De Novo Ganzgenom-Sequenzierungsdienst

Was ist De Novo Whole Genome Sequenzierung

Ganzgenom von neuem Sequenzierung, auch bekannt als von Neuem Sequenzierung ermöglicht die Sequenzierung einer Art, ohne auf vorhandene genetische Sequenzinformationen angewiesen zu sein. Durch bioinformatische Methoden werden die erhaltenen Sequenzen zusammengefügt und ausgerichtet, was zu einer detaillierten genomischen Karte der untersuchten Art führt. Dieser Ansatz erleichtert den Erwerb ganzer genomischer Sequenzen für eine Vielzahl von Organismen, einschließlich Tieren, Pflanzen, Bakterien und Pilzen, und fördert somit unser Verständnis und die Forschung über diese Arten.

Bei der Finalisierung des Whole-Genome-Sequenzierung Durch diesen Prozess kann eine umfassende genomische Datenbank für die betreffende Art eingerichtet werden. Diese Datenbank dient als robuste Plattform für nachfolgende postgenomische Studien und verbessert die Fähigkeit, Gene zu identifizieren und funktionale Validierungsarbeiten effektiv durchzuführen. Das Aufkommen und die Anwendung der Next-Generation Hochdurchsatz-Sequenzierung Technologien haben es möglich gemacht, die genomischen Sequenzen verschiedener Organismen auf eine kosteneffiziente und effektive Weise zu beschaffen. Folglich treiben diese Fortschritte die Forschung erheblich voran und erweitern unser Wissensspektrum in den biologischen Wissenschaften, einschließlich Tiere, Pflanzen, Bakterien und Pilze.

Insgesamt die Anwendung von Ganzgenom- von Neuem Sequenzierungstechniken ermöglichen den Erwerb vollständiger genomischer Sequenzen verschiedener Organismen, wie Pflanzen und Tieren, und fördern somit nachfolgende Forschungsanstrengungen zu diesen Arten. Nach Abschluss der Ganzgenomsequenzierung kann eine umfassende genomische Datenbank für die betreffende Art eingerichtet werden. Diese Datenbank dient als effiziente Plattform für postgenomische Studien und erleichtert die Genentdeckung und funktionale Verifizierung, indem sie entscheidende DNA-Sequenzinformationen bereitstellt.

Unser De Novo Whole-Genome-Sequenzierungsdienst

CD Genomic bietet eine Komplettlösung für von Neuem Genomsequenzierungsdienste, die experimentelles Design, Probenvorbereitung, Sequenzierung und bioinformatische Analyse abdecken, mit dem Ziel, genomische Lösungen für Ihre Forschung bereitzustellen. Unser von Neuem Genomsequenzierungsdienste umfassen:

• De novo Sequenzierung von Tier- und Pflanzengenomen.
• De novo Sequenzierung von bakteriellen Genomen.
• De novo Sequenzierung von Pilzgenomen.
• De novo Sequenzierung von Metagenomen.

Vorteile von Unserem De Novo Whole-Genome-Sequenzierungsdienst

• Plattformvorteile: Erhalt hochwertiger genomischer Karten
• Hochdurchsatz-Sequenzierung, hohe Genauigkeit
• Reiche Datenanalyse-Inhalte: Standardanalyse, erweiterte Analyse, maßgeschneiderte Analyse
• Umfangreiche Erfahrung in der Genomsequenzierung und -analyse: Erfolgreiche Durchführung zahlreicher großangelegter Genomsequenzierungsprojekte.
• Anpassbare Genomsequenzierungslösungen: Personalisierte Genomsequenzierungslösungen können gemäß spezifischen Anforderungen angepasst werden.

Anwendung von De Novo Whole Genome Sequenzierung

• Erhalt der Referenzsequenz einer Art
• Die Untersuchung des Ursprungs und der evolutionären Geschichte einer Art
• Bergbau funktioneller Gene
• Einrichtung einer Arten-Datenbank
• Forschung zum Genom einer neuen Art
• Analyse komplexer Genomstrukturen
• Populationsgenetik und genomische Vielfalt
• Krankheitsgenomik
• Funktionelle Genomik und regulatorische Elemente

Workflow von De Novo Whole-Genome-Sequenzierung

Unser De Novo Der Whole Genome Sequencing Service beginnt mit der DNA-Extraktion, gefolgt von modernster Sequenzierung und rigoroser bioinformatischer Analyse. Wir bieten eine genaue Genomassemblierung und -annotation, um genetische Erkenntnisse effektiv zu gewinnen.

Dienstspezifikationen

	Musteranforderungen Whole Genome Sequenzierung: Genomisches DNA ≥ 500 ng Mindestmenge: 200 ng Konzentration ≥ 10 ng/µL Whole Genome Sequencing (PCR-frei): Genomisches DNA ≥ 1 µg Mindestmenge: 500 ng Konzentration ≥ 20 ng/µL Whole-Genome-Sequenzierung (PacBio) Genomisches DNA ≥ 1 µg Konzentration ≥ 80 ng/µL Whole-Genome-Sequenzierung (Nanopore) Genomisches DNA ≥ 5 µg Konzentration ≥ 20 ng/µL OD260/280=1,8~2,0 Alle DNA-Proben werden auf Reinheit und Menge validiert. Hinweis: Musterbeträge sind nur zur Referenz aufgeführt. Für detaillierte Informationen wenden Sie sich bitte an kontaktieren Sie uns mit Ihren maßgeschneiderten Anfragen.
Klicken	Sequenzierungsstrategie Illumina HiSeq X Ten, PacBio SMRT oder Oxford Nanopore. Deckungstiefe ≥ 100x. Mehr als 80 % der Basen mit einem ≥Q30-Qualitätswert. Sowohl die paired-end Bibliothek als auch die mate-pair Bibliothek können im Schritt der Bibliotheksvorbereitung erstellt werden.
	Bioinformatische Analyse Genomuntersuchung Schätzung der Genomgröße Heterozygotie-Schätzung Wiederholte Sequenzschätzung Genom-Vorassemblierung Bewertung der Montagequalität Genomannotation Genfamilien-Clustering Evolutionsanalyse Strukturelle und funktionelle Studien Hinweis: Die empfohlenen Datenoutputs und Analyseinhalte, die angezeigt werden, dienen nur zur Referenz. Für detaillierte Informationen wenden Sie sich bitte an kontaktieren Sie uns mit Ihren maßgeschneiderten Anfragen.

Analyse-Pipeline

I. Datenanalyse für Tiere und Pflanzen von Neuem Genomsequenzierung

II. Datenanalyse für Bakterien und Pilze von Neuem Genomsequenzierung

Liefergegenstände

• Die ursprünglichen Sequenzierungsdaten
• Experimentelle Ergebnisse
• Datenanalysebericht
• Details in De Novo Whole-Genome-Sequenzierung für Ihr Schreiben (Anpassung)

Demonstrationsergebnisse

Teilweise Ergebnisse sind unten aufgeführt:

De Novo Whole Genome Sequenzierungs-FAQs

1. Was ist der Unterschied zwischen von Neuem und Referenzassembly?

De novo Die Assemblierung umfasst den Aufbau einer Genomsequenz von Grund auf, ohne auf ein bereits vorhandenes Referenzgenom zurückzugreifen, was besonders nützlich für Arten ohne bekannte Genomsequenz ist. Die Referenzassemblierung hingegen verwendet eine vorhandene Genomsequenz als Vorlage, um Sequenzierungsreads auszurichten und zu kartieren, was die Identifizierung genetischer Variationen im untersuchten Genom im Vergleich zur Referenz ermöglicht.

2. Wie man die Qualität des Genoms bewertet von Neuem Versammlung?

Die Qualität des Genoms von neuem Die Assemblierung wird häufig anhand von Metriken wie Contig N50 und Scaffold N50 bewertet. Der N50-Wert wird ermittelt, indem die assemblierten Contigs oder Scaffolds von der größten zur kleinsten Länge angeordnet werden und die Länge des Contigs oder Scaffolds an dem Punkt identifiziert wird, an dem die kumulative Länge 50 % der gesamten Assemblierungslänge überschreitet. Dieser Wert bietet bedeutende Einblicke in die Kontinuität und Vollständigkeit der assemblierten Sequenzen. Zusätzliche Maße wie N70 und N90 werden ähnlich berechnet, wobei die Prozentsatzschwellen auf 70 % bzw. 90 % angepasst werden. Diese Metriken dienen gemeinsam dazu, die Integrität und Zuverlässigkeit der Genomassemblierung umfassend zu bewerten.

3. Wird die DNA in der Umfrage-Sequenzierung und im gesamten Genom verwendet? von Neuem Muss die Reihenfolge gleich sein?

Im Prinzip wird die DNA sowohl für die Umfrage-Sequenzierung als auch für von neuem Die Sequenzierung sollte von derselben Person stammen. Wenn die Menge an DNA für die gesamte von neuem Für Sequenzierungsprojekte wird empfohlen, dass die DNA für die Kurzlesebibliothek von derselben Person stammt. Bei der Sequenzierung der dritten Generation können für Langlese- oder sogar Ultralanglesebibliotheken DNA von einer anderen Person innerhalb derselben Population verwendet werden.

De Novo Whole Genome Sequenzierungs-Fallstudien

Vergleich von Arachis monticola Mit diploiden und kultivierten tetraploiden Genomen werden asymmetrische Subgenom-Evolution und Verbesserung von Erdnüssen aufgedeckt.

Journal: Fortschrittliche Wissenschaft

Impact-Faktor: 15,804

Veröffentlicht: 28. November 2019

Hintergrund

Erdnuss ist eine wichtige globale Ölsaatleguminose, die ihren Ursprung in Südamerika hat und überwiegend in Asien und Afrika angebaut wird. Ihre Entwicklung von wilden diploiden Arten zu kultivierten tetraploiden Formen bietet Einblicke in die Evolution polyploider Genome und die Domestikation von Pflanzen, die entscheidend für die Verbesserung der globalen Nahrungsmittel- und Ölsicherheit ist. Die Autoren nutzten die Genomsequenzierung und umfassende genomische Analysen, um die Evolution und Domestikation von Erdnüssen zu untersuchen.

Materialien & Methoden

Ergebnisse

Die Studie resequenzierte Genome von 17 wilden Diploiden und 30 wilden/kultivierten Tetraploiden und führte phylogenetische sowie PCA-Analysen durch, um sie in wilde und kultivierte Gruppen zu klassifizieren. Sie zeigte, dass kultivierte Tetraploide aus wilden Tetraploiden hervorgegangen sind. Vor etwa 58 Millionen Jahren fand eine gesamte Genomduplikation statt, die die Sequenzdivergenz bei tetraploiden Erdnüssen beschleunigte. Die Studie rekonstruierte die Evolution der Allotetraploid-Erdnüsse und hob Hybridisierungs- und Domestikationsereignisse vor etwa 4500 Jahren hervor, die agronomische Merkmale und Resistenzmerkmale beeinflussten.

Abb. 1. Ursprünge der Subgenome und phylogenetische Analyse von wilden und kultivierten Erdnusslinien.

Bei tetraploiden Erdnüssen war eine asymmetrische Evolution zwischen den Subgenomen offensichtlich. Sequenzwechsel begünstigten die A- zu B-Subgenome, was die Größen von Genfamilien und Wege wie die Flavonoidbiosynthese beeinflusste. Der Ausdrucks-Bias während der Schotenentwicklung deutete auf divergente Rollen der A- und B-Subgenome hin. Die Selektionsdrücke unterschieden sich zwischen wilden und kultivierten Formen, was die asymmetrischen Auswirkungen auf die Gen-Evolution und -Expression bei Erdnüssen hervorhob.

Abb. 2. Asymmetrische Subgenom-Evolution von Allotetraploid-Erdnüssen.

SVs (Löschungen und Einfügungen) beeinflussen die Genexpression und Merkmale bei Erdnüssen. Die Analyse von homologen Paaren zeigt unterschiedliche Selektionsdrücke auf SV-Gene zwischen den Subgenomen während der Domestikation der Erdnuss, was auf unterschiedliche Muster der SV-Akkumulation und evolutionäre Auswirkungen hinweist.

Abb. 3. Asymmetrische SV-Akkumulation von wilden Diploiden zu Allotetraploid-Erdnüssen.

Fazit

Die hochwertige Sequenz der wilden tetraploiden Erdnuss überbrückt die genomische Lücke zwischen diploiden und kultivierten Arten, enthüllt asymmetrische Evolution in Subgenomen und bietet wertvolle Ressourcen für das Studium der Polyploid-Evolution und die Verbesserung der Erdnuss.

Referenz

1. Yin D, Ji C, Song Q, Zhang W, Zhang X, Zhao K, Chen CY, Wang C, He G, Liang Z, Ma X. Vergleich von Arachis monticola mit diploiden und kultivierten tetraploiden Genomen zeigt asymmetrische Subgenom-Evolution und Verbesserung von Erdnüssen. Fortgeschrittene Wissenschaft. 2020, 7(4):1901672.