Richtlinien zur Einreichung von Proben
Verwandeln Sie In Vivo-Lieferfragen in durch Sequenzierung unterstützte Beweise.
In-vivo-Gentherapiestudien beginnen oft mit einer direkten Frage: Wohin ist das gelieferte genetische Material gegangen? Sobald das Projekt mehrere Gewebe, Gruppen oder Zeitpunkte umfasst, wird diese Frage komplexer.
Sie müssen möglicherweise wissen, ob ein Vektor in Zielgeweben nachweisbar ist, ob Nicht-Zielgewebe Signal zeigt, ob die beabsichtigte Sequenz durch Reads unterstützt wird, ob eine RNA-Expressionsstufe vorhanden ist oder ob integrationsbezogene Analysen für Ihr Vektorsystem in Betracht gezogen werden sollten.
Wir helfen Ihnen, diese Fragen in einen Sequenzierungs- und Biodistributionsplan umzuwandeln, der zur Studie passt, anstatt jedes Projekt in denselben Test zu zwängen.
Was diese Lösung Ihnen hilft zu beantworten
- Wird das gelieferte Vektor- oder genetische Material in ausgewählten Geweben nachgewiesen?
- Wie vergleichen sich Ziel- und Nicht-Zielgewebe zwischen den Gruppen?
- Wird das Vektorgenom oder die Zielregion durch Sequenzierungsreads unterstützt?
- Zeigt das Transgen eine RNA-Expression in ausgewählten Geweben?
- Sollte die Bewertung von Integrationsstandorten oder Einfügungsereignissen hinzugefügt werden?
- Welche QC- und Bioinformatik-Ausgaben sind für die interne Überprüfung erforderlich?
Das Ziel ist es, die richtigen Ausgaben auszuwählen, bevor die Proben verarbeitet werden, damit das endgültige Datenpaket die Frage beantwortet, die Sie tatsächlich stellen müssen.
Eine Gewebeebene-Biodistributionsauswertung kann zeigen, ob eine Zielsequenz nachweisbar ist. Sie kann jedoch die breitere Vektorsequenz nicht bestätigen, RNA-Expressionsniveaus nicht erklären oder Fragen zur Integration nicht beantworten.
Deshalb benötigen einige in vivo Gentherapieprojekte einen kombinierten Ansatz:
- Biodistributionsausgaben für das Vorhandensein auf Gewebeebene oder kopiebezogene Hinweise
- Gezielte Sequenzierung zur Bestätigung des Vektors oder des Zielgebiets
- AAV-Genomsequenzierung für die Unterstützung der Vektor-Genomstruktur und -sequenz
- RNA-Sequenzierung für die Transgenexpression oder das Profiling der Wirtreaktion
- Whole-Genome- oder Langzeit-Sequenzierung für einen breiteren genomischen Kontext
- Integrationsstandortanalyse wenn es die Vektorbioologie und das Studiendesign erfordern
Wir helfen Ihnen zu entscheiden, welche Schichten notwendig, welche optional und welche für die aktuelle Studie möglicherweise nicht nützlich sind.
Unsere Servicefähigkeiten für Projekte zur Biodistribution von Gentherapien
Wir unterstützen in vivo Gentherapie-Sequenzierungsprojekte als integrierte Studienpakete und nicht als isolierte Datenproduktionsaufgaben. Bevor das Projekt beginnt, kann unser Team mit Ihnen den Probentyp, das Vektordesign, die Zielsetzungen für die Auswertung, die Sequenzierungsstrategie, die QC-Kontrollpunkte und die erwarteten Ergebnisse besprechen.
Diese frühe Überprüfung ist wichtig. Sie hilft, ein häufiges Problem in komplexen Studien zu vermeiden: Daten zu erzeugen, die technisch gültig, aber nicht gut auf die biologische Fragestellung abgestimmt sind.
Vektor- und Liefersysteme, die wir unterstützen können
- AAV-Vektor-Forschung
- Forschung zu lentiviralen oder retroviralen Vektoren
- Plasmid- oder nicht-virale Lieferstudien
- LNP oder mit Nanopartikeln verabreichte Nukleinsäurestudien
- Ingenieurzellen oder kontextbezogene exogene Genübertragung
Sequenzierungs- und Analysemodule
- Vektor-Genom oder Bestätigung der Zielregion
- Gewebebiodistributionsmessungen
- Transgenexpression-Profilierung
- Integrationsort oder Beurteilung des Einfügungsereignisses, wo zutreffend
- Vergleich zwischen mehreren Geweben oder mehreren Zeitpunkten
- Bioinformatik-Berichterstattung und -Visualisierung
Projektumsetzungsunterstützung
Ein starkes Projekt beginnt vor der Sequenzierung. Wir helfen Ihnen, den Proben-Typ und die Gruppierung, die Gewebeliste und Zeitpunkte, die Verfügbarkeit von Konstruktkarten oder Zielsequenzen, Informationen zur Qualitätskontrolle von DNA oder RNA, die Benennung und Etikettierung der Proben, die beabsichtigten Ausgabetabellen und -grafiken sowie die erforderlichen Bioinformatik-Dateitypen zu überprüfen.
Dies hilft Ihrem Team, das Projekt klarer zu umreißen und verringert das Risiko, Daten zu sammeln, die die ursprüngliche Forschungsfrage nicht beantworten können.
Wählen Sie die richtige Auslesung: Biodistribution, Sequenzbestätigung, Expression oder Integration.
Eine gute in vivo Gentherapiestudie beginnt nicht mit einer Plattform. Sie beginnt mit der Frage, die Ihr Team beantworten muss. Die folgende Tabelle zeigt, wie sich gängige Ausgaben unterscheiden und wann jede von ihnen passen könnte.
| Auslesung / Methode | Hauptfrage beantwortet | Best-Fit-Anwendungsfall | Häufiger Probentyp | Typische Ausgaben | Wichtige Einschränkung |
|---|---|---|---|---|---|
| qPCR / ddPCR-Stil Quantifizierung | Ist die Zielsequenz nachweisbar oder quantifizierbar? | Gewebe-Biodistribution, Analyse der Vektor-Kopien, Erkennung bekannter Ziele | Extrahierte DNA oder RNA, aus Gewebe gewonnene Nukleinsäure | Kopierebezogene Tabellen, Gewebeebene Vergleich, normalisierte Signal Ausgabe | Begrenzter Sequenzkontext; bestätigt keine breite Vektorstruktur |
| Zielgerichtete Regionssequenzierung | Wird der erwartete Vektor oder Zielbereich von den Reads unterstützt? | Bekannte Zielbestätigung, ampliconbasierte Vektorsequenzunterstützung | DNA, Amplicons, vorbereitete Zielregionen | Lesen Sie die Unterstützung, Zusammenfassung der Abdeckung, Tabelle der Zielregionen. | Fokussiert auf ausgewählte Regionen; nicht für die genomweite Entdeckung ausgelegt. |
| AAV-Genomsequenzierung | Ist die Struktur oder Sequenz des AAV-Genoms unterstützt? | Bestätigung der AAV-Vektorsequenz und vektorbezogene Qualitätskontrolle | Vektor-DNA oder aufbereitetes AAV-bezogenes Material | Vektorsequenznachweis, Abdeckung, Unterstützung der Sequenzstruktur | Vektororientiert; ersetzt nicht die Analyse der Gewebeverteilung auf Ebene des Gewebes. |
| RNA-Sequenzierung | Wird das Transgen exprimiert und ist die Reaktion des Wirts relevant? | Transgenexpression-Profilierung, Gewebereaktion, Analyse auf Pfad-Ebene | Gesamt-RNA aus Gewebe oder Zellen | Expressionsmatrix, Heatmap, Tabelle der differentiellen Expression, Pfadausgabe | RNA-Signal entspricht nicht immer der Anwesenheit von Vektor-DNA. |
| Whole Genome Sequenzierung | Wird ein breiterer genomischer Kontext benötigt? | Genomweite Varianten- oder Kontextanalyse, ausgewählte Forschungsfragen, die genomischen Kontext erfordern | Genomisches DNA | Variant-Tabellen, genomweite Daten, QC-Zusammenfassung | Komplexer und nicht immer notwendig für eine gezielte Biodistribution. |
| Langzeit-Sequenzierung | Ist der Kontext von längeren Sequenzen wichtig? | Struktureller Kontext, größere einfügebezogene Fragen, ausgewählte Vektor- oder Integrationsstudien | Hochwertige DNA oder aufbereitetes Material | Langzeit-Alignment, struktureller Kontext, Unterstützung der Kandidatenregion | Erfordert qualitativ hochwertigere Eingaben und sorgfältiges Studiendesign. |
| Integrationsstandortanalyse | Wo werden Kandidaten-Einfügeereignisse erkannt? | Lentivirale, retrovirale, Transposon- oder andere integrationsrelevante Systeme | Genomische DNA | Kandidaten-Einfügetabelle, Zusammenfassung der genomischen Standorte, Visualisierung | Nur angemessen, wenn die Vektorbio und die Forschungsfrage dies rechtfertigen. |
Für Details zu den zugehörigen Dienstleistungen siehe unser AAV-Genom-Sequenzierung, Zielgerichtete Regionen-Sequenzierung, Whole-Genome-Sequenzierungund Analyse der Integrationsstellen von Lentiviren/Retroviren Seiten.
Wenn die Hauptfrage ist wo das genetische Material nachgewiesen wird, beginnen Sie mit einer Biodistributionsauswertung. Wenn die Hauptfrage lautet ob der erwartete Vektor oder Zielbereich vorhanden ist und durch Reads unterstützt wird, fügen Sie gezielte Sequenzierung oder Vektorgenomsequenzierung hinzu. Wenn die Hauptfrage lautet ob das Transgen exprimiert wird, fügen Sie eine Analyse auf RNA-Ebene hinzu.
Wenn die Hauptfrage lautet ob Insertion-bezogene Ereignisse wichtig sindBerücksichtigen Sie die Analyse des Integrationsstandorts nur, wenn der Vektortyp und das Studiendesign dies relevant machen. Wenn Ihr Team ein klares internes Datenpaket benötigt, sollten wir die bioinformatischen Ergebnisse definieren, bevor die Proben eingereicht werden. Dazu gehören die erwarteten Tabellen, Abbildungen, Dateitypen, QC-Zusammenfassungen und Berichtshinweise.
Proben-zu-Bericht Arbeitsablauf mit QC-Prüfpunkten
Unser Workflow kombiniert technische Verarbeitung mit Projektmanagement. Sobald Proben in das Projekt eintreten, verfolgen wir, ob jeder Schritt die ursprüngliche Forschungsfrage weiterhin unterstützt.
Schritt 1: Projektaufnahme und Auswahl der Lesungen
Bevor die Proben in den Arbeitsablauf eintreten, überprüfen wir das Studiendesign mit Ihrem Team. Nützliche Informationen umfassen Vektor oder Liefersystem, Arten- und Gewebeliste, Ziel- und Nicht-Zielgewebe, Gruppendesign und Zeitpunkte, Probenformat, Zielsequenz oder Konstruktkarte, gewünschte Auswertungen sowie erwartete Ausgabetabellen und -grafiken.
Dieser Schritt hilft uns zu entscheiden, ob Ihre Studie eine Einzelauswertung oder ein kombiniertes Paket benötigt.
Schritt 2: Probenübermittlung und Vor-QC-Überprüfung
Wenn Proben für den Versand vorbereitet werden, sind klare Kennzeichnung und Dokumentation wichtig. CD Genomics bittet die Kunden, ein ausgefülltes Probeneinreichungsformular bereitzustellen, die Probenbezeichnungen zwischen dem Formular und den Röhrenetiketten konsistent zu halten und elektronische QC-Daten, wenn verfügbar, einzureichen.
Für die Probenübermittlung sind 1,5 ml Zentrifugenröhrchen oft geeignet. Platten sollten fest verschlossen werden, um Probenverlust oder Kreuzkontamination zu reduzieren. DNA in Wasser oder TE-Puffer sollte mit Kühlakkus versendet werden, während RNA, Zellen, Bakterien und gefrorene Gewebe mit Trockeneis versendet werden sollten.
In diesem Stadium überprüft unser Team die Identität der Probe, den Proben-Typ, die Kennzeichnung und die verfügbaren QC-Informationen. Wenn etwas unklar ist, klären wir es, bevor die Probe weiter in die Verarbeitung geht.
Schritt 3: Nukleinsäureextraktion und Qualitätskontrolle
Der technische Arbeitsablauf hängt vom Eingangsmaterial und dem ausgewählten Ausleseverfahren ab.
Für DNA-basierte Auswertungen sollte die extrahierte DNA RNase-behandelt sein und keine offensichtlichen Abbau- oder Kontaminationsspuren aufweisen. Die Probenrichtlinien von CD Genomics empfehlen einen DNA OD260/280-Wert, der so nah wie möglich bei 1,8-2,0 liegt.
Für RNA-basierte Auswertungen sollte die gesamte RNA DNA-frei sein. Die Richtlinien von CD Genomics empfehlen A260/A280 ≥ 1,8, A260/230 ≥ 1,8 und RIN ≥ 6 für Gesamt-RNA-Proben.
Die QC-Überprüfung kann Konzentration, Reinheit, Abbau und Eignung für die ausgewählte Sequenzierungsmethode umfassen. Wenn die Probenqualität nicht mit dem geplanten Ergebnis übereinstimmt, besprechen wir mögliche Anpassungen, bevor wir fortfahren.
Schritt 4: Bibliotheks- oder Assayvorbereitung und Sequenzierung
Nach der Qualitätskontrolle bewegt sich das Projekt in die ausgewählte technische Richtung.
Für gezielte Sequenzierung werden Zielregionen vor der Sequenzierung amplifiziert oder angereichert. Bei der AAV-Genomsequenzierung werden die sequenzbezogene Unterstützung und Abdeckung des Vektors bewertet. Für die RNA-Sequenzierung wird RNA in sequenzierungsbereite Bibliotheken umgewandelt. Bei Whole-Genome- oder Long-Read-Strategien hängt die Bibliotheksvorbereitung von der DNA-Qualität und dem erforderlichen Datentyp ab.
Das technische Ziel besteht nicht nur darin, Reads zu generieren. Es besteht darin, Daten zu erzeugen, die mit dem geplanten biologischen Auslesen übereinstimmen.
Schritt 5: Bioinformatik, QC-Zusammenfassung und Berichtszustellung
Nach der Sequenzierung verarbeiten wir die Daten in nutzbare Ausgaben. Je nach Projekt kann dies Rohdaten und bereinigte Daten, eine QC-Zusammenfassung auf Probenebene, die Unterstützung von Zielregionen, Verteilungstabellen auf Gewebeebene, eine Expressionsmatrix, eine Tabelle mit Kandidaten für Integrationsstellen, visuelle Zusammenfassungen, Anmerkungen zum Analysebericht sowie Protokolle von Pipelines und Parametern umfassen, sofern vorhanden.
Das endgültige Paket wurde entwickelt, um Ihrem Team zu helfen, die Studie zu überprüfen, Gruppen zu vergleichen und zu entscheiden, ob Nachfolgetests erforderlich sind.
Beispielanforderungen für Studien zur Gentherapie mit mehreren Geweben
Die Probenanforderungen hängen von Vektortyp, Auslesung, Spezies, Gewebe und Extraktionsstatus ab. Die folgende Tabelle bietet praktische Ausgangspunkte basierend auf den Probenrichtlinien von CD Genomics und der Planung gängiger Sequenzierungsprojekte. Die endgültigen Anforderungen sollten während der Projektprüfung bestätigt werden.
| Probenart | Empfohlene Eingabe | Behälter | Versand | QC-Prüfpunkte | Notizen |
|---|---|---|---|---|---|
| Gefrorenes Gewebe zur DNA/RNA-Extraktion | Projektbezogen; für RNA-seq kann die Gewebeempfehlung je nach Anwendung bei 10-50 mg beginnen. | Cryotube oder genehmigte versiegelte Röhre | Trockeneis | Gewebeidentität, Abbaurisiko, Eignung von DNA/RNA | Bitte geben Sie den Gewebenamen, die Gruppe, den Zeitpunkttyp und den Vektortyp an. |
| Extrahierte genomische DNA für Short-Read-Sequenzierung | WGS: ≥500 ng empfohlen; WES: ≥500 ng empfohlen; virale Genomsequenzierung: ≥1 μg empfohlen | DNase-freies Röhrchen | Eisbeutel | OD260/280 nahe 1,8-2,0, Konzentration, Degradation, Kontamination | Reichen Sie den Konstruktionsplan oder die Zielsequenz ein, falls verfügbar. |
| Extrahierte genomische DNA für Langzeit-Sequenzierung | PacBio WGS: ≥3 μg; Nanopore WGS: ≥5 μg | DNase-freies Röhrchen | Eisbeutel | Hochmolekulare DNA, Konzentration, Reinheit | Nützlich, wenn ein längerer Sequenzkontext benötigt wird. |
| Extrahierte RNA für die Expressionsprofilierung | Gesamtes Transkriptom: ≥3 μg empfohlen; mRNA-seq: ≥500 ng empfohlen | RNase-freies Röhrchen | Trockeneis | A260/A280 ≥1,8, A260/230 ≥1,8, RIN ≥6 | Nützlich für die Expression von Transgenen oder die Profilierung der Wirtsreaktion. |
| Zellen für RNA-basierte Arbeiten | mRNA-seq-Anleitungen können ab ≥1×10 beginnen.6 Zellen | Genehmigtes Röhren- oder gefrorenes Zellformat | Trockeneis | Zellanzahl, RNA-Integrität nach der Extraktion | Geben Sie Zelltyp, Gruppe, Behandlung und Zielmessung an. |
| Blutprobe | Für ausgewählte Tests können je nach Auswertung 0,5-1 mL oder mehr erforderlich sein. | Plastik-Antikoagulans-Blutentnahmgefäß | Starre, geschützte Verpackung; Zustand hängt von der Analyse ab | Probenintegrität und Matrizenangemessenheit | Geben Sie den Antikoagulantientyp und die Studiengruppe an. |
| Reinigtes Amplicon | Amplicon-Sequenzierung: ≥1 μg empfohlen; 500 ng Minimum | Niederdruckschlauch | Eisbeutel | Konzentration, Einzelziel-Band, falls verfügbar | Nützlich für die gezielte Bestätigung von Zielregionen |
| Virale Partikel oder Vektormaterial | Projektbezogene Machbarkeitsprüfung erforderlich | Genehmigtes gefrorenes Format | Trockeneis | Identität, Konzentration falls verfügbar, Konstruktinformationen | Nützlich für die Bestätigung von vektorbezogenen Sequenzen |
Bioinformatische Analyse und Ergebnisse
Bioinformatik sollte geplant werden, bevor die Sequenzierung beginnt. Wenn wir Ihren Vektortyp, die Zielregion, die Gewebeliste und die Berichtsziele frühzeitig verstehen, können wir ein nützlicheres Ausgabe-Paket erstellen.
Mindestanforderungen
- Rohdaten und bereinigte Daten, wo zutreffend
- Stichprobenbezogene QC-Zusammenfassung
- Zusammenfassung der Zielregion oder vektorbezogenen Reads
- Gewebeebene Verteilungstabelle
- Grundlegende Visualisierungsdateien
- Methoden- und Analysehinweise
- Abschlussbericht-Paket
Für Projekte, die die Expressionsprofilierung betreffen, können die Ergebnisse auch Expressionsmatrizen und Heatmaps umfassen. Für Projekte, die integrationsbezogene Fragen betreffen, können die Ergebnisse Kandidateninsertionstabellen und Zusammenfassungen der genomischen Standorte umfassen.
Optionale Zusatzleistungen
- Analyse der Kandidaten für die Integrationsstelle
- RNA-Expressionsmatrix und differentielle Expression
- Analyse der Wirtsantwortwege
- Vergleich von mehreren Zeitpunkten oder mehreren Dosen
- Benutzerdefinierte, figurenbereite Visualisierung
- Pipeline-Parameteraufzeichnung
- Querverweis-Zusammenfassungstabelle
Für RNA-Projekte auf RNA-Ebene siehe unser RNA-Sequenzierung Dienstleistung. Für maßgeschneiderte Analyseunterstützung siehe unsere Bioinformatik Dienstleistungen.
Anwendungsszenarien
Diese Studienszenarien helfen zu zeigen, wie Sequenzierung und Biodistributionsausgaben kombiniert werden können, wenn die Forschungsfrage mehr als eine Evidenzschicht erfordert.
AAV-Gewebetropismus und Vektor-Biodistribution
AAV-Studien müssen häufig Zielgewebe mit Nicht-Zielgewebe nach der in vivo-Verabreichung vergleichen. Je nach Zielsetzung kann das Projekt Biodistributionsmessungen mit AAV-Integrationsstellenanalyse oder AAV-genombezogene Sequenzierung.
Lentivirale oder integrierende Vektor-Einfügungsstellenbewertung
Für lentivirale, retrovirale, Transposon- oder andere integrationsrelevante Systeme kann eine Analyse der Integrationsstellen erforderlich sein, um die möglichen Einfügeorte zu verstehen. Diese Analyse sollte nur in Betracht gezogen werden, wenn die Vektorenbiologie und das Studiendesign dies rechtfertigen.
Nicht-virale Lieferung und Studien zur Persistenz von Nukleinsäuren
Für plasmid-, LNP- oder nanopartikelbasierte Liefersysteme kann die Studie sich darauf konzentrieren, wo nukleinsäurehaltiges Material nachgewiesen wird, ob Zielregionen durch Sequenzierung unterstützt werden und ob Ausdrucksausgaben erforderlich sind.
Transgenexpression und Gewebeebene Reaktionsprofilierung
Wenn die bloße Anwesenheit des Vektors nicht ausreicht, kann eine Analyse auf RNA-Ebene helfen zu zeigen, ob die Transgenexpression oder die Gewebereaktion Teil des Datenpakets ist.
Referenzen
- Entwicklung und Validierung eines Modells für einen Biodistributionsassay der Gentherapie für AVGN7 unter Verwendung der digitalen Tropfen-Polymerase-Kettenreaktion
- Adeno-assoziierter Virus als Liefervektor für die Gentherapie menschlicher Krankheiten
- Charakterisierung von AAV-Vektoren: Eine Übersicht über analytische Techniken und kritische Qualitätsmerkmale
- Ein neuartiger Ansatz zur Quantifizierung der Biodistribution und Transduktion von Adeno-assoziierten Virusgen-Therapie unter Verwendung von radiolabelierten AAV-Vektoren in Mäusen
- Kartierung der administrationsroutenabhängigen Transduktionsprofile von häufig verwendeten AAV-Varianten in Mäusen durch Barcode-Amplicon-Sequenzierung
- Auto-Expansion von in vivo HDAd-transduzierten hämatopoetischen Stammzellen durch konstitutive Expression von tHMGA2
Demo-Ergebnisse: So könnte Ihr Datenpaket aussehen
Demonstrationsergebnisse helfen Ihrem Team zu verstehen, wie die endgültigen Ergebnisse aussehen könnten. Die folgenden Beispiele sind gängige Ergebnisformate, die einbezogen werden können, wenn sie mit dem Studiendesign übereinstimmen.
Demo 1: Gewebe-Biodistributionsprofil
Ein Gewebe-Biodistributionsprofil kann zeigen, wie das vektorbezogene Signal über ausgewählte Gewebe, Gruppen oder Zeitpunkte verteilt ist. Eine typische Tabelle oder ein Diagramm kann Proben-ID, Gewebetyp, Gruppe oder Dosis, Zeitpunkt, Zielsignal, normierten Output und QC-Status enthalten. Diese Ansicht hilft Ihrem Team, Ziel- und Nicht-Zielgewebe an einem Ort zu vergleichen.
Demo 2: Vektorfolge und Zielbereichsbestätigung
Eine Sequenzbestätigungs-Ausgabe kann anzeigen, ob die Reads die erwartete Vektorreferenzregion, die Transgenregion oder die ausgewählte Zielsequenz unterstützen. Eine typische Berichtansicht kann die Zielregion, die Read-Anzahl oder Read-Unterstützung, eine Zusammenfassung der Abdeckung, Anmerkungen zum Sequenzabgleich, Varianten- oder Abweichungskennzeichnungen, wo relevant, sowie QC-Interpretationsnotizen umfassen.
Demo 3: Ausdrucks- und Integrationsbezogene Ausgaben
Für Projekte, die RNA oder integrationsbezogene Fragen umfassen, kann eine kombinierte Ausgabe Ausdrucksmuster und Informationen zu potenziellen Einfügungen anzeigen. Eine typische Ausgabe kann Gewebe- oder Probenkategorie, Transgenexpressionsniveau, Wirtsreaktionsmarker (sofern enthalten), potenziellen Einfügeort, genomische Merkmalsannotation, unterstützende Leseinformationen und QC-Kommentare umfassen.
FAQ: Planung eines In Vivo-Gentherapie-Sequenzierungsprojekts
1. Welches Ablesegerät sollte ich zuerst wählen?
Beginnen Sie mit der Frage, die Sie beantworten müssen. Wenn Sie die Gewebeebene benötigen, beginnen Sie mit der Biodistribution. Wenn Sie Sequenzunterstützung benötigen, fügen Sie gezielte oder Vektorsequenzierung hinzu. Wenn Sie Ausdrucksnachweise benötigen, fügen Sie eine RNA-Ebenen-Analyse hinzu. Wenn einfügebezogene Ereignisse von Bedeutung sind, kann eine Analyse der Integrationsstellen nützlich sein.
Können Gewebe-, Blut-, DNA- und RNA-Proben in einem Projekt zusammengeführt werden?
Ja, aber sie erfordern möglicherweise unterschiedliche Handhabung, Qualitätskontrollen und Sequenzierungsabläufe. Wir überprüfen zuerst die Probenarten und ordnen dann jede Probengruppe dem richtigen Ergebnis zu.
3. Wann ist Sequenzierung nützlicher als qPCR oder ddPCR allein?
Die Sequenzierung ist nützlich, wenn die erkenntnisbezogene Erkennung nicht ausreicht. Sie kann Unterstützung für Zielregionen, Informationen über Vektorsequenzen, Expressionsprofiling, integrationsbezogene Beweise oder einen breiteren genomischen Kontext hinzufügen.
4. Können Sie bei der Bestätigung des AAV-Genoms helfen?
Ja. Für AAV-bezogene Arbeiten können wir helfen zu beurteilen, ob die Sequenzierung des AAV-Genoms oder die Sequenzierung der Zielregion für das Projekt geeignet ist. Die beste Option hängt vom Vektordesign, dem Proben-Typ und der gestellten Frage ab.
5. Wann sollte eine Analyse der Integrationsstandorte in Betracht gezogen werden?
Berücksichtigen Sie es, wenn das Liefersystem integriert werden kann, wenn einfügebezogene Fragen Teil der Studie sind oder wenn Informationen zum genomischen Standort benötigt werden. Es ist nicht notwendig für jedes Biodistributionsprojekt.
6. Welche Informationen sollte ich senden, bevor ich einen Projektplan anfordere?
Nützliche Informationen umfassen den Vektortyp, die Art, die Gewebeliste, Zeitpunkte, das Probenformat, die Zielsequenz, die Konstruktkarte, die gewünschten Auslesungen und vorhandene DNA- oder RNA-QC-Daten.
7. Welche Bioinformatik-Ausgaben können enthalten sein?
Je nach Projekt können die Ergebnisse QC-Zusammenfassungen, Gewebeebenen-Tabellen, Leseunterstützung für Zielregionen, Expressionsmatrizen, Kandidaten-Einfügetabellen, Visualisierungen und Berichtsnotizen umfassen.
8. Kann diese Lösung Multi-Gewebe- und Multi-Zeitpunkt-Designs unterstützen?
Ja. Multi-Gewebe- und Multi-Zeitpunkt-Designs sind oft eine gute Wahl für diese Lösung, wenn die Probenqualität, Gruppierung und Ausleseziele vor Beginn der Sequenzierung geplant werden.
Kundenveröffentlichung Fall: Sequenzierung von Beweisen in einer In Vivo Gentherapiestudie
Kundenveröffentlichungsfall
Tagebuch: Molekulare Therapie: Methoden & Klinische Entwicklung
Veröffentlicht: 2024
DOI: 10.1016/j.omtm.2024.101319
Hintergrund
Diese Kundenpublikation untersuchte einen in vivo-Ansatz zur Gentherapie von hämatopoetischen Stammzellen, der darauf abzielt, die ex vivo-Zellernte, -manipulation und -transplantation zu vermeiden. Die Autoren konstruierten HSC-tropische HDAd5/35++-Vektoren, die ein verkürztes HMGA2-Gen und ein GFP-Reporter-Gen exprimieren. Ein SB100x-Transposase-Vektor vermittelte die zufällige Integration des Transgen-Kassetten.
Die Studie ist hier relevant, da sie zeigt, warum die Forschung zur in vivo Gentherapie möglicherweise mehr als eine Art von sequenzierungsunterstütztem Beweis benötigt. Die Autoren untersuchten die Zellexpansion, die Beteiligung von Linien, das Verhalten am Einfügungsort, die genomische Stabilität und die Validierung in humanisierten Mäusen.
Methoden
Die Studie mobilisierte HSCs bei Mäusen unter Verwendung von G-CSF und AMD3100/Plerixafor, gefolgt von einer intravenösen Injektion eines integrierenden tHMGA2/GFP-Vektors. Die Autoren verfolgten über die Zeit hinweg GFP-positive mononukleäre Zellen im peripheren Blut und evaluierten die Expansion von HSCs sowie myeloischen, lymphatischen und erythroiden Vorläuferpopulationen im Knochenmark und in der Milz.
Die sequenzierungsbezogenen Methoden umfassten die genombasierte Analyse von Integrationsstellen und die gesamte Exomsequenzierung. Diese Methoden halfen den Autoren zu untersuchen, ob die Expansion polyklonal war und ob die breiteren Indizes der genomischen Instabilität zwischen behandelten und Kontrollmäusen unterschiedlich waren.
Ergebnisse
Die Studie berichtet, dass GFP-positive periphere Blutmononukleäre Zellen eine langsame, aber fortschreitende Expansion zeigten, die bis zur Woche 44 etwa 50% erreichte. Auch bei sekundären Empfängern wurde eine Expansion beobachtet. Die Autoren berichteten von einer Expansion auf der HSC-Ebene und in den Vorläuferpopulationen im Knochenmark und in der Milz.
Abbildung 5 präsentiert eine genomweite Analyse der Einfügungsstellen durch TRACE-Sequenzierung. Die Abbildung umfasst einzigartige DNA-Fragmente mit Einfügungsstellen, einzigartige genomische Einfügekoordinaten, Sequenzlogos um die Einfügungsstellen, Verteilung in Genregionen und eine Visualisierung der Einfügeorte auf Chromosomenebene.
Eine wichtige Beobachtung der Studie war, dass die Expansion polyklonal war, ohne Anzeichen einer klonalen Dominanz basierend auf der Analyse der genomweiten Integrationsstellen. Die Ganzexomsequenzierung zeigte keine signifikanten Unterschiede in den Indizes der genomischen Instabilität zwischen tHMGA2/GFP-Mäusen und unbehandelten Kontrollmäusen.
Abbildung 5 aus der Kundenpublikation zeigt die genomweite Analyse der Insertionstellen in einer in vivo HDAd-transduzierten HSC-Gentherudiestudie und hilft den Lesern zu verstehen, wie Informationen zu Insertionstellen ein umfassenderes Sequenzierungsbeweispaket unterstützen können.
Schlussfolgerung
Diese Kundenpublikation zeigt, warum ein Multi-Readout-Sequenzierungsplan in der in vivo Gentherapieforschung nützlich sein kann. Abhängig vom Vektorsystem und dem Studienziel benötigt ein Projekt möglicherweise Gewebeebene-Beweise, Sequenzeebene-Bestätigungen, Informationen zu Einfügungsstellen, Expressionsdaten und einen breiteren genomischen Kontext.
Für ein Serviceprojekt ist die praktische Lektion einfach: Definiere zuerst die Frage, und baue dann den Sequenzierungs- und Bioinformatikplan um diese Frage herum auf.
Referenz
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Die untenstehenden Veröffentlichungen sind relevant für die Gentherapie, Vektorübertragung, Sequenzierung oder Forschungskontexte zur Immunantwort. Sie sind als verwandte Kundenveröffentlichungen aufgeführt, nicht als vollständige Fallstudien.
| Veröffentlichung | Journal / Jahr | Verwandte Service-Tag | Warum es relevant ist |
|---|---|---|---|
| Auto-Expansion von in vivo HDAd-transduzierten hämatopoetischen Stammzellen durch konstitutive Expression von tHMGA2 | Molekulare Therapie: Methoden & Klinische Entwicklung, 2024 | Whole Exome Sequenzierung, WES | Nächste Passform für den Kundenveröffentlichungsfall; relevant für in vivo Gentherapie und genomische Bewertung. |
| In vivo Basenbearbeitung rettet ADPKD in einem humanisierten Mausmodell | Nature Communications, 2025 | RNA-seq / RNA-seq Bibliothekskonstruktion und Sequenzierung | Relevant für in vivo AAV-vermitteltes Base Editing und transkriptomweite RNA-Editing-Analyse |
| Die HLA-Klasse-I-Immunopeptidome der AAV-Kapsidproteine | Frontiers in Immunologie, 2023 | HLA-Typisierung | Relevant für die Forschung zum AAV-Capsid-Immunopeptidom und den Kontext der Immunantwort bei der Gentransfer. |
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