Richtlinien zur Einreichung von Proben
Amplicon-Sequenzierung Fragen und Antworten
Allgemeine Fragen
- Wie baue ich eine Bibliothek von Ampliconen auf?
- Amplicon-Sequenzierung Bibliotheksbauverfahren, das hauptsächlich PCR-Methoden verwendet, um spezifische molekulare Fragmente zu amplifizieren und während des Amplifikationsprozesses Junction- und Sequenzierungsprimerregionen einzuführen.
- Wie ist Ihr Prozess zum Aufbau einer Ampliconbibliothek?
- Derzeit gibt es 2 Hauptprozessoptionen. Die Ein-Schritt-Bibliothekskonstruktion bedeutet, dass Amplifikation und Ligation gleichzeitig durch eine Runde von PCR-Reaktionen durchgeführt werden. Die Zwei-Schritt-Bibliothekskonstruktion umfasst zwei Runden von PCR-Reaktionen mit separater Amplifikation sowie Ligation.
- Was sind die Hauptprobleme, die durch Amplicon-Sequenzierung gelöst werden können?
- Es wird derzeit am häufigsten im Bereich der Mikrobiologie verwendet, um die Zusammensetzung der mikrobiellen Gemeinschaft zu erkennen. Es umfasst hauptsächlich 16S rDNA-Sequenzierung18S rDNA-Sequenzierung, ITS-Sequenzierung und Zielregion Amplicon-SequenzierungDie Sequenzen eines hochvariablen Bereichs von 16S/18S/ITS, die durch die Hochdurchsatz-Sequenzierung der zweiten Generation bestimmt wurden, werden verwendet, um die Unterschiede zwischen Arten in der Taxonomie von Bakterien, Pilzen und Archaeen in Umweltn Proben zu erfassen, was eine wichtige Orientierung für die Untersuchung der mikrobiellen Zusammensetzung in marinen, Boden- und intestinalen Fäkalumgebungen darstellt.
- Kann die Amplicon-Sequenzierung alle Sequenzen des Genoms erfassen?
- Die Amplicon-Sequenzierung kann nur ein oder einige spezifische Genfragmente in einer Probe nachweisen, jedoch nicht alle Gene. Der Prozess des Bibliotheksaufbaus durchläuft eine PCR-Anreicherung und -Screening, die die für den Forscher interessierenden Fragmente zehntausend- und hunderttausendfach amplifiziert.
- Welche Faktoren beeinflussen den Aufbau von Ampliconbibliotheken?
- Der Prozess des Aufbaus einer Ampliconbibliothek wird von vielen Faktoren beeinflusst, wie z.B. der Amplifikationsmethode, dem Enzym und der Anzahl der Amplifikationszyklen. Je höher die Ausgangskonzentration der Probe, desto höher die Anzahl der Zyklen und desto weiter weichen die Ergebnisse von der tatsächlichen Situation ab.
- Kann die Amplicon-Sequenzierung zur Analyse der Artenzusammensetzung verwendet werden?
- Es gibt verschiedene Formen von Amplicon-Sequenzierungsergebnissen, die verwendet werden können, um die Zusammensetzung von bakteriellen Gemeinschaften in einer Probe darzustellen. Venn-Diagramme, Karten der Gemeinschaftsstruktur, Clusterkarten, Heatmaps, phylogenetische Bäume usw. sind alle gut geeignet, um die Artenzusammensetzung zu zeigen.
- In welchen Bereichen kann die Amplicon-Sequenzierung angewendet werden?
- Amplicon-Sequenzierung ist eine Art der Zielregionsfangersequenzierung (eine weitere Technik zur Zielregionsfangerfassung ist die Hybridisierungsprobenfangerfassung). Amplicon-Sequenzierung ist die Sequenzierung eines spezifischen Längenbereichs eines PCR-Produktfragments, um die Variation in der Sequenz zu analysieren. Amplicon-Sequenzierung ist in der Lage, Zielregionen mit hoher Abdeckung zu sequenzieren und auch Niedrigfrequenzmutationen je nach Bedarf zu erkennen. Die aktuellen Arten der Amplicon-Sequenzierung umfassen die Sequenzierung von funktionalen Genen, die Sequenzierung von gezielt erfassten Sequenzfragmenten und die Sequenzierung von methylierten Fragmenten.
- Was ist unser Dienst zur Analyse von Amplicon-Sequenzierungsdaten?
- • QC, experimentelles Design, Zusammenführung von doppelseitigen Sequenzen
• Extraktion von Barcodes, QC und Probenaufteilung, Exzision von Amplifikationsprimern
• Formatkonvertierung, Redundanzbeseitigung, Clustering
• Entfernung von Chimären, nicht-bakteriellen Sequenzen, Erstellung von repräsentativen Sequenzen und OTU-Tabellen
• Artenannotation, OTU-Tabellenmanipulation
• Evolutionärer Baum, Alpha- und Beta-Diversität
• Artenklassifikationsstatistiken, Filterung von evolutionären Bäumen und anderen
- • QC, experimentelles Design, Zusammenführung von doppelseitigen Sequenzen
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Probenvorbereitung
- Muss ich das Ausgangsmaterial für meine Amplicon-Sequenzierung standardisieren?
- Wir werden die Konzentration Ihrer Proben an Ihr Projekt anpassen. Sie müssen jedoch unseren Richtlinien zur Einreichung von Mustern oder kontaktieren Sie uns vor der Einreichung.
- Warum habe ich hohe DNA-Konzentrationen, bevor ich sie einreiche, und niedrige Konzentrationen, nachdem ich sie zur Analyse an das Unternehmen gesendet habe?
- NanoDrop kann zwischen dsDNA und ssDNA (Oligonukleotiden und dNTP) nicht unterscheiden, was dazu führen kann, dass Sie die Menge an dsDNA in Ihrer Probe überschätzen. In unserem Unternehmen kombinieren wir Qubit, Nanodrop und Agarose-Elektrophorese, um die Qualität von DNA-Proben zu testen.
- Wie reinige ich Amplicons?
- Reinige Proben können durch DNA-bindende Perlen/Säulen, Enzymreinigung und Gelreinigung gereinigt werden.
- Was sind die Richtlinien für die Probeneinreichung für Amplicon-Sequenzierung?
- • Für Amplicon-Sequenzierung
Probenart: Gereinigtes Amplicon
Empfohlene Menge: ≥ 1 µg
Mindestmenge: 500 ng
Mindestkonzentration: 20 ng/µL
• Für 16S/18S/ITS-Sequenzierung
Probenart: Genomische DNA
Empfohlene Menge: ≥ 100 ng
Mindestmenge: 500 ng
Mindestkonzentration: 1 g/µL
Überprüfen Sie unser Richtlinien zur Einreichung von Proben für Details.
- • Für Amplicon-Sequenzierung
Nur für Forschungszwecke, nicht zur klinischen Diagnose, Behandlung oder individuellen Gesundheitsbewertung bestimmt.
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