Richtlinien zur Einreichung von Proben
Whole Genome Sequencing Fragen und Antworten
Allgemeine Fragen
- Welche Arten von Varianten werden durch die gesamte Genom-Resequenzierung erkannt?
- Einzelne Nukleotid-Polymorphismen (SNPs)Einfügungen und Löschungen (INDELs), Kopienzahlvariationen (CNVs) und strukturelle Variationen (SVs).
- Was ist die Duplikationsrate?
- Die Duplikationsrate bezieht sich auf den Prozentsatz der Duplikate in den insgesamt sequenzierten Sequenzen. Je höher die Duplikationsrate, desto geringer die Datennutzung und desto höher die verschwendeten Sequenzierungskosten.
- Was sind die Vorteile der gesamten Genomresequenzierung?
- • Umfassende Variantenidentifikation: Whole-Genome-Resequenzierung ermöglicht die Erkennung verschiedener Arten von genetischen Varianten und bietet einen umfassenden Überblick über das Genom. Dazu gehören sowohl häufige als auch seltene Varianten im gesamten Genom.
• Hohe Auflösung: Die Resequenzierung bietet ein hohes Maß an Auflösung, das die Erkennung selbst subtiler genetischer Variationen ermöglicht.
• Entdeckung neuer Varianten: Die vollständige Genom-Nachsequenzierung kann zuvor unbekannte oder seltene Varianten aufdecken, die mit bestimmten Krankheiten oder Eigenschaften in Verbindung stehen könnten, was zu neuen Entdeckungen und Erkenntnissen in der Humangenetik führt.
- • Umfassende Variantenidentifikation: Whole-Genome-Resequenzierung ermöglicht die Erkennung verschiedener Arten von genetischen Varianten und bietet einen umfassenden Überblick über das Genom. Dazu gehören sowohl häufige als auch seltene Varianten im gesamten Genom.
- Was ist der Unterschied zwischen Resequenzierung und De-novo-Sequenzierung und -Assemblierung?
- Die Resequenzierung wird mit einem Referenzgenom durchgeführt, um genetische Varianten zu identifizieren, während de novo Sequenzierung und Assemblierung verwendet werden, wenn kein Referenzgenom verfügbar ist, um das gesamte Genom von Grund auf neu zu rekonstruieren.
- Welche Faktoren beeinflussen die Duplizierungsrate?
- • doppelte Werte aufgrund der Proben selbst: kleine Stichprobengröße, geringe Stichprobenvielfalt (z. B. ctDNA usw.), usw.;
• doppelte Werte, die aus dem Bibliotheksaufbauprozess resultieren:
Fragmentierung: Zufälligkeit, Homogenität und Fragmentgröße;
Junktionsligierung: Je höher die Ligationseffizienz, desto besser die molekulare Diversität und desto niedriger die Duplikationsrate.
• PCR-Amplifikation: Der GC-Gehalt des Fragments steht in Beziehung zur Amplifikationseffizienz der Probe.
• Effekt der Clustererzeugung auf dup: angemessene Dichte der Clustererzeugung
• Dup verursacht durch optische Auflösung: Fehler bei der Signalaufnahme.
- • doppelte Werte aufgrund der Proben selbst: kleine Stichprobengröße, geringe Stichprobenvielfalt (z. B. ctDNA usw.), usw.;
- Welche Sequenzierungsplattform sollte ich wählen?
- die Wahl der Sequenzierungsplattform hängt von Faktoren wie den Zielen des Experiments, dem Organismus und den verfügbaren Ressourcen ab. Illumina wird häufig für die Neusequenzierung und Variantenentdeckung verwendet, während PacBio oder Oxford Nanopore sind besser für de novo Assemblierung und Erkennung großer struktureller VariantenIllumina ist kosteneffektiv, und das Long-Read-Sequencing ist nützlich für komplexe Genome. Berücksichtigen Sie die Projektanforderungen, um eine fundierte Entscheidung zu treffen.
- Wie viel Versicherungsschutz benötige ich?
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Die erforderliche Abdeckung für Sequenzierungen hängt von verschiedenen Faktoren ab, wie den spezifischen Zielen Ihres Experiments, dem untersuchten Organismus und dem gewünschten Vertrauensniveau bei der Variantenentdeckung oder Genomassemblierung. Hier sind einige allgemeine Empfehlungen zur Abdeckung:
NGS (z.B. Illumina):
• Analyse von Keimbahn-/häufigen Varianten: 20-50x Abdeckung.
• Somatische/seltene Variantenanalyse: 100-1000x Abdeckung.
• Tumor- vs. Normalvergleich: ≥60-fache Abdeckung für Tumor, ≥30-fache Abdeckung für Normalgewebe.
• Bevölkerungsstudien: 20-50x Abdeckung.
• De novo Assembly: 100-1000x Abdeckung.
Langzeit-Sequenzierung (z. B. PacBio):
• Lückenfüllung und Gerüstbau: 10-fache Abdeckung.
• Nachweis großer struktureller Varianten: 10-fache Abdeckung.
• Analyse von Keimbahn-/häufigen Varianten: 20-50x Abdeckung.
• De novo Assemblierung: 50-100x Abdeckung.
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Die erforderliche Abdeckung für Sequenzierungen hängt von verschiedenen Faktoren ab, wie den spezifischen Zielen Ihres Experiments, dem untersuchten Organismus und dem gewünschten Vertrauensniveau bei der Variantenentdeckung oder Genomassemblierung. Hier sind einige allgemeine Empfehlungen zur Abdeckung:
- Welche Leselänge wird auf dem PacBio Sequel erreicht?
- Auf der PacBio Sequel-Plattform werden typischerweise durchschnittliche Lese-längen von 10-15 kb erreicht, wobei maximale Lese-längen von bis zu 60 kb möglich sind. Es ist wichtig zu beachten, dass die tatsächlich erzielten Lese-längen je nach verschiedenen Faktoren variieren können, einschließlich der spezifischen Sequenzierungsbedingungen, der Qualität der DNA-Probe und der verwendeten Bibliotheksvorbereitungsmethode.
- Mit so vielen Varianten, die aus den Ergebnissen der gesamten Genomresequenzierung gewonnen wurden, wie sollten wir das erste Screening durchführen?
- Das Screening erfolgt in der Regel zunächst nach Häufigkeit und funktionalem Einfluss in öffentlichen Datenbanken, dann nach Informationen zum Krankheitsphänotyp oder genetischen Mustern, und anschließend werden Faktoren wie das Risiko von Proteinen und deren Konservierung berücksichtigt.
- Welche Probenarten sind für die gesamte Genomresequenzierung erforderlich, um somatische Mutationen (tumorrichtige Analyse) zu untersuchen?
- Die vollständige Genomresequenzierung zur Analyse somatischer Mutationen (Tumorrichtung) erfordert gepaarte Proben, wie z. B. krebserkranktes Gewebe und para-krebserkranktes Gewebe vom selben Patienten oder krebserkranktes Gewebe und Vollblut vom selben Patienten.
- Welche umfassenden Datenanalysetools für das gesamte Genom können Sie anbieten?
- • Analyse der genetischen Diversität der Population
• Bevölkerungsentwicklung Studien
• Konstruktion von genetischen Karten
• Analyse der genetischen Struktur von Populationen
• QTL-Lokalisierung
• Genomweite Assoziationsanalyse (GWAS)
• Vorhersage der Mutationsfunktion
- • Analyse der genetischen Diversität der Population
- Welches Bibliotheksvorbereitungsprotokoll wird für die Kurzlese-Ganzgenomsequenzierung verwendet?
- Bitte lesen Sie unser Protokoll. Whole Genome Sequenzierung durch NGS zur Einführung in die Bibliotheksvorbereitung.
- Wie kann DNA fragmentiert werden?
- Es gibt zwei Hauptmethoden zur Fragmentierung von DNA: physikalische Fragmentierung und enzymatische Fragmentierung. Die physikalische Fragmentierung nutzt hauptsächlich mechanische Verfahren, um das Genom zufällig zu zerbrechen, wie z.B. Ultraschallfragmentierung, Aerosolisierung usw. Die enzymatische Fragmentierung verwendet hauptsächlich die Scherfunktion von Enzymen, um das Genom zu fragmentieren. Die enzymatische Fragmentierungsmethode ist einfach zu handhaben, während die physikalische Fragmentierungsmethode eine bessere Zufälligkeit der Fragmentierung aufweist.
- Erfordert der Bibliotheksvorbereitungsprozess eine PCR-Amplifikation und Anreicherung?
- Je nachdem, ob während der Bibliotheksvorbereitung eine PCR-Amplifikationsanreicherung erforderlich ist, gibt es zwei Arten von Optionen zur Bibliotheksvorbereitung: PCR-amplifiziert und PCR-frei.
Probenvorbereitung
- Wie sollte ich meine Proben vorbereiten und versenden?
- Sehen Sie sich unser an Richtlinien zur Einreichung von Proben für Anweisungen zur Vorbereitung und zum Versand Ihrer Proben für die gesamte Genomsequenzierung.
Nur für Forschungszwecke, nicht zur klinischen Diagnose, Behandlung oder individuellen Gesundheitsbewertung bestimmt.
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