Neue Generation der cDNA-Sequenzierung – Oxford Nanopore führt neue cDNA-Sequenzierungskits ein

4. Februar 2019

Oxford Nanopore hat seine beiden neuen „109“ cDNA-Kits für seine Echtzeit-Sequenzierungstechnologie mit skalierbarer Kapazität auf den Markt gebracht. Die neuen Kits bieten eine hohe Durchsatzrate und erzeugen vollständige Sequenzen von cDNA-Strängen in voller Länge, mit einer niedrigen Eingabeoption von nur 1 ng PolyA+ RNA.

Die beiden neuen Kits, die jetzt verfügbar sind, sind die Direct cDNA (SQK-DCS109) und die PCR-cDNA (SQK-PCS109) Sequenzierungskits. In Kombination mit Upgrades der Oxford Nanopore Sequenzierungsplattformen und -software bietet die Nanopore cDNA-Sequenzierung eine effektive Anreicherung für vollständige Transkripte (PCR-cDNA). Im Fall des Direct cDNA-Kits ist PCR nicht erforderlich — was Verzerrungen entfernt, während das cDNA-PCR-Kit einen hohen Durchsatz aus niedrigen RNA-Eingaben (nur 1 ng PolyA+ RNA) ermöglicht und die Option bietet, mit totaler RNA zu beginnen.

Die neuen cDNA-Kits sind für alle Oxford Nanopore-Geräte verfügbar und ermöglichen es allen Benutzertypen, sehr hohe Erträge an transkriptomischen Daten für die hochauflösende Entdeckung neuer Isoformen, die Identifizierung von Transkripten mit niedriger Kopienzahl und das de novo-Sequenzieren ganzer Transkriptome mit hoher Abdeckung zu generieren.

Die neue cDNA-Sequenzierungsmethode ermöglicht es den Nutzern, gesamte Transkriptome mit hoher Abdeckung auf einer einzelnen MinION-Flusszelle (10-15 Millionen Reads x vollständige Transkripte) zu sequenzieren, mit erheblich höheren Durchsatzmöglichkeiten auf PromethION (mehr als 60 Millionen Reads x vollständige Transkripte pro Flusszelle) oder kleineren, schnellen Tests auf Flongle. Dies erleichtert neue biologische Erkenntnisse in einer Vielzahl von Anwendungen.

Ein tieferes Eintauchen in das Transkriptom ermöglicht es Forschern, besser zu verstehen, wie die DNA eines Organismus zu einem bestimmten Zeitpunkt interpretiert wird. Dies könnte die Behandlung im Gesundheitswesen besser informieren und eine schnelle Methode zur Identifizierung von Viren bieten.

Beide Kits sind jetzt auf der Website von Oxford Nanopore erhältlich.