrig | Mittel-hoch |
| Betriebskosten | Hoch | Hoch | Niedrig | Mittel |
| Datenqualität | Hoch (hohe Genauigkeit und Konsistenz) | Hoch (hohe Genauigkeit und Konsistenz) | Hoch (hohe Genauigkeit) | Hoch (hohe Genauigkeit und Konsistenz) |
Hinweise:
Durchsatz: Die Menge an Daten, die pro Sequenzierungslauf erzeugt wird.
Lese-Länge: Die Anzahl der Basenpaare, die pro Sequenzierungslesung gelesen werden.
Laufzeit: Die benötigte Zeit, um einen Sequenzierungslauf abzuschließen.
Anwendungen: Die Bereiche und Verwendungen, für die das System geeignet ist.
Durchsatz der Proben: Die Anzahl der Proben, die pro Durchgang verarbeitet werden können.
Instrumentenkosten: Die Kosten für den Kauf und die Wartung des Sequenzierungsgeräts.
Betriebskosten: Die Kosten pro Sequenzierungslauf, einschließlich Reagenzien und Verbrauchsmaterialien.
