Jinyang Zhang, Lingling Hou, Zhenqiang Zuo, Peifeng Ji, Xiaorong Zhang, Yuanchao Xue & Fangqing Zhao
Veröffentlicht: 11. März 2021
Zusammenfassung: Die Rekonstruktion der Sequenz von zirkulären RNAs (circRNAs) aus kurzen RNA-Sequenzierungsdaten hat sich als herausfordernd erwiesen, da circRNAs und ihre entsprechenden linearen mRNA sehr ähnlich sind. Frühere Sequenzierungsmethoden konnten keine hochdurchsatzfähige Detektion von vollwertigen circRNAs erreichen. Hier beschreiben wir ein Protokoll zur Anreicherung und Vollsequenzierung von circRNA-Isoformen unter Verwendung der Nanopore-Technologie. Die zirkuläre Reverse-Transkription und die Größenauswahl erreichen eine 20-fache höhere Anreicherung von circRNAs aus totaler RNA im Vergleich zu früheren Methoden. Wir entwickelten einen Algorithmus, genannt circRNA-Identifikator unter Verwendung von Langlese-Sequenzierungsdaten (CIRI-long), um die Sequenz von circRNAs zu rekonstruieren. Der Arbeitsablauf wurde mit simulierten Daten validiert und durch den Vergleich mit Illumina-Sequenzierung sowie quantitativer Echtzeit-RT-PCR überprüft. Wir verwendeten CIRI-long, um Proben des Gehirns von erwachsenen Mäusen zu analysieren und circRNAs systematisch zu profilieren, einschließlich mitochondrien-abgeleiteter und transkriptioneller Read-through-circRNAs. Wir identifizierten einen neuen Typ von intronischen selbstligierten circRNAs, die besondere Spleiß- und Expressionsmuster aufweisen. Unsere Methode nutzt die langen Reads der Nanopore-Technologie und ermöglicht eine unvoreingenommene Rekonstruktion von vollwertigen circRNA-Sequenzen.
Mehr Informationen unter: https://www.nature.com/articles/s41587-021-00842-6
CIRI-long Code-Pfad: https://github.com/bioinfo-biols/CIRI-long
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