CD Genomics führt Hochdurchsatz-Illumina-Kurzlesesequenzierung auf NovaSeq X und NovaSeq X Plus für Forschungsprojekte durch, die zuverlässige PE150-Daten in großem Maßstab benötigen (RUO). Einfach ausgedrückt, ist NovaSeq X das Arbeitstier mit einer einzelnen Flusszelle für hohe Ausbeute in einer unkomplizierten Laufkonfiguration, während NovaSeq X Plus eine Konfiguration mit zwei Flusszellen hinzufügt – besonders wertvoll, wenn Sie die höchste Kapazität pro Lauf mit einer 25B Hochdichte-Flusszelle wünschen.
Schnelle Erkenntnisse
Für datenintensive Arbeiten entwickelt: groß WGS Kohorten, tief RNA-Seq, Exome in großem Maßstab und mehr
Flow-Cell-Optionen zur Anpassung an die Projektgröße: 1,5B / 10B / 25B
Häufige Konfiguration: PE150 (2×150 bp) (andere Leselängen können nach Bedarf geplant werden)
Optionale sekundäre Analysen (z. B. DRAGEN, auf Anfrage) können helfen, den Weg von der Abschluss des Laufs zu analysereifen Ergebnissen zu verkürzen.
Zitat Mein NovaSeq-Lauf
Inhaltsverzeichnis
01 Für wen diese Plattform gedacht ist (und was sie löst)
Wenn Sie hier sind, brauchen Sie wahrscheinlich keine Erinnerung daran, was Illumina-Sequenzierung ist – Sie benötigen eine Antwort auf eine praktischere Frage: Wird diese Plattform mein Projekt einfacher abschließen lassen??
Die NovaSeq X-Serie Plattformen sind eine gute Wahl, wenn Sie mit einer (oder mehreren) dieser Gegebenheiten konfrontiert sind:
Ihre Studie hat einen Kohortenmaßstab.
Sobald die Stichprobenanzahl wächst, verschiebt sich der Schmerz oft von "Datengenerierung" zu "Batching, Konsistenz und Planung." Sie möchten weniger Laufgrenzen, weniger Kopfschmerzen durch "dieser Batch sieht anders aus" und einen Plan, der nicht zusammenbricht, wenn Sie weitere 200 Stichproben hinzufügen.
Ihr Assay ist lesewütig.
Tiefe RNA-Seq-Designs, hochauflösende Genome, Bisulfit-Sequenzierung und Mischbibliotheksproduktionsläufe setzen den Druck auf die Gesamtanzahl der Reads pro Woche – nicht nur auf einen einzelnen Lane hier oder da.
Sie legen Wert auf vorhersehbare Qualitätssicherung bei hoher Auslastung.
Bei hoher Durchsatzrate ist die richtige Frage nicht "Ist Q30 gut?", sondern "Ist die Qualitätskontrolle konsistent über die Chargen hinweg, und verhalten sich die nachgelagerten Metriken so, wie wir es für diesen Bibliothekstyp erwarten?"
Wenn Sie Ihr Projekt noch auf eine Illumina-Strategie abstimmen, beginnen Sie hier mit einem umfassenden Überblick über Hochdurchsatz-Sequenzierung und deren Anwendungen: Nächste Generation Sequenzierung.
02 NovaSeq X vs NovaSeq X Plus: Welche passt zu Ihrem Bedarf?
Die meisten Teams entscheiden sich nicht zwischen X und X Plus aufgrund der Leselänge. Sie wählen basierend auf wie sie die Studie gruppieren möchten.
NovaSeq X (einzelne Flusszelle)
NovaSeq X ist die einfachere Konfiguration: eine Flusszelle pro Lauf. Es ist eine gute Wahl, wenn Sie eine hohe Ausbeute wünschen, Ihr Projektplan jedoch keine Kapazität für zwei Flusszellen erfordert. Wenn Sie konsistente, wiederholbare Chargen durchführen und die Laufplanung übersichtlich halten möchten, trifft NovaSeq X oft den perfekten Punkt.
NovaSeq X Plus (doppelte Flusszellen)
NovaSeq X Plus unterstützt zwei Flusszellen pro Lauf. Das ist wichtig, wenn Sie in einen produktionsähnlichen Durchsatz vordringen: große Kohorten, wöchentliche Wiederholungsbatches oder Situationen, in denen "ein weiterer Lauf" den Unterschied zwischen dem Erreichen eines Meilensteins oder dem Verpassen desselben ausmacht. Mit dem 25B Flow-Zelle, X Plus ist die Konfiguration, die die meisten Menschen meinen, wenn sie von "maximaler Ausbeute pro Lauf" sprechen.
Eine schnelle Möglichkeit zu entscheiden:
Wenn Ihr Studienplan immer wieder zu „wir werden es über viele Läufe aufteilen“ wird, ist X Plus in der Regel einen ernsthaften Blick wert. Wenn Ihr Plan bereits bequem in einen stabilen Laufrhythmus passt, kann NovaSeq X die einfachere, klarere Option sein.
03 Auswahl einer Flow-Zelle (1,5B vs 10B vs 25B)
Die Wahl der Flusszelle ist der Punkt, an dem die Plattformfähigkeit in einen realen Laufplan umgesetzt wird. Sie wählen nicht "besser vs schlechter" – Sie wählen Skalierbarkeit und Flexibilität.
Ein praktischer Selektor
Flusszelle
Am besten für
Warum es in realen Projekten gewählt wird
1,5 Milliarden
Pilotläufe, kleinere Chargen, Methodenentwicklung
Flexible Planung, wenn Sie nicht die maximale Leistung benötigen.
10B
Mittelgroße bis große Studien
Ausgewogene Option: hohe Durchsatzrate mit anpassbarem Batching
25B
Kohortenweite Produktion und Tiefensequenzierung
Höchste Dichte/Ausgabe; ideal, wenn die Gesamtdaten die Einschränkung sind.
Wenn 25B die offensichtliche Wahl ist
Sie werden den Vorteil von 25B spüren, wenn Ihr Studium durch die Gesamtanzahl der Reads oder durch die Anzahl der Läufe, die Sie vernünftigerweise planen können, eingeschränkt ist. Dies ist besonders häufig der Fall für:
Große WGS-Kohorten (z. B. 30× Planung)
Tiefe Transkriptom-Designs, bei denen die Lesetiefe pro Probe nicht verhandelbar ist.
Gemischte Bibliotheksproduktionsläufe, bei denen Sie weniger Laufgrenzen zwischen den Stichprobengruppen wünschen.
Wenn Sie bereits vorbereitete Bibliotheken haben und nur Sequenzierung wünschen, ist der relevanteste Einstiegspunkt Fertige Bibliothekssequenzierung.
04 Kern-Spezifikationen (PE150 als Standard)
Die meisten Hochdurchsatz-Studienentwürfe standardisieren sich auf PE150 (2×150 bp) weil es weitgehend mit gängigen Bibliotheksarten und nachgelagerten Pipelines kompatibel ist.
Hier ist der Spezifikationsrahmen, der tatsächlich nützlich ist, wenn man plant:
LesemodusPE150 ist das gängigste Setup für WGS, RNA-seq, WES und viele Produktionsläufe.
Ausgabe: skaliert mit dem Typ der Flusszelle (1,5B/10B/25B) und ob Sie eine einzelne oder doppelte Flusszelle betreiben.
Ausführungszeit: hängt von der Konfiguration und der Leselänge ab; für die Planung denken Sie in einem weiten Fenster anstatt an eine feste Zahl
LaufplanungNovaSeq X Plus (mit dualen Flusszellen) ist darauf ausgelegt, sehr große Ausgaben bei ausreichend großen Projekten vorhersehbarer zu machen.
Wenn Sie Plattformen vergleichen, ist es hilfreich, "Spezifikationsmaxima" von "dem, worauf Sie planen werden" zu trennen. Spezifikationsmaxima setzen die Obergrenze; die Komplexität Ihrer Bibliothek, Ihre Pooling-Strategie und die angestrebte Tiefe entscheiden, was Sie tatsächlich planen.
05 Was NovaSeq X Plus 25B Ermöglicht (in einfachen Worten)
Die 25B-Flusszelle existiert aus einem Grund: mehr nutzbare Ausbeute pro Durchlauf, mit einer Konfiguration, die darauf ausgelegt ist, in der Hochvolumenproduktion stabil zu bleiben.
In der Praxis ist das Upgrade, das Ihnen am häufigsten auffällt, nicht eine einzelne Kennzahl – es ist, wie die Plattform Ihre Planung verändert:
Sie können oft eine Kohorte in weniger Durchläufen abschließen, was die Variabilität zwischen den Durchläufen und den administrativen Aufwand verringert.
Pooling und Batching lassen sich leichter standardisieren, da Sie mit einem größeren Budget an Lesevorgängen pro Durchlauf arbeiten.
Für gemischte Bibliothekstypen können Sie genügend Spielraum reservieren, um Entscheidungen wie "dieser Lauf ist knapp; wir mussten Kompromisse eingehen" zu vermeiden.
Sie werden die QC immer noch auf die gleiche Weise bewerten wie auf jeder Illumina-Plattform – Q30 ist nützlich, aber es ist nicht die ganze Geschichte. Der Punkt ist, dass 25B Ihnen mehr Spielraum gibt, um einen Lauf zu entwerfen, der sich nicht fragil anfühlt.
06 Empfohlene Studien-Setups (WGS 30× / 90×, Deep RNA-seq)
Hier sollten Plattformseiten ehrlich sein: die "richtige" Einrichtung hängt von Ihrer Biologie, Ihrer Kohortengröße und dem ab, was Sie als erfolgreichen Endpunkt betrachten. Unten sind Muster aufgeführt, die sich gut auf die Planung der NovaSeq X-Serie übertragen lassen.
WGS 30× (kohortenbereite Planung)
WGS 30× geht es normalerweise weniger darum, "können wir die Daten bekommen?" und mehr um wie sauber wir es skalieren könnenWenn Sie eine Kohorte mit vielen Proben haben, benötigen Sie einen Plan, der die Batch-Effekte unter Kontrolle hält und die Fragmentierung der Durchläufe minimiert.
Die NovaSeq X-Serie eignet sich hervorragend, wenn:
Die Stichprobengröße ist hoch,
Sie möchten PE150 mit konsistenter Qualitätssicherung über die Chargen hinweg.
und du würdest lieber Zeit damit verbringen, Ergebnisse zu interpretieren, als ständig Laufpläne neu auszubalancieren.
Die Hochdurchsatz-WGS verlagert den Engpass auf Gesamtanzahl der Reads pro ProbeDie Planung wird zu einem Kompromiss zwischen Kohortengröße, Tiefe und der Anzahl der Durchläufe, die Sie bereit sind zu verwalten. Hier kann eine höhere Kapazität pro Durchlauf (häufig mit X Plus + 25B) die Planung vereinfachen – da es weniger wahrscheinlich ist, dass Sie mit einem Plan enden, der sich über viele Teil-Durchläufe erstreckt.
Wenn Teams Designs mit hoher Tiefe wählen, liegt das oft daran, dass sie die Sensitivität für spezifische Forschungsfragen (RUO) priorisieren. Der beste Ansatz ist, mit Ihrem Tiefenziel zu beginnen und dieses dann auf einen Laufplan abzustimmen, der unnötige Lauffragmentierung vermeidet.
Tiefe RNA-Seq (lesehungrige Transkriptom-Designs)
Deep RNA-seq ist nicht nur eine Sache. Einige Studien benötigen Power über viele Proben; andere benötigen Tiefe, um Signale mit niedriger Häufigkeit, komplexe Designs oder herausfordernde Probenarten zu unterstützen. Die NovaSeq X-Serie kann beide Muster unterstützen, aber Ihr Laufplan sollte klar angeben, wofür Sie optimieren: Probenanzahl oder Tiefe pro Probe.
Paired-End-Kurzlesungen (PE150 häufig verwendet; konfigurationsabhängig)
Pair-End-Kurzlesungen (PE150 häufig verwendet; konfigurationsabhängig)
Paired-end kurze Reads (PE150 häufig verwendet; konfigurationsabhängig)
Schlüsselspezifikation: Durchsatzstufe (relativ)
Höchster Durchsatz-Tarif (am besten für die Konsolidierung von Läufen)
Sehr hohe Durchsatzstufe
Hohe Durchsatzrate mit breiter Akzeptanz
Entscheidungspunkt: optimale Studiengröße
Sehr große Kohorten / Produktionsläufe, bei denen Sie weniger Durchläufe wünschen.
Große Projekte, die hohe Ausgaben bei einfacheren Abläufen erfordern.
Klein- bis Großprojekte, die flexible Konfigurationen benötigen
Entscheidungspunkt: Batch-Strategie
Maximieren Sie die Konsolidierung, um Lauffragmentierung und Batch-zu-Batch-Variabilität zu reduzieren.
Halten Sie große Stichproben zusammen, während Sie die betriebliche Einfachheit wahren.
Die richtige Größe wählen, indem der Typ der Flusszelle entsprechend dem Projektumfang ausgewählt wird.
Entscheidungspunkt: Wann sollte man einen Wechsel in Betracht ziehen?
Zu viele Teilproduktionen, lange Produktionszyklen oder starke Produktionsfragmentierung
Sie benötigen eine höhere Ausbeute pro Durchlauf ohne den Overhead von Dual-Flow-Zellen.
Sie priorisieren Vertrautheit/Flexibilität und benötigen nicht die neueste Durchsatzstufe.
Entscheidungspunkt: Bereitschaft der nachgelagerten Prozesse
Erwarten Sie sehr große Datensätze – planen Sie Speicher/Computing und standardisierte Pipelines.
Große Datensätze – Pipeline-Durchsatz und Berichterstattung auf Kohortenebene planen
Große, aber oft "standardisierte" Datenverarbeitung in bestehenden Pipelines
Entscheidungspunkt: Was beim Kickoff bestätigt werden soll
Pooling-/Batching-Plan, QC-Grenzwerte und Laufgrenzen für Ihren Test
Pooling-Plan, erwartete nutzbare Reads und Laufkadenz
Auswahl der Flusszelle, Tiefenziele und Zeitplanung für konsistente Abdeckung
HinweisVerwenden Sie diese Tabelle, um eine Plattformstrategie auszuwählen; nutzen Sie die Abschnitte Leistungsparameter/Kern-Spezifikationen für numerische Details (RUO).
Wenn Sie die Plattformseite des NovaSeq 6000 für den Kontext sehen möchten, besuchen Sie bitte NovaSeq 6000.
09 NovaSeq vs HiSeq X
NovaSeq ist im Allgemeinen die bessere Wahl, wenn Sie eine höhere Durchsatzleistung und eine flexiblere Laufplanung benötigen, während HiSeq X hauptsächlich für bestehende WGS-Pipelines relevant ist, die bereits um diese Plattform herum aufgebaut sind.
Durchsatz pro DurchlaufDie NovaSeq unterstützt typischerweise eine höhere Ausbeute pro Lauf, was großen Kohorten hilft, in weniger Läufen fertigzustellen; HiSeq X hat nach heutigem Standard eine niedrigere Ausbeute pro Lauf.
Laufplanung und BatchverarbeitungNovaSeq bietet mehr Flexibilität beim Batching und Skalieren (nützlich, wenn die Probenanzahl schwankt); HiSeq X-Workflows sind normalerweise starrer, aber stabil, sobald sie standardisiert sind.
Bestmöglicher AnwendungsfallNovaSeq eignet sich für moderne, datengestützte Projekte (große WGS-Kohorten, tiefes Sequenzieren, gemischte Hochdurchsatzläufe); HiSeq X wird hauptsächlich verwendet, wenn ein Labor einen bestehenden, validierten Hochdurchsatz-WGS-Workflow beibehält.
Betriebliche EffizienzDie NovaSeq-Plattformen integrieren im Allgemeinen neuere Automatisierungs- und Analyseoptionen, die die End-to-End-Verarbeitung vereinfachen können; HiSeq X hingegen verlässt sich typischerweise stärker auf externe, etablierte Pipelines.
Upgrade-EntscheidungsauslöserWenn Ihr Plan erfordert, Kohorten über viele Durchläufe zu teilen oder Sie das Probenvolumen erhöhen, ist NovaSeq in der Regel der skalierbarere Weg; wenn Ihr aktueller HiSeq X-Workflow bereits Ihren Anforderungen entspricht, ist ein Wechsel möglicherweise nicht erforderlich.
10 Datenqualität: Wie man Q30, Abdeckung und Duplikate liest
Auf Hochdurchsatzplattformen streiten die Leute gerne über eine Zahl. Das Problem ist, dass Qualität multidimensional ist.
Q30 ist hilfreich – aber es reicht nicht aus.
% Basen ≥ Q30 ist ein solider Snapshot des Run-Levels. Er zeigt Ihnen, ob die Laufqualität im Großen und Ganzen gesund ist. Er sagt jedoch nicht von sich aus, ob die Daten sich in der nachgelagerten Analyse so verhalten, wie Sie es wünschen.
Die Verteilung der Abdeckung und Duplikation sind oft wichtiger, als man erwartet.
Für WGS möchten Sie normalerweise Folgendes betrachten:
Abdeckungsuniformität (nicht nur durchschnittliche Tiefe)
Duplikationsrate (insbesondere in Low-Input- oder überamplifizierten Bibliotheken)
Konsistenz über Chargen hinweg (wenn die Studie mehrere Durchläufe umfasst)
Bei RNA-Seq zeigt sich die Qualität oft als:
verwendbare Fragmente nach der Filterung,
Zuordnungs-/Zuweisungsverhalten,
und ob die Tiefe über die Stichprobengruppen hinweg ausgewogen ist (insbesondere bei differentiellen Designs)
Wie sieht die "realistische" Bibliotheksleistung über die Assays hinweg aus?
In der Praxis wird das nachgelagerte Verhalten in der Regel mehr von der Qualität der Bibliotheken, der Genauigkeit der Pooling-Methoden und der Handhabung der Chargen bestimmt als von dem Plattformlabel selbst. Wenn die gleichen Bibliotheken konsistent vorbereitet werden und die Qualitätskontrolle gesund ist, korrelieren die nachgelagerten Metriken oft eng bei Hochdurchsatz-Kurzleseläufen. Betrachten Sie die Spezifikationsmaxima als Obergrenzen – planen Sie rund um verwendbare Reads, Abdeckung/Duplikation und Chargenkonsistenz für Ihr Assay.
11 Projektunterstützung für NovaSeq X/X Plus
Bei NovaSeq X/X Plus-Projekten konzentriert sich CD Genomics darauf, den Laufplan vor Beginn des Laufs vorhersehbar zu machen. Wir helfen dabei, Ihr Studienziel (Probenanzahl plus Tiefe/Reads) in eine klare Wahl zwischen NovaSeq X und X Plus sowie 1,5B/10B/25B Flow-Zellen zu übersetzen und validieren die Kompatibilität von Bibliothek/Index und die Pooling-Logik, damit die Chargen konsistent bleiben. Die Daten werden als demultiplexierte FASTQ-Dateien mit einer prägnanten QC-Zusammenfassung geliefert, und wir können die Übergabe an Ihren nachgelagerten Workflow anpassen – egal, ob Sie eine DRAGEN-unterstützte Sekundäranalyse wünschen oder lieber Ihre eigene Pipeline betreiben möchten.
Richtlinien zur Einreichung von Proben
