Richtlinien zur Einreichung von Proben
Total RNA-Sequenzierung Q&A
- Allgemeine Fragen
- Welche Arten von Total RNA-Sequenzierungsdiensten bieten Sie an?
- CD Genomics Gesamt-RNA-Sequenzierungsdienst ist eine leistungsstarke und umfassende Lösung zur Analyse des zellulären Transkriptoms. Whole RNA-Seq hat ein breites Anwendungsspektrum, von grundlegenden Studien zur Zellstruktur und -funktion bis hin zur Erkennung und Analyse verschiedener Krankheiten. Zum Beispiel können Veränderungen der Genexpression vor und nach einer therapeutischen Intervention verglichen werden, um das Vorhandensein oder Fehlen einer Krankheit zu bestimmen. RNA-Seq kann auch verwendet werden, um alternatives Splicing, posttranskriptionale Modifikationen und Exon-Intron-Analysen zu erkennen. Die gewonnenen Daten können wertvolle Informationen über zugrunde liegende zelluläre Mechanismen, die Struktur des Genoms und krankheitsinduzierende Effekte liefern.
- Wie funktioniert Total RNA-Seq?
- Der RNA-Seq-Prozess dreht sich um den Aufbau einer komplementären DNA (cDNA) Bibliothek für die Sequenzierung. Der Bibliotheksaufbau beginnt mit der Isolierung von zellulärem RNA, gefolgt von Qualitätskontrolltests zur Bestimmung der RNA-Integrität. Anschließend kann die Ziel-RNA in der Bibliothek entweder durch Entfernung oder einen Screening-Test angereichert werden. RNA wird dann vor der Sequenzierung in cDNA umgeschrieben.
- Sollte ich die totale RNA-Sequenzierung oder die mRNA-Sequenzierung wählen?
- Ob total RNA-Seq oder mRNA-Seq verwendet wird, hängt vom Zweck des Experiments ab. Die Total-RNA-Sequenzierung bietet die umfassendste Analyse des gesamten Transkriptoms. Wenn Eukaryoten untersucht werden und nur kodierende Regionen von Interesse sind und nur begrenztes Ausgangsmaterial zur Verfügung steht, ist die mRNA-Sequenzierung die ideale Lösung.
- Welche Arten von RNA-Spezies können durch die Gesamtrna-Sequenzierung gewonnen werden?
- Die totale RNA-Seq ist die Sequenzierung von RNA, bei der ribosomale RNA (rRNA) entfernt wurde, die eine Vielzahl von RNA-Molekülen enthält. Dazu gehören prä-messenger RNA (pre-mRNA), messenger RNA (mRNA) und viele Arten von nicht-kodierender RNA (ncRNA) wie Transfer RNA (tRNA), Mikro-RNA (miRNA) und lange nicht-kodierende RNA (lncRNA, Transkripte, die länger als 200 Nukleotide sind und nicht in Proteine übersetzt wurden).
- Welche Strategien können verwendet werden, um die Qualität von RNA-Sequenzierungsdaten zu verbessern?
- Sowohl die Entfernung von Ribosomen als auch die Anreicherung von mRNA können die Qualität der Sequenzierungsdaten verbessern. Beide Ansätze ermöglichen die Sequenzierung nur des Ziel-RNA-Moleküls und minimieren den Verlust von Sequenzierungslesungen.
Die Entfernung von rRNA-Transkripten ermöglicht es, mehr Sequenzierungslesungen auf die gewünschten Transkripte zu konzentrieren, wodurch die Sensitivität der Sequenzierung verbessert wird. Der Schritt zur Entfernung von rRNA ist besonders wichtig, wenn der Expressionslevel des gewünschten Transkripts sehr niedrig ist. Die Poly-A-Selektion ist ausreichend, um mRNA in Eukaryoten zu untersuchen. Die Analyse von lncRNA oder bakteriellen Transkripten erfordert die Depletion von rRNA.
- Sowohl die Entfernung von Ribosomen als auch die Anreicherung von mRNA können die Qualität der Sequenzierungsdaten verbessern. Beide Ansätze ermöglichen die Sequenzierung nur des Ziel-RNA-Moleküls und minimieren den Verlust von Sequenzierungslesungen.
- Welche Sequenzierungsplattformen werden für RNA-Seq verwendet?
- Standard-, strand-spezifische, Einzelzell-, kleine und ultra-niedrig-input RNA-Seq verwendet Short-Read-Sequenzierung auf Illumina-Plattformen wie NovaSeq und HiSeq.
- Können Sie kleine RNAs oder miRNAs analysieren?
- Ja, die totale RNA-Seq liefert Informationen über kodierende RNAs sowie über nicht-kodierende RNAs wie lncRNAs und miRNAs.
- Wie viel Sequenzierungsdaten benötige ich bei der Total-RNA-Sequenzierung?
- Die totale RNA-Seq erfordert mehr Sequenzierungsdaten (typischerweise 100-200 Millionen Sequenzierungsreads pro Probe). Für ausgereifte Arten wie Mensch, Ratte und Maus sind 6G Basen ausreichend, um nur die mRNA-Expression zu untersuchen, und 12-15G werden für die lncRNA-Expression empfohlen. 5-10M Reads sind grundsätzlich ausreichend für die Sequenzierung kleiner RNAs. Für andere Arten oder Bedürfnisse können Sie Kontaktieren Sie uns für weitere Informationen.
- Welche bioinformatische Analysen bietet die totale RNA-Sequenzierung?
- Wir haben ein komplettes Bioinformatik-Support-Team, das zusätzliche Datenanalysen für routinemäßige und individuelle Anfragen bereitstellt. Dazu gehören unter anderem die Analyse alternativer Spleißvarianten, die Identifizierung neuer Transkripte, die Analyse von Fusionsgenen, die SNP-Erkennung sowie die differenzielle Analyse, Trendanalyse und Anreicherungsanalyse.
Besuchen Sie die folgenden Seiten für weitere Informationen über Die bioinformatische Analyse von RNA-Seq.
- Wir haben ein komplettes Bioinformatik-Support-Team, das zusätzliche Datenanalysen für routinemäßige und individuelle Anfragen bereitstellt. Dazu gehören unter anderem die Analyse alternativer Spleißvarianten, die Identifizierung neuer Transkripte, die Analyse von Fusionsgenen, die SNP-Erkennung sowie die differenzielle Analyse, Trendanalyse und Anreicherungsanalyse.
- Probenvorbereitung
- Welche Probenarten unterstützen wir?
- Wir unterstützen eine Vielzahl von Proben wie Zellen, Gewebe, FFPE, Blut, Urin und Exosomen. Für weitere Informationen lesen Sie bitte unser spezifische Probeneinreichung oder eine Anfrage einreichen hier.
- Wie man totale RNA extrahiert?
- Die RNA-Extraktion beginnt mit der Homogenisierung der Probe, gefolgt von der Lyse der Zellen, um die RNA freizusetzen. Die RNA wird dann so behandelt, dass sie an einer Auffangsäule bindet, und gewaschen, um Salze und andere Verunreinigungen zu entfernen, bevor sie eluiert wird. Jegliche kontaminierende genomische DNA kann mit säulenbasierten oder enzymatischen Methoden entfernt werden.
Schau dir unser an Protokoll zur Gesamt-RNA-Extraktion/Purifikation für weitere Informationen.
- Die RNA-Extraktion beginnt mit der Homogenisierung der Probe, gefolgt von der Lyse der Zellen, um die RNA freizusetzen. Die RNA wird dann so behandelt, dass sie an einer Auffangsäule bindet, und gewaschen, um Salze und andere Verunreinigungen zu entfernen, bevor sie eluiert wird. Jegliche kontaminierende genomische DNA kann mit säulenbasierten oder enzymatischen Methoden entfernt werden.
- Wie sollte ich Proben entnehmen?
- RNA ist sehr degradierbar, und es wird eine Präferenz für frische, kräftig wachsende Gewebe gegeben. Zellproben müssen mindestens 10^7 betragen. Vollblutproben sollten nicht weniger als 5 ml sein. Proben müssen in flüssigem Stickstoff eingefroren und bei -80 °C gelagert werden. Proben müssen sicher versiegelt und auf Trockeneis versendet werden.
- Wie man bestellt
- Wie sollte ich Proben vorbereiten und senden?
- Überprüfen Sie unser Musterlieferrichtlinien für Anweisungen zur Vorbereitung und zum Versand von Proben für die totale RNA-Sequenzierung.
- Welche Art von Daten werde ich erhalten?
- Unsere Datenlieferung und -formate variieren je nach Plattform/Anwendung und folgen den Standards der NGS-Branche. Sequenzierungsdaten, gefiltert und ungefiltert, werden typischerweise als Fastq-Datei geliefert. Referenzausrichtungen werden als .bam-Dateien bereitgestellt. SNP-Calls und/oder Varianten werden als VCF-Dateien bereitgestellt. Wir bieten auch benutzerdefinierte Datenformate und Berichte an, um Ihren spezifischen Anforderungen gerecht zu werden.
Nur für Forschungszwecke, nicht zur klinischen Diagnose, Behandlung oder individuellen Gesundheitsbewertung bestimmt.
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