PCR-LDR SNP-Genotypisierungsdienst

Mit dem Fortschritt der Genomik und der Techniken der Molekularbiologie haben sich Hochdurchsatz-Technologien für molekulare Marker wie SNP-Chips und Genotypisierung durch Sequenzierung (GBS) basierend auf Zweitgenerations-Sequenzierung wurden entwickelt. Diese Technologien bieten erhebliches Potenzial in einer Vielzahl von Forschungsbereichen, einschließlich der Identifizierung von SNP-Loci unter verschiedenen genetischen Materialien, der Auswahl genetischer Hintergründe in der Pflanzenzüchtung und genomweite AssoziationsstudienDie Anwendung von molekularen Markern in der unterstützten Züchtung von Pflanzen wird jedoch durch die relativ hohen Kosten und die Komplexität der damit verbundenen experimentellen Verfahren behindert.

In der praktischen Umsetzung der molekularen Marker-unterstützten Züchtung von Pflanzen werden häufig zahlreiche funktionale polymorphe Loci eingesetzt, die mit wichtigen agronomischen Eigenschaften assoziiert sind. Zu diesem Zweck werden molekulare Marker, die auf der PCR-Technologie basieren, für diese Loci entwickelt, um die unterstützte Auswahl von genetischen Linien zu erleichtern.

Was ist die Ligase-Detektionsreaktion (LDR) Technologie?

Die Ligase-Detektionsreaktion (LDR) ist eine hochpräzise molekulare Technik, die zur Identifizierung von Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) in DNA eingesetzt wird. Diese Technik basiert auf der Verwendung von Taq-DNA-Ligase, einem Enzym, das die Ligation von Oligonukleotid-Sonden erleichtert. Die Ligation erfolgt ausschließlich, wenn diese Sonden perfekt komplementär zur Ziel-DNA-Sequenz sind, wodurch eine lückenlose Kontinuität gewährleistet wird. In Anwesenheit von Fehlpaarungen, wie Basenaustauschen oder Einfügungen/Löschungen, erfolgt die Ligation nicht.

Der LDR-Prozess umfasst zwei Hauptschritte: die Hybridisierung von Sonden an die Ziel-DNA und die anschließende Ligation dieser Sonden, sobald eine perfekte Übereinstimmung erreicht ist. Nach der Ligation werden Fluoreszenzscanning und Gelelektrophorese eingesetzt, um die Fragmentgrößen zu analysieren und Variationen in der DNA-Sequenz zu erkennen. Diese Technik bietet eine hohe Auflösung und Spezifität bei der SNP-Erkennung, indem sie Basendifferenzen an den Enden der Sonden untersucht.

Einführung des PCR-LDR SNP-Genotypisierungsdienstes

CD Genomics bietet einen fortschrittlichen PCR-LDR SNP-Genotypisierungsdienst an, der darauf ausgelegt ist, hochpräzise genetische Analysen zu liefern. Dieser Dienst kombiniert die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) mit der LDR-Technologie, um SNPs gleichzeitig an mehreren Loci genau zu identifizieren. Die Integration dieser Methoden gewährleistet eine robuste Leistung in SNP-Genotypisierunginsbesondere im Kontext von vielfältigen und komplexen genetischen Proben.

Unser PCR-LDR-Service nutzt die hohe Spezifität der LDR zur Erkennung minutöser genetischer Variationen in Verbindung mit der Amplifikationsfähigkeit der PCR. Dieser Ansatz eignet sich hervorragend für ein breites Spektrum von Anwendungen, die von der Grundlagenforschung bis hin zu angewandten genetischen Studien reichen, und gewährleistet zuverlässige und genaue Ergebnisse.

Methoden der SNP-Genotypisierung

Sequenom MassArray

Der Sequenom MassArray-Methode verwendet die Massenspektrometrie zur Detektion von SNPs, indem die Masse von PCR-Produkten gemessen wird. Obwohl es sehr genau ist, kann die Methode kostspielig sein und wird typischerweise für Hochdurchsatzanalysen reserviert.

Multiplex SNaPshot SNP-Genotypisierung

Diese Technik verwendet fluoreszenzmarkierte Dideoxynukleotide, um SNP-Genotypen zu bestimmen. Sie ermöglicht die Multiplexanalyse mehrerer SNPs in einer einzigen Reaktion. Die Interpretation der resultierenden Daten kann jedoch komplex sein und erfordert fortgeschrittene analytische Fähigkeiten.

LDR (PCR-LDR)

Die LDR-Technologie, wie sie in unserem PCR-LDR-Service umgesetzt wird, beinhaltet die Verwendung eines Hochtemperatur-Ligaseenzyms, um SNPs durch das Ligieren perfekt passender Sonden zu erkennen. Dieses Verfahren gewährleistet eine außergewöhnliche Genauigkeit und kann an verschiedene SNP-Loci angepasst werden, was es sowohl für Analysen mit niedriger als auch mittlerer Durchsatzrate geeignet macht.

Direkte Sequenzierung

Die direkte Sequenzierung liefert detaillierte Informationen, indem sie die DNA direkt sequenziert. Obwohl diese Methode sehr genau ist, ist sie im Vergleich zu anderen tendenziell ressourcenintensiver. Genotypisierung Techniken, die oft ihre Anwendung auf spezifische Kontexte beschränken, in denen solche Details entscheidend sind.

Vorteile des PCR-LDR SNP-Genotypisierungsdienstes

• Universalität: Anwendbar für die Genotypisierung beliebiger polymorpher Loci und verschiedener SNP-Loci, ohne dass die Einführung von Restriktionsenzym-Stellen erforderlich ist.
• Genaues Tippen mit hohen Erkennungsraten: Die Genauigkeit kann 99,2 % übersteigen.
• Schnelle Detektion: Der bedeutendste Vorteil der LDR-Technologie ist die kurze Experimentierzeit. Im Vergleich zu RFLP, SSCP und DHPLC ermöglicht die LDR-Technologie eine einfachere Kontrolle der Detektionsbedingungen, was zu einer insgesamt experimentellen Dauer von nur wenigen Wochen führt.
• Flexible Experimente, hohe Erkennungsraten und kurze Experimentierzyklen.
• Doppelte Absicherung basierend auf Hybridisierung und Verbindungsreaktionen, die genaue Ergebnisse gewährleisten.
• Strenge Qualitätskontrolle während des experimentellen Prozesses und eine 10%ige Replikatkontrolle, um die Genauigkeit der Ergebnisse sicherzustellen.
• Geeignet für mittlere bis niedrige SNP-Typisierungsmaßstäbe, empfohlen für die Verwendung mit bis zu 30 SNP-Loci und Stichprobengrößen von weniger als tausend.

Anwendungen der PCR-LDR SNP-Genotypisierung

Diese Detektionstechnologie eignet sich gut für verschiedene Mittel- bis Niedrigdurchsatz-SNP-Testskalen, einschließlich Studien zur Lokalisierung quantitativer Merkmalsloci (QTL), Analysen von Assoziationen mit Kandidatengenen oder -loci, molekularem Züchten und anderen verwandten Anwendungen.

• Genetische Forschung: PCR-LDR SNP-Genotypisierung ist in der genetischen Forschung unerlässlich, um genetische Variationen zu identifizieren, die mit Eigenschaften oder Krankheiten in Verbindung stehen. Sie unterstützt Studien in der Populationsgenetik, Evolutionsbiologie und funktionellen Genomik.
• Molekulare Züchtung: In der Landwirtschaft erleichtert unser PCR-LDR-Service die molekulare Züchtung, indem er SNPs identifiziert, die mit wünschenswerten Eigenschaften verbunden sind. Diese Anwendung unterstützt die Entwicklung neuer Pflanzenvarianten mit verbesserten Eigenschaften.
• Klinische Genetik: Der Service ist wertvoll für die klinische Forschung und Diagnostik, da er hilft, genetische Marker im Zusammenhang mit verschiedenen Krankheiten und Zuständen zu identifizieren. Er unterstützt die personalisierte Medizin, indem er Einblicke in genetische Prädispositionen und therapeutische Ziele bietet.
• Forensische Analyse: Die PCR-LDR-Technologie ist in der forensischen Wissenschaft nützlich zur Analyse von degradierten DNA-Proben, wie sie an Tatorten gefunden werden. Ihre Sensitivität und Genauigkeit machen sie zu einem effektiven Werkzeug für forensische Untersuchungen.

PCR-LDR SNP-Genotypisierungstechnologie-Workflow

• Multiplex-PCR-Amplifikation: Gewinnung des Fragments, in dem sich das Ziel-Lokus befindet.
• Multiplex-LDR: Herstellung von Erkennungsprodukten unterschiedlicher Längen.
• Sequenzierung: Verschiedene Peaks werden basierend auf der Sequenzierungselektrophorese erhalten.
• Interpretation der SNP-Ergebnisse und Datenanalyse.

Dienstspezifikationen

	Beispielanforderungen Genomisches DNA: Volumen > 20 μL, Konzentration ≥ 200 ng/µL Blut > 500 μL Zelle oder Gewebe: Zelle ≥ 105Gewebe ≥ 100 mg, Sojabohnengröße. DNA-Proben sollten einen OD260/280-Wert haben, der so nah wie möglich bei 1,8~2,0 liegt. Alle DNA-Proben sollten mit RNase behandelt werden und dürfen keine Degradation oder Kontamination aufweisen. Hinweis: Musterbeträge sind nur zur Referenz aufgeführt. Für detaillierte Informationen bitte Kontaktieren Sie uns mit Ihren maßgeschneiderten Anfragen.
Klicken	Sequenzierungsstrategie ABI3730xl Erkennungsrate: >95% Genauigkeitsrate: >98%
	Bioinformatikanalyse Wir bieten mehrere maßgeschneiderte bioinformatische Analysen an: Sequenzierungsgipfelanalyse Genotypisierung Qualitätskontrolle Statistische Analyse Hinweis: Die empfohlenen Datenoutputs und Analyseinhalte, die angezeigt werden, dienen nur zur Referenz. Für detaillierte Informationen wenden Sie sich bitte an kontaktieren Sie uns mit Ihren maßgeschneiderten Anfragen.

Analyse-Pipeline

Liefergegenstände

• Experimentelle Ergebnisse
• Datenanalysebericht
• Details zur PCR-LDR SNP-Genotypisierung für Ihre Schreibanpassung.

CD Genomics bietet einen umfassenden PCR-LDR SNP-Genotypisierungsdienst an, der alles von der Probenvorbereitung und PCR-Amplifikation bis hin zur genauen SNP-Erkennung und -Analyse verwaltet. Wir bieten maßgeschneiderte Sondenentwürfe und individuelle Lösungen, die auf Ihre Forschungsbedürfnisse zugeschnitten sind. Für weitere Informationen oder um Ihr Projekt zu besprechen, kontaktieren Sie bitte unser Team.

Demonstrationsergebnisse

Teilweise Ergebnisse sind unten aufgeführt:

PCR-LDR SNP-Genotypisierungsdienst FAQs

1. Welche Arten von Proben können mit dem PCR-LDR SNP-Genotypisierungsdienst analysiert werden?

Der PCR-LDR SNP-Genotypisierungsdienst ist darauf spezialisiert, eine Vielzahl von Probenarten zu analysieren, darunter Blut, Gewebe und Speichel. Seine Wirksamkeit erstreckt sich auch auf degradierte DNA-Proben und zeigt die Robustheit der PCR-LDR-Technologie unter verschiedenen Probenbedingungen.

2. Wie viele SNPs können in einem einzelnen Experiment analysiert werden?

Unser Service ist in der Lage, bis zu 30 SNPs in einem einzigen Experiment zu analysieren. Diese Kapazität macht ihn besonders geeignet für mittelgroße Projekte und umfangreiche genetische Studien, die eine präzise SNP-Analyse erfordern.

3. Wie lange dauert es, bis die Ergebnisse vorliegen?

In der Regel werden die Ergebnisse innerhalb weniger Wochen bereitgestellt. Diese beschleunigte Bearbeitungszeit ist auf den effizienten Arbeitsablauf und die schnellen Verarbeitungskapazitäten zurückzuführen, die unserem PCR-LDR-Service eigen sind, und gewährleistet eine zeitgerechte Lieferung genetischer Daten.

4. Wie wird die Genauigkeit der Ergebnisse sichergestellt?

Um die Genauigkeit zu gewährleisten, werden strenge Qualitätskontrollmaßnahmen umgesetzt, einschließlich der Wiederanalyse von 10 % der Proben. Darüber hinaus stärkt die hohe Präzision der LDR-Technologie erheblich die Zuverlässigkeit der Ergebnisse.

PCR-LDR SNP-Genotypisierungsdienst Fallstudien

Die Assoziation zwischen dem Polymorphismus pre-miR-27a rs895819 und dem Risiko für Myokardinfarkt in einer chinesischen Han-Population

Journal: Lipide in Gesundheit und Krankheit

Impactfaktor: 4,5

Veröffentlicht: 06. Januar 2018

Hintergrund

Myokardinfarkt (MI) ist eine bedeutende Gesundheitsherausforderung in China, die sowohl Umwelt- als auch genetische Faktoren umfasst. Diese Studie verwendete PCR-LDR, um SNP-Genotypisierung bei 287 MI-Patienten und 646 Kontrollen durchzuführen. Es wurde festgestellt, dass der pre-miR-27a rs895819 SNP mit der Anfälligkeit für MI in der chinesischen Han-Bevölkerung assoziiert ist, was wahrscheinlich die HDL-C-Spiegel beeinflusst.

Materialien & Methoden

Ergebnisse

Genotypverteilung: Die Genotypverteilungen folgten im Kontrollgruppe dem Hardy-Weinberg-Gleichgewicht, was auf keine Populationsstratifizierung hinweist.

Tabelle 1 Multivariate Assoziationen des pre-miR-27a rs895819 mit dem Risiko für einen Myokardinfarkt (MI)

Assoziation mit MI-Risiko: Die AG- und AA-Genotypen von pre-miR-27a rs895819 waren mit einem reduzierten MI-Risiko im Vergleich zum GG-Genotyp verbunden. Andere miRNA-Polymorphismen zeigten keine signifikante Assoziation.

Tabelle 2 Multivariate Assoziationen des pre-miR-27a rs895819 mit dem Risiko für einen Myokardinfarkt durch weitere Stratifikation nach Alter, Geschlecht, Rauchen und Trinken

Stratifizierte Analyse: Das reduzierte MI-Risiko, das mit den AG+AA Genotypen verbunden ist, war bei jüngeren Personen, Männern und Rauchern ausgeprägter.

Tabelle 3 ANOVA-Analyse der Assoziation zwischen pre-miR-27a rs895819 und den TG-, TC-, LDL-C- und HDL-C-Spiegeln

Lipidprofil: Die AG- und AA-Genotypen von pre-miR-27a rs895819 waren mit höheren HDL-C-Spiegeln im Vergleich zum GG-Genotyp assoziiert.

Fazit

Zusammenfassend sind die AG- und AA-Genotypen von pre-miR-27a rs895819 mit einem reduzierten Risiko für Myokardinfarkt (MI) in der chinesischen Han-Bevölkerung verbunden, insbesondere bei jüngeren Personen, Männern und Rauchern. Diese Assoziation könnte mit höheren HDL-C-Spiegeln in Zusammenhang stehen. Weitere Forschung ist erforderlich, um diese Ergebnisse zu validieren und die zugrunde liegenden Mechanismen zu verstehen.

Referenz:

1. Cai MY, Cheng J, Zhou MY, Liang LL, Lian SM, Xie XS, Xu S, Liu X, Xiong XD. Der Zusammenhang zwischen dem Polymorphismus rs895819 von pre-miR-27a und dem Risiko für einen Myokardinfarkt in einer chinesischen Han-Population. Lipide in Gesundheit und Krankheit. 2018, 17:1-8.