RNA-Methylierungs-Sequenzierungsdienst

Was sind RNA-Modifikationen?

RNA-Modifikationen spielen eine entscheidende Rolle bei der epigenetischen Regulation der post-transkriptionellen Genexpression. Während umfangreiche Forschungen zu m6A RNA-Modifikationen durchgeführt wurden, tragen auch verschiedene andere Arten von RNA-Modifikationen zur Regulation der post-transkriptionellen Genexpression bei. Dazu gehören m1A, m5C, m7G, 2'-O-Methylierung und ac4C-Acetylierung. Bemerkenswerterweise führen laufende Studien in diesen Bereichen weiterhin zu hochkarätigen Veröffentlichungen.

CD Genomics ist ein führendes Unternehmen im Bereich der RNA-Modifikationssequenzierung und bietet eine umfassende Palette von Dienstleistungen zur RNA-Modifikationssequenzierung, die auf mRNA und verschiedene nicht-kodierende RNAs zugeschnitten sind. Unsere Dienstleistungen decken ein Spektrum von RNA-Modifikationen ab, einschließlich m6A, m1A, m5C, m7G, ac4C, 2'-O-Methylierung und Pseudouridin (Ψ), und tragen dazu bei, das Verständnis der komplexen Landschaft der RNA-Modifikationen voranzutreiben.

(Jinghui Song et al., ACS Chem. Biol. 2017)

Methoden zur Erkennung von RNA-Modifikationen

(1) m6A RNA-Methylierungssequenzierung: Empfindliche Techniken zur gleichzeitigen Erkennung von m6A-Modifikationen in mRNA, lncRNA und zirkulärer RNA

Quantitative und Spurenniveau m6A RNA-Methylierung-SequenzierungMeRIP/m6A-seq)

m6A-Methylierung ist eine weit verbreitete RNA-Modifikation in eukaryotischen Organismen, einschließlich mRNA und sogar viraler RNA. Obwohl die m6A-Modifikation bereits in den 1970er Jahren berichtet wurde, war das umfassende Wissen über ihre allgemeine Verteilung in RNA und ihren Einfluss auf die Regulierung der Genexpression begrenzt. Die Entdeckung der ersten echten RNA-Demethylase, FTO, im Jahr 2011 erneuerte das Interesse an der Methylierung von mRNA/lncRNA.

MeRIP, das m6A-spezifische Antikörper zur Anreicherung gefolgt von Sequenzierung verwendet, ist eine Methode, die entwickelt wurde, um Adenosin-Methylierungsmodifikationen in RNA zu untersuchen. EasyGene hat unabhängig eine Technologie zur Detektion von RNA-Methylierung auf Spurenniveau entwickelt, die es ermöglicht, die Probenmenge auf 10-20 μg zu reduzieren, wobei nur 5 μg Gesamt-RNA erforderlich sind. Dieser Fortschritt erleichtert die präzise Analyse von m6A-Modifikationen in verschiedenen RNA-Spezies, einschließlich mRNA, lncRNA und zirkulärer RNA.

(2) m5C RNA-Methylierungsequenzierung: Bisulfitbehandlung zur präzisen Einzelbasenerkennung von m5C-Modifikationsniveaus

m5C RNA-Methylierung (RNA-BS-seq, m5C)

Unter den zahlreichen RNA-Modifikationen ist m5C eine, die intensiv untersucht wurde. Wenn es in tRNA vorhanden ist, kann m5C die Translation regulieren; auf rRNA spielt es eine Rolle bei der Qualitätskontrolle während der Ribosomenbiogenese, und wenn es auf mRNA gefunden wird, beeinflusst es die Struktur, Stabilität und die Übersetzungsprozesse der mRNA.

RNA-BS-seq hebt sich als leistungsstarke Technik zur Erkennung von m5C hervor. Diese Methode beinhaltet die Behandlung von RNA mit Bisulfit, wodurch unmodifizierte Cytosine (C) in Uracile (U) umgewandelt werden, während m5C-modifizierte Cytosine unverändert bleiben. Durch anschließende PCR werden Uracile in Thymin (T) umgewandelt, was die Unterscheidung zwischen m5C und C ermöglicht. In Kombination mit Hochdurchsatz-Sequenzierung ermöglicht RNA-BS-seq die umfassende Erkennung von m5C-Modifikationen im gesamten Transkriptom.

(3) RIP-seqEntschlüsselung von RNA-Protein-Interaktionen durch immunpräzipitationsbasierte Sequenzierung

Die RNA-Immunpräzipitation-Sequenzierung (RIP-seq) ist eine robuste Methode, die eingesetzt wird, um die komplexe Landschaft der RNA-Protein-Interaktionen zu untersuchen und Einblicke in die dynamischen Assoziationen zwischen RNA-Molekülen und ihren interagierenden Proteinen zu bieten. Diese Technik beruht auf der präzisen Erfassung von RNA-Protein-Komplexen durch Immunpräzipitation, die durch Antikörper gegen das jeweilige Protein ermöglicht wird.

Die RIP-seq-Technik hat eine erhebliche Bedeutung in der Erforschung der posttranskriptionalen Genregulation und dient als entscheidendes Werkzeug zur Identifizierung von RNA-Zielen, die von spezifischen Proteinen gebunden werden. Nach der Immunpräzipitation wird die assoziierte RNA sorgfältig isoliert und einer Hochdurchsatz-Sequenzierung unterzogen, die ein umfassendes Profil der RNA-Moleküle liefert, die aktiv an Proteininteraktionen teilnehmen. Dieser Ansatz spielt eine zentrale Rolle bei der Vertiefung unseres Verständnisses grundlegender zellulärer Prozesse, einschließlich RNA-Verarbeitung, Lokalisation und Stabilität.

(4) Nanopore-RNA-Methylierungs-Sequenzierungsdienst: Enthüllung der feinen Details von RNA-Modifikationsmustern mit Einzel-Nukleotid-Präzision

Unser Nanopore-RNA-Methylierungs-Sequenzierungsdienst stellt eine fortschrittliche Lösung dar, die darauf ausgelegt ist, die nuancierte Landschaft der RNA-Modifikationen mit unvergleichlicher Präzision zu enthüllen. Durch die Nutzung der Möglichkeiten der Nanopore-Sequenzierungstechnologie bietet dieser Dienst eine Auflösung auf Einzel-Nukleotid-Ebene, die die Identifizierung und Charakterisierung verschiedener RNA-Modifikationen wie m6A, m1A, m5C, m7G, ac4C und 2'-O-Methylierung erleichtert.

Ausgezeichnet durch die Fähigkeit, subtile Nuancen in RNA-Modifikationen über verschiedene RNA-Spezies hinweg, einschließlich mRNA und nicht-kodierender RNA, zu erfassen, nutzt dieser Service Nanopore-Technologie für die Echtzeit-Sequenzierung mit langen Reads. Dieser Ansatz gewährleistet die Erkennung von Modifikationen mit erhöhter Genauigkeit und Sensitivität. Mit dem Fokus auf umfassende und hochdurchsatzfähige Analysen ermöglicht unser Service Forschern, in das dynamische Reich der RNA-Modifikationen einzutauchen und deren funktionale Implikationen mit tiefgreifenden Einblicken zu entschlüsseln.

(5) 2'-O-Methylierung-seqProfilierung von 2'-O-Methylierungsmustern in RNA-Molekülen

Unser 2'-O-Methylated-seq-Service ist darauf spezialisiert, die komplexen Muster der 2'-O-Methylierung in RNA-Molekülen zu erhellen. Diese Modifikation, die an der 2'-Hydroxylgruppe von Ribose auftritt, spielt eine entscheidende Rolle für die Stabilität und Funktion von RNA. Durch den Einsatz modernster Sequenzierungstechnologien liefert dieser Service hochauflösende Daten zur Verteilung der 2'-O-Methylierung über verschiedene RNA-Spezies, einschließlich mRNA, lncRNA, pri-miRNA, tRNA und rRNA.

Bei der Priorisierung von Genauigkeit und Effizienz bietet die 2'-O-Methylated-seq wertvolle Einblicke in die spezifischen Standorte und die Häufigkeit von 2'-O-Methylierungsstellen innerhalb von RNA-Molekülen. Der Service zeichnet sich durch die Verarbeitung verschiedener Probenarten aus und gewährleistet eine umfassende Abdeckung sowie eine robuste Erkennung von 2'-O-Methylierungsereignissen. Forscher können sich auf diesen Service verlassen, um das nuancierte Gebiet der 2'-O-Methylierung zu erkunden und dessen funktionale Relevanz sowie potenzielle Auswirkungen auf biologische Prozesse zu beleuchten.

acRIP-seq: Hochdurchsatz-Profilierung von acetylierten RNA-Regionen

Acetylierte RNA-Immunpräzipitation-Sequenzierung (acRIP-seq) stellt einen bahnbrechenden Ansatz dar, um RNA-Acetylierungsmuster im gesamten Transkriptom zu delineieren. Diese Technik nutzt Antikörper, die spezifisch an acetylierte Nukleotidbasen binden, und erleichtert die immunpräzipitationsvermittelte Anreicherung von acetylierten RNA-Fragmenten. Die anschließende Hochdurchsatz-Sequenzierung ermöglicht eine umfassende Analyse der Verteilung und Häufigkeit acetylierter Stellen in verschiedenen RNA-Arten. Acetylierung, insbesondere N4-Acetylcytidin (ac4C), wurde als eine entscheidende Modifikation identifiziert, die die Proteintranslation, RNA-Stabilität und alternatives Spleißen beeinflusst. Jüngste Untersuchungen haben gezeigt, dass ac4C, das zuvor hauptsächlich mit tRNA und 18S rRNA in Verbindung gebracht wurde, auch in anderen RNA-Typen reichlich vorhanden ist. Diese Erkenntnisse unterstreichen die bedeutende Rolle von ac4C bei der Regulation der Genexpression und heben sein Potenzial als zentrales Element im Bereich der Epitranskriptomik hervor.

PA-Ψ-seq: Entschlüsselung von Pseudouridinmodifikationen mit Einzel-Nukleotid-Präzision

Die fotovernetzte Ψ-Sequenzierung (PA-Ψ-seq) ist eine ausgeklügelte Methodik, die entwickelt wurde, um hochauflösende Karten von Pseudouridin (Ψ)-Modifikationen auf Einzel-Nukleotid-Ebene zu erstellen. Diese Technik nutzt Fotovernetzung, um Ψ-modifiziertes RNA zu stabilisieren, gefolgt von einer antikörpervermittelten Anreicherung und Hochdurchsatz-Sequenzierung. PA-Ψ-seq zeichnet sich durch die Erstellung umfassender Karten von Pseudouridin-Modifikationen im gesamten Transkriptom aus und bietet wertvolle Einblicke in die Rolle von Ψ-Modifikationen in verschiedenen biologischen Prozessen, einschließlich der Genregulation und Krankheiten. Während die funktionale Bedeutung von Ψ in rRNA und tRNA gut etabliert ist, bleibt ihre Rolle in mRNA aufgrund technischer Herausforderungen bei der Detektion unklar. PA-Ψ-seq adressiert diese Einschränkungen und bietet ein robustes Werkzeug zur Aufklärung der funktionalen Implikationen von Ψ-Modifikationen in mRNA und zur Untersuchung ihrer potenziellen Veränderungen in pathologischen Bedingungen wie Krebs.