Sequenom MassARRAY iPLEX Gold

iPLEX® Gold ist eine führende Technologie für SNP-GenotypisierungDas MassARRAY-System wird häufig für die feine Kartierung und Validierung von GWAS Studien zu Verknüpfungsstudien sowie routinemäßige genetische Tests von SNP-Panels von Interesse. MassARRAY SNP-Genotypisierung kombiniert die Vorteile einer einfachen und genauen Primerverlängerungschemie mit modernster MALDI-TOF-Massenspektrometrie, um Genotypen schnell und kosteneffektiv mit den höchsten Reproduzierbarkeitsgraden zu charakterisieren. Der iPLEX Gold-Test wird in Hunderten von Publikationen verwendet, um routinemäßig Tests auf einem Multiplexing-Niveau von bis zu 40-Plex zu entwerfen und bietet ein hohes Maß an Flexibilität.

Die iPLEX-Detektionstechnologie ermöglicht die routinemäßige Assay-Designierung auf einem Multiplex-Niveau von 36-Plex und bietet ein hohes Maß an Flexibilität und Kosteneffizienz für jeden Genotyp. Die iPLEX Single Base Extension (SBE) chemische Methodik zeichnet sich durch ein hohes Maß an Präzision und Reproduzierbarkeit aus (>99% Aufrufrate und >99,7% Genauigkeit in validierten Tests) sowie durch eine niedrige Allelfrequenzdetektion von nur 5%. Dies ermöglicht das Erreichen strenger Aufrufschwellen und eine überlegene Leistung auf einem hohen Multiplexing-Niveau.

Das MassARRAY®-System optimiert geschickt den Erkennungsprozess für 10 bis 400 Einzelne Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) pro Probe und ermöglicht so die Analyse eines Spektrums von Proben, die in der Menge von wenigen bis zu mehreren Hunderten pro Tag reichen. Es verfügt über eine eigenständige Funktionalität, hat jedoch auch die Fähigkeit, nahtlos zu interagieren und sich zu integrieren mit Next-Generation Sequencing (NGS) Plattformen. Dieses komplexe Kompatibilitätssystem beschleunigt den Prozess der genetischen Analyse erheblich. Das MassARRAY-System wurde zu Beginn des neuen Jahrtausends im Jahr 2000 eingeführt und wird ernsthaft und umfassend in einer Vielzahl von genomischen Anwendungen eingesetzt, die jeweils ihre eigenen Komplexitäten und Anforderungen haben. Diese Anwendungen umfassen feine Kartierung, den Validierungsprozess von Genomweite Assoziationsstudienkomplexe Verknüpfungsanalysen sowie die herkömmlichen genetischen Analysen von SNPs und aufkommenden somatischen Mutationen.

Höhepunkte:

Flexibilität:

• Freie Auswahl von SNP-Stellen von Interesse
• Freiheit, die Anzahl und Position der Proben auf einem einzelnen Chip zu wählen
• Freiheit, Proben und SNP-Stellen auf einem einzigen Chip zu kombinieren

Genauigkeit:

• Direkte Bestimmung des Molekulargewichts des Ziels mit einer Genauigkeit von über 99,7 %.
• Die Massenspektrometrie-Technologie kann flexibel PCR-Experimentfehler oder das Vorhandensein tri-alleler Gene erkennen.

Hoher Durchsatz:

• Bis zu 384 Proben können in einem einzigen iPLEX GOLD-Experiment auf einem einzigen Chip multiplexiert werden.
• Bis zu 40 Reaktionen können pro Reaktionskammer erzielt werden.
• Bis zu einhunderttausend Genotypanalysen können pro Tag durchgeführt werden.

Kosten-Effektivität:

• Keine Notwendigkeit für fluoreszierende Markierung, was die Kosten erheblich senkt.
• Selbst in Szenarien mit niedrigem Durchsatz bleibt die Kosten für jede Genotypanalyse niedrig.

Dienstleistungsinhalt

• Kunden liefern genomische DNA oder biologische Proben und geben die zu detektierenden SNP-Stellen an.
• Primerdesign, einschließlich PCR-Amplifikationsprimern und Einzelbasenverlängerungsprimern.
• Entwurf von Multiplex-Reaktionen.
• PCR-Amplifikation, SAP-Behandlung, Einzelbasenerweiterung.
• Vorbereitung von gesprenkelten Arrays zur Detektion.
• MALDI-TOF-Massenspektrometrie-Detektion.
• Datenanalyse und Bereitstellung von Genotypberichten.

Anwendungen:

• Genome-weite Assoziationsstudie Validierung
• Einzelne SNP-Genotypanalyse
• Haplotypanalyse
• SNP-Genort-Häufigkeitsanalyse
• Epigenetische Analyse
• Somatische Mutationsanalyse