Oberflächliche Gesamte Genomsequenzierung

CD Genomics bietet einen genauen und kosteneffektiven Service für flächendeckende Genomsequenzierung an, der die Illumina- oder BGI DNBseq-Plattformen nutzt, um genomweite genetische Variationen für Pflanzen, Tiere und Menschen zu erreichen.

Was ist flaches Ganzgenom-Sequenzieren?

Shallow Whole Genome Sequencing (shallow WGS, auch bekannt als Low Pass Whole Genome Sequencing) ist eine neue und hochgradige Technologie, um genomweite genetische Variationen genau und kosteneffektiv für eine breite Palette von Arten zu erfassen: Rinder, Schweine, Hühner, Hunde, Katzen, Ratten, Mäuse, Mais, Reis, Sojabohnen und Erbsen sowie Menschen. Basierend auf Shotgun-SequenzierungOberflächliches WGS kann verwendet werden, um das gesamte Genom mit einer sehr niedrigen Abdeckung (häufig zwischen 0,4x und 1x) und über 99 % genauen Variantenaufrufen zu erhalten. Oberflächliches WGS liefert mehr Daten, eine größere statistische Power und neue Möglichkeiten zur Entdeckung seltener Varianten im Vergleich zu traditionellen Methoden. Genotypisierung Arrays und GBS Methode. Shallow WGS kann verwendet werden in genomweite Assoziationsstudie (GWAS)evolutionäre Analyse, Pharmakogenomik, molekulare Züchtung usw. Darüber hinaus kann Shallow WGS verwendet werden, um ein benutzerdefiniertes Referenzpanel für eine bestimmte Population zu erstellen.

Vorteile der flachen Gesamten Genomsequenzierung

• Kostengünstiger als Genotypisierungsarrays und regulär Whole-Genome-Sequenzierung
• Mehr Daten, größere statistische Power und neue Möglichkeiten zur Entdeckung seltener Varianten als traditionell. Genotypisierung Arrays
• Über 99% genaue Variantenaufrufe im gesamten Genom
• Flexible Einrichtung neuer Arten oder benutzerdefinierter Populationen

Oberflächliche Ganzgenom-Sequenzierungs-Workflow

CD Genomics bietet präzise und kosteneffektive flächendeckende Genomsequenzierung und bioinformatische Analysen für Pflanzen, Tiere und Menschen an. Unser professionelles Expertenteam führt ein Qualitätsmanagement durch und befolgt jeden Schritt, um zuverlässige und unvoreingenommene Ergebnisse zu gewährleisten. Der allgemeine Arbeitsablauf für flächendeckende Genomsequenzierung ist unten skizziert.

Dienstspezifikationen

	Beispielanforderungen Probenarten für Genom-DNA: Speichel, Blut, frisch gefrorenes Gewebe, kultivierte Zellen und FFPE-Proben. Reguläre Proben: Intakte genomische DNA ≥ 1 μg, Konzentration ≥ 12,5 ng/μl; Niedrige Eingabemuster: Intakte genomische DNA ≥ 200 ng, Konzentration ≥ 2,5 ng/μl Echtes PCR-freies: Intaktes genomisches DNA ≥ 1,5 μg, Konzentration ≥ 12,5 ng/μl Mindestprobenvolumen: 15 μl Hinweis: Musterbeträge sind nur zur Referenz aufgeführt. Für detaillierte Informationen wenden Sie sich bitte an kontaktieren Sie uns mit Ihren maßgeschneiderten Anfragen.
Klicken	Sequenzierungsstrategien Illumina oder BGI DNBseq Plattformen Sowohl PCR- als auch PCR-freie Bibliotheken können im Schritt der Bibliotheksvorbereitung erstellt werden. 100 bp und 150 bp Paired-End-Sequenzierung verfügbar Mehr als 80 % der Basen mit einem ≥Q30-Qualitätswert
	Datenanalyse Wir bieten maßgeschneiderte bioinformatische Analysen an, einschließlich: Leseausrichtung Variantenerkennung durch Imputation (Referenzpanel: 1000 Genomes Phase 3) Entdeckung neuartiger Varianten Ahnenforschung Mikrobiom Hinweis: Die empfohlenen Datenoutputs und Analyseinhalte, die angezeigt werden, dienen nur zur Referenz. Für detaillierte Informationen, bitte Kontaktieren Sie uns mit Ihren maßgeschneiderten Anfragen.

Analyse-Pipeline

CD Genomics bietet ein umfassendes Paket für die flache Ganzgenomsequenzierung an, das DNA-Extraktion, Bibliothekskonstruktion, Sequenzierung, Qualitätskontrolle der Rohdaten und bioinformatische Analyse umfasst. Wir können diese Pipeline auf Ihr Forschungsinteresse zuschneiden. Wir können Ihnen BAM- und VCF-Datendateien anbieten. Wenn Sie zusätzliche Anforderungen oder Fragen haben, zögern Sie bitte nicht, uns zu kontaktieren. Kontaktieren Sie uns.

Liefergegenstände

• Die ursprünglichen Sequenzierungsdaten
• Experimentelle Ergebnisse
• Datenanalysebericht
• Details zur flachen Ganzgenomsequenzierung für Ihre Schreibanpassung.

Demonstrationsergebnisse

Häufig gestellte Fragen zur flächendeckenden Ganzgenomsequenzierung

Wie lange dauert es, bis ich meine Ergebnisse zurückbekomme?

Typischerweise 30-40 Arbeitstage von der Annahme der qualifizierten Probe bis zur Verfügbarkeit des Datenanalyseberichts.

2. Welche Sequenziermaschinen verwenden Sie für Low-Pass-Ganzgenomsequenzierung?

Illumina- oder BGI DNBseq-Plattformen können für die Sequenzierung verwendet werden.

3. Was sind die Vorteile der Low-Pass-Ganzgenomsequenzierung gegenüber traditionellen Genotypisierungsarrays?

Low-Pass-Whole-Genome-Sequenzierung kann verwendet werden, um das gesamte Genom bei einer sehr niedrigen Abdeckung (häufig zwischen 0,4x und 1x) mit über 99 % genauen Variantenaufrufen zu erhalten. Über 10-mal mehr Daten als Genotypisierung Arrays zu ähnlichen oder niedrigeren Kosten. Darüber hinaus ermöglicht die Low-Pass-Ganzgenomsequenzierung die Entdeckung neuer seltener Varianten. All dies deutet darauf hin, dass die Low-Pass-Ganzgenomsequenzierung die Genotypisierungsarrays übertrifft.

Oberflächliche Whole-Genome-Sequenzierungs-Fallstudien

Flaches Ganzgenom-Sequencing aus Plasma identifiziert FGFR1-amplifizierte Brustkrebse und sagt das Gesamtüberleben voraus.

Journal: Krebserkrankungen

Impactfaktor: 6,575

Veröffentlicht: 6. Juni 2020

Hintergrund

Die FGFR-Familie zeigt vielfältige genomische Veränderungen, wobei die Amplifikation von FGFR1 mit einer schlechten Prognose und Therapieresistenz bei Brustkrebs verbunden ist. Klinische Studien stehen vor Herausforderungen bei der Beschaffung frischer Gewebeproben für die molekulare Analyse, was zu einer Abhängigkeit von Archivgewebe mit begrenzter Repräsentation der Tumorheterogenität führt. Die Genamplifikation entwickelt sich während der Krebsprogression weiter, was die Notwendigkeit einer Echtzeit-Moleprofilierung unterstreicht. Shallow Whole-Genome Sequencing (sWGS) erweist sich als kostengünstige Methode für Nachweis von zirkulierender Tumor-DNA (ctDNA), um die Behandlung zu überwachen und Prognosen zu erstellen. Diese Studie nutzt sWGS, um ctDNA als Surrogat für FGFR1-Amplifikation bei metastasiertem Brustkrebs zu untersuchen und die ctDNA-Spiegel mit dem Überleben der Patienten zu korrelieren.

Methoden

Ergebnisse

Zwanzig Fälle, darunter zehn FGFR1-amplifizierte und zehn Kontrollfälle, wurden auf ctDNA mit mFAST-SeqS analysiert, gefolgt von sWGS unabhängig von den Ergebnissen von mFAST-SeqS. Obwohl mFAST-SeqS FGFR1-Amplifikationen nicht nachweisen kann, identifizierte sWGS Amplifikationen bis zu 1 %. Es wurde eine gute Korrelation zwischen den z-Scores von mFAST-SeqS und den Schätzungen von ichorCNA beobachtet. Fälle mit ctDNA-Allelfraktionen (AF) über 3 % identifizierten FGFR1-Amplifikationen genau, während Fälle mit niedrigen ctDNA-AFs dennoch Amplifikationen nachwiesen, was die Herausforderungen bei der Festlegung von Nachweisgrenzen verdeutlicht. Eine Korrelation zwischen log2ratio und Tumorfraktion wurde für amplifizierte Fälle beobachtet, wobei hypothetische Kopienzahlen mit Oncoscan, jedoch nicht mit FISH-Ergebnissen korrelierten. Der Nachweis von FGFR1-Amplifikationen im Plasma hängt sowohl von der Genkopienzahl als auch von der Tumorfraktion ab, was die Festlegung eines allgemeinen Schwellenwerts erschwert.

Abb. 1. Heatmap ausgewählter Plasmaproben mit unterschiedlichen Werten der genomweiten z-Scores.

Abb. 2. Kopienzahlstatus von Chromosom 8 in zellfreier DNA (cfDNA)-Proben, die mit flächendeckender Ganzgenomsequenzierung (sWGS) erstellt wurden.

Diese Studie bewertete den Tumoranteil mithilfe von ichorCNA mit ULP-WGS bei metastasiertem Brustkrebs. Die Stratifikation basierend auf dem medianen genomweiten z-Score (>2,2) und dem Tumoranteil (>4,6) zeigte eine signifikant reduzierte Gesamtüberlebenszeit (OS). Im Gegensatz dazu zeigte die Gesamtmenge an cfDNA keine erkennbare Relevanz bei der Unterscheidung der OS.

Abb. 3. Kaplan-Meier-Analysekurven für das Gesamtüberleben von Patienten mit metastasiertem Brustkrebs.

Fazit

Zusammenfassend hebt diese Studie die Nützlichkeit der flachen Ganzgenomsequenzierung (sWGS) zur Erkennung klinisch relevanter somatischer Kopienzahlveränderungen (SCNA), wie der FGFR1-Amplifikation, im Plasma von Patienten mit metastasiertem Brustkrebs hervor. sWGS bietet ein wertvolles Screening-Tool, wenn frische Biopsien nicht verfügbar sind, und ermöglicht die Neubewertung des Amplifikationsstatus mithilfe archivierter Proben. Darüber hinaus zeigen sowohl mFAST-SeqS als auch sWGS vielversprechende Ansätze zur Schätzung des Tumoranteils und zur Überwachung der Tumordynamik bei Patienten mit fortgeschrittenem Krebs.

Referenz:

1. Bourrier C, Pierga J-Y, Xuereb L et al. Flaches Whole-Genome-Sequencing aus Plasma identifiziert FGFR1-amplifizierte Brustkrebse und sagt das Gesamtüberleben voraus. Krebsarten2020; 12(6):1481.